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- PDB-7su2: Crystal structure of a Co-bound RIDC1 variant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7su2
タイトルCrystal structure of a Co-bound RIDC1 variant
要素Soluble cytochrome b562
キーワードMETAL BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562
類似検索 - ドメイン・相同性
: / HEME C / Soluble cytochrome b562
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Golub, E. / Kakkis, A.
資金援助European Union, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM112584European Union
National Science Foundation (NSF, United States)CHE1607145European Union
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF 1336-2015European Union
引用ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2022
タイトル: Redox- and metal-directed structural diversification in designed metalloprotein assemblies.
著者: Kakkis, A. / Golub, E. / Choi, T.S. / Tezcan, F.A.
履歴
登録2021年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Soluble cytochrome b562
A: Soluble cytochrome b562
C: Soluble cytochrome b562
G: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,33812
ポリマ－46,6284
非ポリマー2,7108
水3,567198
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation, Oligomerization state was characterized in solution using sedimentation velocity analytical ultracentrifugation (SV-AUC).
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8870 Å2
ΔGint-134 kcal/mol
Surface area20200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.875, 90.024, 52.042
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.907, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
Soluble cytochrome b562 / Cytochrome b-562


分子量: 11657.113 Da / 分子数: 4
変異: A56, A60, W63, S64, H81, W88, I91, H95, A96, H99, C118, C120, C123
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cybC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABE7
#2: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 30% PEG400, 200 mM NaCl, 100 mM HEPES (7.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.95369 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95369 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→37 Å / Num. obs: 58467 / % possible obs: 98.42 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 28.86 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.01685 / Rpim(I) all: 0.01685 / Rrim(I) all: 0.02383 / Net I/σ(I): 26.68
反射 シェル解像度: 2→2.069 Å / Rmerge(I) obs: 0.05929 / Mean I/σ(I) obs: 7.4 / Num. unique obs: 5607 / CC1/2: 0.989 / Rpim(I) all: 0.05929 / Rrim(I) all: 0.08385 / % possible all: 96.01

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2bc5

2bc5


解像度: 2→37 Å / SU ML: 0.2535 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 24.4492
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2319 3941 6.84 %
Rwork0.1839 53640 -
obs0.1871 57581 98.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3260 0 176 198 3634
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01313623
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.82284974
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0836506
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091644
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.079496
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.020.30041160.24891705X-RAY DIFFRACTION90.19
2.02-2.050.32471500.22461918X-RAY DIFFRACTION98.66
2.05-2.070.2571390.22341981X-RAY DIFFRACTION98.51
2.07-2.10.29921450.22081859X-RAY DIFFRACTION98.72
2.1-2.130.31871560.21591875X-RAY DIFFRACTION98.69
2.13-2.160.29131460.19882026X-RAY DIFFRACTION98.55
2.16-2.20.3081380.20031868X-RAY DIFFRACTION98.96
2.2-2.230.3141230.20771873X-RAY DIFFRACTION96.94
2.23-2.270.26191380.21311954X-RAY DIFFRACTION97.03
2.27-2.310.26151620.21661906X-RAY DIFFRACTION99.38
2.31-2.360.2881180.23021920X-RAY DIFFRACTION99.41
2.36-2.410.28571570.21051945X-RAY DIFFRACTION99.29
2.41-2.460.28921430.21861916X-RAY DIFFRACTION99.47
2.46-2.520.2571530.20331936X-RAY DIFFRACTION98.82
2.52-2.580.23241270.2151954X-RAY DIFFRACTION99.14
2.58-2.650.27521350.20611950X-RAY DIFFRACTION98.58
2.65-2.730.23261580.19881854X-RAY DIFFRACTION96.92
2.73-2.820.23491270.20051946X-RAY DIFFRACTION97.46
2.82-2.920.28721490.20621915X-RAY DIFFRACTION99.18
2.92-3.030.24781390.19641911X-RAY DIFFRACTION99.27
3.03-3.170.28891240.22011948X-RAY DIFFRACTION99.04
3.17-3.340.22381520.19971930X-RAY DIFFRACTION99.43
3.34-3.550.25561370.17771934X-RAY DIFFRACTION98.48
3.55-3.820.18221410.15381887X-RAY DIFFRACTION97.88
3.82-4.20.2031500.15031931X-RAY DIFFRACTION99.57
4.2-4.810.16711380.14051972X-RAY DIFFRACTION99.34
4.81-6.060.20051410.16161896X-RAY DIFFRACTION98.07
6.06-370.13671390.1361930X-RAY DIFFRACTION98.57

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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