[日本語] English
万見
- PDB-7su1: Crystal structure of an acidic pH-selective Ipilimumab variant Ip... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7su1
タイトルCrystal structure of an acidic pH-selective Ipilimumab variant Ipi.106 in complex with CTLA-4
要素
  • Cytotoxic T-lymphocyte protein 4
  • Fab heavy chain
  • Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin / checkpoint / antibody / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein complex involved in cell adhesion / negative regulation of regulatory T cell differentiation / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / clathrin-coated endocytic vesicle / Co-stimulation by CD28 / Co-inhibition by CTLA4 / negative regulation of B cell proliferation / negative regulation of T cell proliferation / B cell receptor signaling pathway / T cell receptor signaling pathway ...protein complex involved in cell adhesion / negative regulation of regulatory T cell differentiation / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / clathrin-coated endocytic vesicle / Co-stimulation by CD28 / Co-inhibition by CTLA4 / negative regulation of B cell proliferation / negative regulation of T cell proliferation / B cell receptor signaling pathway / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / immune response / positive regulation of apoptotic process / external side of plasma membrane / DNA damage response / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytotoxic T-lymphocyte antigen 4 / Cytotoxic T-lymphocyte protein 4/CD28 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins ...Cytotoxic T-lymphocyte antigen 4 / Cytotoxic T-lymphocyte protein 4/CD28 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytotoxic T-lymphocyte protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Lee, P.S. / Chau, B. / Strop, P.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Mabs / 年: 2022
タイトル: Improved therapeutic index of an acidic pH-selective antibody.
著者: Lee, P.S. / MacDonald, K.G. / Massi, E. / Chew, P.V. / Bee, C. / Perkins, P. / Chau, B. / Thudium, K. / Lohre, J. / Nandi, P. / Deyanova, E.G. / Barman, I. / Gudmundsson, O. / Dollinger, G. / ...著者: Lee, P.S. / MacDonald, K.G. / Massi, E. / Chew, P.V. / Bee, C. / Perkins, P. / Chau, B. / Thudium, K. / Lohre, J. / Nandi, P. / Deyanova, E.G. / Barman, I. / Gudmundsson, O. / Dollinger, G. / Sproul, T. / Engelhardt, J.J. / Strop, P. / Rajpal, A.
履歴
登録2021年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
H: Fab heavy chain
L: Fab light chain
C: Cytotoxic T-lymphocyte protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,0904
ポリマ－61,8693
非ポリマー2211
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4760 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area24830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.660, 109.660, 297.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Space group name HallI4bw2bw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x,z+3/4
#3: y+1/2,-x,z+3/4
#4: x+1/2,-y,-z+3/4
#5: -x+1/2,y,-z+3/4
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1,x+1/2,z+5/4
#11: y+1,-x+1/2,z+5/4
#12: x+1,-y+1/2,-z+5/4
#13: -x+1,y+1/2,-z+5/4
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2

-
要素

#1: 抗体 Fab heavy chain


分子量: 24786.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Fab light chain


分子量: 23527.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Cytotoxic T-lymphocyte protein 4 / Cytotoxic T-lymphocyte-associated antigen 4 / CTLA-4


分子量: 13555.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTLA4, CD152 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P16410
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M sodium citrate tribasic dehydrate, 22% PEG 3,350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.526→50 Å / Num. obs: 28083 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 65.73 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 2.526→2.652 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1404 / CC1/2: 0.64 / Rpim(I) all: 0.547

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TRU, 4NM4, 3OSK

5tru

4nm4

3osk


解像度: 2.53→37.52 Å / SU ML: 0.3863 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.349
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2514 1440 5.13 %
Rwork0.2059 26622 -
obs0.2083 28062 90.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 75.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.53→37.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4115 0 14 26 4155
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094225
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.11185746
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0585647
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0074736
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.6366593
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.53-2.620.3239340.2963683X-RAY DIFFRACTION23.54
2.62-2.720.32751130.30392353X-RAY DIFFRACTION81.23
2.72-2.840.40021380.32242913X-RAY DIFFRACTION99.97
2.84-2.990.37481680.31372888X-RAY DIFFRACTION99.97
2.99-3.180.30041750.26222868X-RAY DIFFRACTION99.93
3.18-3.430.28161570.25022934X-RAY DIFFRACTION100
3.43-3.770.29561610.23112918X-RAY DIFFRACTION99.97
3.77-4.320.21941550.17632954X-RAY DIFFRACTION99.97
4.32-5.440.19881550.15052994X-RAY DIFFRACTION100
5.44-37.520.22091840.18073117X-RAY DIFFRACTION99.88
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -17.3064912051 Å / Origin y: -55.6365047367 Å / Origin z: 18.4165802296 Å
111213212223313233
T0.52610323994 Å20.119377941494 Å2-0.102245790989 Å2-0.43728851075 Å2-0.0977384009707 Å2--0.400139031491 Å2
L1.35725609682 °2-0.8933256703 °20.140893869001 °2-1.84568899879 °2-0.447280029215 °2--1.03533889049 °2
S0.236903396611 Å °0.21871794723 Å °-0.308782912201 Å °-0.154161571546 Å °-0.207385209906 Å °0.217919858214 Å °0.0528625259691 Å °-0.221414549508 Å °0.015203764053 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る