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万見
- PDB-7sty: Crystal structure of human CORO1C -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sty
タイトルCrystal structure of human CORO1C
要素Coronin-1C
キーワードPROTEIN BINDING / WD-repeat / WDR / Coronin-1C / CORO1C / Coronin-3 / hCRNN4 / CRN2 / SGC / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


endosome membrane tubulation / endosome fission / regulation of ruffle assembly / regulation of fibroblast migration / regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / negative regulation of protein kinase activity by regulation of protein phosphorylation / negative regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / negative regulation of epithelial cell migration / regulation of epithelial cell migration / corpus callosum development ...endosome membrane tubulation / endosome fission / regulation of ruffle assembly / regulation of fibroblast migration / regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / negative regulation of protein kinase activity by regulation of protein phosphorylation / negative regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / negative regulation of epithelial cell migration / regulation of epithelial cell migration / corpus callosum development / negative regulation of focal adhesion assembly / ventricular system development / flotillin complex / membrane fission / activation of GTPase activity / regulation of protein phosphorylation / positive regulation of lamellipodium morphogenesis / neural crest cell migration / endosomal transport / regulation of focal adhesion assembly / negative regulation of protein phosphorylation / lateral plasma membrane / phagocytosis / actin filament organization / sarcomere / establishment of protein localization / sarcolemma / small GTPase binding / ruffle membrane / actin filament binding / actin cytoskeleton / lamellipodium / cell cortex / endosome membrane / focal adhesion / synapse / signal transduction
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF1899 / Coronin / Domain of unknown function (DUF1899) / Type of WD40 repeat / DUF1899 / DUF1900 / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. ...Domain of unknown function DUF1899 / Coronin / Domain of unknown function (DUF1899) / Type of WD40 repeat / DUF1899 / DUF1900 / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Zeng, H. / Dong, A. / Hutchinson, A. / Seitova, A. / Loppnau, P. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of human CORO1C
著者: Zeng, H. / Dong, A. / Hutchinson, A. / Seitova, A. / Loppnau, P. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2021年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coronin-1C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5221
ポリマ－55,5221
非ポリマー00
水2,990166
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.217, 127.217, 59.181
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-544-

HOH

21A-654-

HOH

31A-665-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Coronin-1C / Coronin-3 / hCRNN4


分子量: 55522.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CORO1C, CRN2, CRNN4 / プラスミド: pFBOH-MHL / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9ULV4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.6 % / Mosaicity: 0.874 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 1.2M Sodium Citrate, 0.1M Hepes (pH 7.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 35890 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.11 / Χ2: 2.052 / Net I/σ(I): 9.9 / Num. measured all: 145933
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2-2.033.40.87715200.5070.5131.0211.08381.8
2.03-2.074.10.74816550.6650.3910.8471.08487.8
2.07-2.114.20.65216920.7750.3350.7361.10491.5
2.11-2.154.30.55617830.8170.2850.6271.14695.6
2.15-2.24.40.52218320.8310.2680.5881.30596.7
2.2-2.254.40.42218110.8880.2180.4771.38897.7
2.25-2.314.30.40518310.8830.2140.4591.43998.2
2.31-2.374.30.33418480.9180.1760.3781.46298.7
2.37-2.444.30.28218440.9420.1490.321.56699
2.44-2.524.20.24518500.9490.1310.2791.6998.1
2.52-2.614.20.21418580.9550.1170.2451.86198.4
2.61-2.7140.18718420.9630.1040.2162.07398.3
2.71-2.843.50.15618070.9660.0960.1842.45196.4
2.84-2.993.80.12718390.980.0740.1482.78896.8
2.99-3.174.20.118200.9890.0540.1142.93496.6
3.17-3.423.90.08217800.9920.0460.0953.41894.4
3.42-3.763.80.07317560.9910.0420.0853.50593.2
3.76-4.313.70.06517770.9910.0380.0763.44392.6
4.31-5.433.50.06217800.9920.0380.0733.2992.3
5.43-504.60.06419650.9950.0320.0722.65298.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.87 Å43.33 Å
Translation5.87 Å43.33 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7KYX

7kyx


解像度: 2→43.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 4.242 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2208 1097 3.1 %RANDOM
Rwork0.1788 ---
obs0.18 34775 95.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 100.06 Å2 / Biso mean: 40.089 Å2 / Biso min: 20.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.33 Å2-0.66 Å2-0 Å2
2---1.33 Å20 Å2
3---4.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→43.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3021 0 0 167 3188
Biso mean---44.7 -
残基数----390
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0133105
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172804
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3971.6374226
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2541.5696512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.1995391
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.20222.715151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.1715498
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7731518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2412
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023499
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02641
LS精密化 シェル解像度: 2→2.047 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 79 -
Rwork0.316 2212 -
obs--82.11 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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