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万見
- PDB-7stc: AQP5 T41H with Ni2+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7stc
タイトルAQP5 T41H with Ni2+
要素Aquaporin-5
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Inhibitor Ni2+
機能・相同性
機能・相同性情報


saliva secretion / Passive transport by Aquaporins / pancreatic juice secretion / water transport / water channel activity / camera-type eye morphogenesis / cellular hypotonic response / odontogenesis / microvillus / cytoplasmic vesicle membrane ...saliva secretion / Passive transport by Aquaporins / pancreatic juice secretion / water transport / water channel activity / camera-type eye morphogenesis / cellular hypotonic response / odontogenesis / microvillus / cytoplasmic vesicle membrane / basal plasma membrane / carbon dioxide transport / protein homotetramerization / apical plasma membrane / endoplasmic reticulum / extracellular exosome / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Aquaporin 5 / Glycerol uptake facilitator protein / Glycerol uptake facilitator protein. / Aquaporin transporter / Major intrinsic protein, conserved site / MIP family signature. / Major intrinsic protein / Major intrinsic protein / Aquaporin-like / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Aquaporin-5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Kowatz, T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Defense (DOD, United States)N000141612535 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: AQP5 T41H with Ni2+
著者: Kowatz, T. / Lodowski, D. / Vahedi-Faridi, A.
履歴
登録2021年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月30日Group: Database references / カテゴリ: citation_author
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aquaporin-5
B: Aquaporin-5
C: Aquaporin-5
D: Aquaporin-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,8035
ポリマ－113,7454
非ポリマー591
水3,081171
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13120 Å2
ΔGint-138 kcal/mol
Surface area33210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.681, 90.649, 184.767
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Aquaporin-5 / AQP-5


分子量: 28436.188 Da / 分子数: 4 / 変異: T41H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AQP5 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P55064
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.74 % / 解説: needle
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 0.1 M Tris-HCl, pH 7.6, 0.1 M NaCl, 18% PEG400. 6% 1,6 hexanediol (v/v), 3% 1,3 propanediol (v/v)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月20日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→34.22 Å / Num. obs: 71938 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.166 / Net I/σ(I): 3.6
反射 シェル解像度: 2.25→2.3 Å / 冗長度: 6.6 % / Num. unique obs: 4395 / CC1/2: 0.088 / Rpim(I) all: 2.793 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3D9S

3d9s


解像度: 2.25→34.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.871 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.862 / SU R Cruickshank DPI: 0.271 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.264 / SU Rfree Blow DPI: 0.22 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.225
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3105 3029 -RANDOM
Rwork0.2864 ---
obs0.2874 71704 99.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 57.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--17.4761 Å20 Å20 Å2
2--5.5389 Å20 Å2
3---11.9372 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→34.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7240 0 1 171 7412
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0087416HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.8810128HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2340SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1216HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7416HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion996SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6444SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.61
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.61
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.27 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.5311 62 -
Rwork0.52 --
obs0.5205 1435 99.72 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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