PDB-7ssu: Structure of EmrE-D3 mutant in complex with monobody L10 and meth...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ssu

タイトル

Structure of EmrE-D3 mutant in complex with monobody L10 and methyltriphenylphosphonium

要素

L10 monobody
Multidrug transporter EmrE

キーワード

TRANSPORT PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Small Multidrug Resistance transporters / drug efflux pump / EmrE / Membrane protein / TRANSPORT PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

機能・相同性情報

EmrE multidrug transporter complex / choline transmembrane transporter activity / glycine betaine transport / amino-acid betaine transmembrane transporter activity / choline transport / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / xenobiotic transport / antiporter activity / response to osmotic stress / xenobiotic transmembrane transporter activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.22 Å

データ登録者

Kermani, A.A. / Stockbridge, R.B.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: Crystal structures of bacterial small multidrug resistance transporter EmrE in complex with structurally diverse substrates.
著者: Kermani, A.A. / Burata, O.E. / Koff, B.B. / Koide, A. / Koide, S. / Stockbridge, R.B.

履歴

登録	2021年11月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年5月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ssu.cif.gz	86.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ssu.ent.gz	64.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ssu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ssu_validation.pdf.gz	718.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ssu_full_validation.pdf.gz	726.6 KB	表示
XML形式データ	7ssu_validation.xml.gz	16.3 KB	表示
CIF形式データ	7ssu_validation.cif.gz	20.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/7ssu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/7ssu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7mgxC 7mh6C 7sv9C 7svxC 7sztC 7t00C 6wk8S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7sv9-d 7t00-d 6wk9-1 7mh6-d 6wk9-2 7mgx-2 7mgx-1 6wk8-d 6wk5-d 7szt-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Multidrug transporter EmrE

C: L10 monobody

B: Multidrug transporter EmrE

D: L10 monobody

ヘテロ分子

44 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	141.171, 50.870, 110.799
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.690, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Multidrug transporter EmrE / Efflux-multidrug resistance protein EmrE / Ethidium resistance protein / Methyl viologen resistance protein C 分子量: 11907.279 Da / 分子数: 2 / 変異: E25N, W31I, V34M / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: emrE, eb, mvrC, b0543, JW0531 / プラスミド: pET-21c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P23895
#2: 抗体	L10 monobody 分子量: 9931.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-B5J / methyltriphenylphosphonium / メチルトリフェニルホスホニウム分子量: 277.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₁₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.79 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M lithium nitrate, 0.1 M ADA, pH 6.5, 33% PEG600

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9183 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9183 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.22→70.5 Å / Num. obs: 8969 / % possible obs: 88.6 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.967 / R_merge(I) obs: 0.152 / R_sym value: 0.166 / Net I/σ(I): 10.4
反射シェル	解像度: 3.22→3.42 Å / R_merge(I) obs: 0.656 / Num. unique obs: 448 / CC_1/2: 0.861 / R_rim(I) all: 0.707 / % possible all: 13.22

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.18.2-3874-000	精密化
PDB_EXTRACT		データ抽出
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 6WK8

6wk8

解像度: 3.22→58.24 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 38.71 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3328	389	4.85 %
R_work	0.2925	-	-
obs	0.2944	8025	61.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 157.42 Å² / B_iso mean: 78.5449 Å² / B_iso min: 29.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.22→58.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2940	0	20	0	2960
B_iso mean	-	-	84.59	-	-
残基数	-	-	-	-	384

LS精密化シェル

解像度: 3.22→3.34 Å /

	R_factor	反射数
R_free	0.4114	-
R_work	0.3877	-
all	-	167

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)