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万見
- PDB-6wk8: Crystal structure of Gdx-Clo from Small Multidrug Resistance fami... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wk8
タイトルCrystal structure of Gdx-Clo from Small Multidrug Resistance family of transporters in complex with phenylguanidinium
要素
  • L10 monobody
  • Multidrug resistance protein, SMR family
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Small Multidrug Resistance / guanidinium transporter / EmrE homologue / dual topology protein
機能・相同性Small drug/metabolite transporter protein family / Small multidrug resistance protein / Small Multidrug Resistance protein / transmembrane transporter activity / plasma membrane / Dodecyldimethylphosphine oxide / 1-phenylguanidine / Multidrug resistance protein, SMR family
機能・相同性情報
生物種Clostridiales bacterium oral taxon 876 str. F0540 (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Kermani, A.A. / Stockbridge, R.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35-GM128768 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: The structural basis of promiscuity in small multidrug resistance transporters.
著者: Kermani, A.A. / Macdonald, C.B. / Burata, O.E. / Ben Koff, B. / Koide, A. / Denbaum, E. / Koide, S. / Stockbridge, R.B.
履歴
登録2020年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Multidrug resistance protein, SMR family
A: Multidrug resistance protein, SMR family
C: L10 monobody
D: L10 monobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4127
ポリマ－42,5484
非ポリマー8643
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, We observe a single dominant peak on the FPLC chromatogram corresponding to a Gdx-Clo dimer, cross-linking, For further information see Kermani, et al. Guanidinium export is ...根拠: gel filtration, We observe a single dominant peak on the FPLC chromatogram corresponding to a Gdx-Clo dimer, cross-linking, For further information see Kermani, et al. Guanidinium export is the primal function of SMR family transporters. Proceedings of the National Academy of Sciences 115, 3060-3065 (2018)
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)141.819, 50.507, 108.575
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.180, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Multidrug resistance protein, SMR family


分子量: 11341.865 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridiales bacterium oral taxon 876 str. F0540 (バクテリア)
遺伝子: HMPREF1982_00479 / プラスミド: pET-21c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: U2EQ00
#2: 抗体 L10 monobody


分子量: 9931.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-PL0 / 1-phenylguanidine / 1-フェニルグアニジン


分子量: 135.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H9N3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-9PD / Dodecyldimethylphosphine oxide / APO-12 / ドデシルジメチルホスフィンオキシド


分子量: 246.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31OP
#5: 糖 ChemComp-DMU / DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / DECYLMALTOSIDE / デシルβ-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 482.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C22H42O11 / コメント: 可溶化剤*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.42 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM LiNaSO4, 0.1 M Tris pH 8.75, 34% PEG 600 / PH範囲: 8.75

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→59 Å / Num. obs: 9466 / % possible obs: 85 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.946 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.145 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 2.5→3 Å / Rmerge(I) obs: 0.646 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 473 / CC1/2: 0.807 / Rpim(I) all: 0.438 / Rrim(I) all: 0.723

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PHENIXv5.0精密化
SHELX位相決定
SHARP位相決定
STARANISOデータスケーリング
DIALSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.53→58.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.85 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.77 / SU B: 11.895 / SU ML: 0.268 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.644
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3093 468 4.9 %RANDOM
Rwork0.2571 ---
obs0.2596 9018 36.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 176.24 Å2 / Biso mean: 52.447 Å2 / Biso min: 27.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.37 Å20 Å20.69 Å2
2---0.19 Å20 Å2
3---0.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.53→58.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2959 0 51 0 3010
Biso mean--75.66 --
残基数----385
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0133092
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172995
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5361.654233
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1881.5846901
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2325381
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.54621.2596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.73615471
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.561158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.2453
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023336
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02660
LS精密化 シェル解像度: 2.533→2.598 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.584 3 -
Rwork0.326 40 -
all-43 -
obs--2.28 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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