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万見
- PDB-7ssi: CRYSTAL STRUCTURE OF THE DESK:DESR-Q10A COMPLEX IN THE PHOSPHOTRA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ssi
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE DESK:DESR-Q10A COMPLEX IN THE PHOSPHOTRANSFER STATE
要素
  • Sensor histidine kinase DesK
  • Transcriptional regulatory protein DesR
キーワードTRANSFERASE / TWO-COMPONENT REGULATORY SYSTEM / KINASE / RESPONSE REGULATOR / PHOSPHOTRANSFER COMPLEX / PHOSPHOTRANSFER / TRAN GENE REGULATION COMPLEX / TRANSFERASE-GENE REGULATION complex
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / phosphorelay signal transduction system / phosphoprotein phosphatase activity / protein kinase activity / protein dimerization activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / ATP binding / identical protein binding ...histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / phosphorelay signal transduction system / phosphoprotein phosphatase activity / protein kinase activity / protein dimerization activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1930 / : / DesK N-terminal domain / Signal transduction histidine kinase, subgroup 3, dimerisation and phosphoacceptor domain / : / Histidine kinase / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1930 / : / DesK N-terminal domain / Signal transduction histidine kinase, subgroup 3, dimerisation and phosphoacceptor domain / : / Histidine kinase / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / CheY-like superfamily / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / Transcriptional regulatory protein DesR / Sensor histidine kinase DesK
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.41 Å
データ登録者Trajtenberg, F. / Buschiazzo, A.
資金援助ウルグアイ, 1件
組織認可番号国
Agencia Nacional de Investigacion e Innovacion (ANII)FCE_1_2017_1_136291ウルグアイ
引用ジャーナル: Sci.Signal. / 年: 2023
タイトル: An allosteric switch ensures efficient unidirectional information transmission by the histidine kinase DesK from Bacillus subtilis.
著者: Lima, S. / Blanco, J. / Olivieri, F. / Imelio, J.A. / Nieves, M. / Carrion, F. / Alvarez, B. / Buschiazzo, A. / Marti, M.A. / Trajtenberg, F.
履歴
登録2021年11月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensor histidine kinase DesK
B: Sensor histidine kinase DesK
C: Transcriptional regulatory protein DesR
D: Sensor histidine kinase DesK
E: Sensor histidine kinase DesK
F: Transcriptional regulatory protein DesR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,09616
ポリマ－129,9296
非ポリマー2,16710
水18010
1
A: Sensor histidine kinase DesK
B: Sensor histidine kinase DesK
C: Transcriptional regulatory protein DesR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,0488
ポリマ－64,9643
非ポリマー1,0835
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8540 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area28330 Å2
手法PISA
2
D: Sensor histidine kinase DesK
E: Sensor histidine kinase DesK
F: Transcriptional regulatory protein DesR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,0488
ポリマ－64,9643
非ポリマー1,0835
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8900 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area28340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.067, 115.634, 91.374
Angle α, β, γ (deg.)90, 116.74, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Sensor histidine kinase DesK


分子量: 24956.590 Da / 分子数: 4 / 断片: Fragment: entire cytoplasmic region / 変異: H188E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: desK, yocF, BSU19190 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O34757, histidine kinase
#2: タンパク質 Transcriptional regulatory protein DesR


分子量: 15051.316 Da / 分子数: 2 / 変異: Q10A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: desR, yocG, BSU19200 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O34723
#3: 化合物
ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.54 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG3350, tri-potassium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年2月14日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.41→34.41 Å / Num. obs: 22186 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.6 % / Rrim(I) all: 0.172 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 3.41→3.46 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 1046 / CC1/2: 0.446 / Rrim(I) all: 1.599 / % possible all: 93.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
autoPROC1.0.5 20200520data processing
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IUK

5iuk


解像度: 3.41→34.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU Rfree Blow DPI: 0.586
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2834 1085 -RANDOM
Rwork0.2518 ---
obs0.2534 22186 99 %-
原子変位パラメータBiso mean: 122.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.6948 Å20 Å29.2502 Å2
2---16.4909 Å20 Å2
3---12.7961 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.56 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.41→34.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8668 0 130 10 8808
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0088872HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0511943HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3387SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1558HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8872HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1202SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance20HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7080SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.85
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.08
LS精密化 シェル解像度: 3.41→3.44 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4012 26 -
Rwork0.3695 --
obs0.3712 444 71.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.43720.76031.99320.4455-2.137514.48640.11030.12030.22620.12030.19050.32510.22620.3251-0.3008-0.0850.1075-0.05120.20920.1295-0.1581-15.103713.2506-6.8324
27.07520.07291.3697.77320.35027.42920.23210.185-0.64750.1850.0797-0.9768-0.6475-0.9768-0.3118-0.14710.0126-0.05260.27120.199-0.2309-42.935721.5758-28.1927
39.1574-4.81771.19189.2990.56425.4838-0.12520.0295-0.41130.0295-0.33250.0724-0.41130.07240.4577-0.1306-0.3563-0.27990.39360.1537-0.44487.467633.9844-20.4573
49.99761.66936.03950.32320.55625.2014-0.14390.15890.02550.15890.0585-0.39580.0255-0.39580.0854-0.1552-0.0932-0.04770.1742-0.0361-0.1402-64.132219.750725.0737
55.8687-1.87561.72019.0349-0.10758.25690.0367-0.33530.8209-0.3353-0.20380.34080.82090.34080.1671-0.0955-0.1137-0.08290.3349-0.1166-0.3558-68.987710.9763-9.5921
65.1519-3.72360.854410.47864.43119.60990.51160.07480.73330.0748-0.4894-0.78750.7333-0.7875-0.0222-0.0793-0.2362-0.16770.3230.2967-0.4756-86.6043-0.863137.0942
79.3908-0.27051.16458.47581.27566.93920.1099-0.37310.7662-0.37310.1008-1.10950.7662-1.1095-0.2107-0.1036-0.1268-0.0988-0.24910.09220.0407-34.62741.45945.2418
86.19920.1118-0.23679.2242-1.271510.8099-0.1071-0.7359-0.7316-0.73590.02460.9554-0.73160.95540.08250.0627-0.11960.1491-0.1881-0.0566-0.2713-43.325730.338813.7806
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|155 - A|242 B|164 - B|242 }A155 - 242
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|155 - A|242 B|164 - B|242 }B164 - 242
3X-RAY DIFFRACTION2{ A|245 - A|368 }A245 - 368
4X-RAY DIFFRACTION3{ B|245 - B|367 }B245 - 367
5X-RAY DIFFRACTION4{ D|155 - D|242 E|164 - E|242 }D155 - 242
6X-RAY DIFFRACTION4{ D|155 - D|242 E|164 - E|242 }E164 - 242
7X-RAY DIFFRACTION5{ D|245 - D|368 }D245 - 368
8X-RAY DIFFRACTION6{ E|245 - E|367 }E245 - 367
9X-RAY DIFFRACTION7{ C|0 - C|131 }C0 - 131
10X-RAY DIFFRACTION8{ F|0 - F|132 }F0 - 132

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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