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- PDB-7srv: Metal dependent activation of Plasmodium falciparum M17 aminopept... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7srv
タイトルMetal dependent activation of Plasmodium falciparum M17 aminopeptidase (inactive form), spacegroup P22121
要素M17 leucyl aminopeptidase
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / Malaria / enzyme / metallo aminopeptidase
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; ジペプチターゼ / leucyl aminopeptidase / metallodipeptidase activity / peptide catabolic process / metalloaminopeptidase activity / carboxypeptidase activity / peptidase activity / manganese ion binding / proteolysis / zinc ion binding ...加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; ジペプチターゼ / leucyl aminopeptidase / metallodipeptidase activity / peptide catabolic process / metalloaminopeptidase activity / carboxypeptidase activity / peptidase activity / manganese ion binding / proteolysis / zinc ion binding / metal ion binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptidase M17, leucine aminopeptidase / Cytosol aminopeptidase signature. / Peptidase M17, leucyl aminopeptidase, C-terminal / Peptidase M17, leucine aminopeptidase/peptidase B / Cytosol aminopeptidase family, catalytic domain / Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / Zn peptidases / Aminopeptidase / Macro domain-like ...Peptidase M17, leucine aminopeptidase / Cytosol aminopeptidase signature. / Peptidase M17, leucyl aminopeptidase, C-terminal / Peptidase M17, leucine aminopeptidase/peptidase B / Cytosol aminopeptidase family, catalytic domain / Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / Zn peptidases / Aminopeptidase / Macro domain-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / CARBONATE ION / PHOSPHATE ION / Leucine aminopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Webb, C.T. / McGowan, S.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: A metal ion-dependent conformational switch modulates activity of the Plasmodium M17 aminopeptidase.
著者: Webb, C.T. / Yang, W. / Riley, B.T. / Hayes, B.K. / Sivaraman, K.K. / Malcolm, T.R. / Harrop, S. / Atkinson, S.C. / Kass, I. / Buckle, A.M. / Drinkwater, N. / McGowan, S.
履歴
登録2021年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: M17 leucyl aminopeptidase
B: M17 leucyl aminopeptidase
C: M17 leucyl aminopeptidase
D: M17 leucyl aminopeptidase
E: M17 leucyl aminopeptidase
F: M17 leucyl aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)354,21953
ポリマ－351,4676
非ポリマー2,75347
水34,3371906
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)111.542, 172.670, 179.395
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1409-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 96 through 101 or (resid 102...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 96 through 101 or (resid 102...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 96 through 101 or (resid 102...
d_4ens_1(chain "D" and (resid 96 through 117 or (resid 118...
d_5ens_1(chain "E" and (resid 96 through 110 or (resid 111...
d_6ens_1(chain "F" and (resid 96 through 101 or (resid 102...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1PROGLUA11 - 39
d_12ens_1GLYGLYA41 - 51
d_13ens_1GLUVALA53 - 68
d_14ens_1GLUILEA70 - 143
d_15ens_1VALTHRA145 - 170
d_16ens_1GLULEUA177 - 238
d_17ens_1TYRGLYA240 - 262
d_18ens_1METALAA264 - 302
d_19ens_1SERASPA306 - 314
d_110ens_1SERCYSA316 - 345
d_111ens_1ASNTYRA347 - 354
d_112ens_1PROGLUA356 - 422
d_113ens_1LEUILEA424 - 425
d_114ens_1LYSLEUA427 - 429
d_115ens_1SERILEA431 - 445
d_116ens_1GLUALAA447 - 450
d_117ens_1LEUASPA452 - 518
d_118ens_1ZNZNB
d_119ens_1CO3CO3C
d_21ens_1PROGLUD11 - 39
d_22ens_1GLYGLYD41 - 51
d_23ens_1GLUVALD53 - 68
d_24ens_1GLUILED70 - 143
d_25ens_1VALTHRD145 - 170
d_26ens_1GLULEUD177 - 238
d_27ens_1TYRGLYD240 - 262
d_28ens_1METALAD264 - 302
d_29ens_1SERASPD306 - 314
d_210ens_1SERCYSD316 - 345
d_211ens_1ASNTYRD347 - 354
d_212ens_1PROGLUD356 - 422
d_213ens_1LEUILED424 - 425
d_214ens_1LYSLEUD427 - 429
d_215ens_1SERILED431 - 445
d_216ens_1GLUALAD447 - 450
d_217ens_1LEUASPD452 - 518
d_218ens_1ZNZNE
d_219ens_1CO3CO3F
d_31ens_1PROGLUG11 - 39
d_32ens_1GLYGLYG41 - 51
d_33ens_1GLUVALG53 - 68
d_34ens_1GLUILEG70 - 143
d_35ens_1VALTHRG145 - 170
d_36ens_1GLULEUG177 - 238
d_37ens_1TYRGLYG240 - 262
d_38ens_1METALAG264 - 302
d_39ens_1SERASPG305 - 313
d_310ens_1SERCYSG315 - 344
d_311ens_1ASNTYRG346 - 353
d_312ens_1PROGLUG355 - 421
d_313ens_1LEUILEG423 - 424
d_314ens_1LYSLEUG426 - 428
d_315ens_1SERILEG430 - 444
d_316ens_1GLUALAG446 - 449
d_317ens_1LEUASPG451 - 517
d_318ens_1ZNZNH
d_319ens_1CO3CO3I
d_41ens_1PROGLUJ2 - 30
d_42ens_1GLYGLYJ32 - 42
d_43ens_1GLUVALJ44 - 59
d_44ens_1GLUILEJ61 - 134
d_45ens_1VALTHRJ136 - 161
d_46ens_1GLULEUJ165 - 226
d_47ens_1TYRGLYJ228 - 250
d_48ens_1METALAJ252 - 290
d_49ens_1SERASPJ294 - 302
d_410ens_1SERCYSJ304 - 333
d_411ens_1ASNTYRJ335 - 342
d_412ens_1PROGLUJ344 - 410
d_413ens_1LEUILEJ412 - 413
d_414ens_1LYSLEUJ415 - 417
d_415ens_1SERILEJ419 - 433
d_416ens_1GLUALAJ435 - 438
d_417ens_1LEUASPJ440 - 506
d_418ens_1ZNZNK
d_419ens_1CO3CO3L
d_51ens_1PROGLUM7 - 35
d_52ens_1GLYGLYM37 - 47
d_53ens_1GLUVALM49 - 64
d_54ens_1GLUILEM66 - 139
d_55ens_1VALTHRM141 - 166
d_56ens_1GLULEUM169 - 230
d_57ens_1TYRGLYM232 - 254
d_58ens_1METASPM256 - 303
d_59ens_1SERCYSM305 - 334
d_510ens_1ASNTYRM336 - 343
d_511ens_1PROGLUM345 - 411
d_512ens_1LEUILEM413 - 414
d_513ens_1LYSLEUM416 - 418
d_514ens_1SERILEM420 - 434
d_515ens_1GLUALAM436 - 439
d_516ens_1LEUASPM441 - 507
d_517ens_1ZNZNN
d_518ens_1CO3CO3O
d_61ens_1PROGLUP1 - 29
d_62ens_1GLYVALP31 - 57
d_63ens_1GLUILEP59 - 132
d_64ens_1VALTHRP134 - 159
d_65ens_1GLULEUP161 - 222
d_66ens_1TYRGLYP224 - 246
d_67ens_1METALAP248 - 286
d_68ens_1SERASPP289 - 297
d_69ens_1SERCYSP299 - 328
d_610ens_1ASNTYRP330 - 337
d_611ens_1PROGLUP339 - 405
d_612ens_1LEUILEP407 - 408
d_613ens_1LYSLEUP410 - 412
d_614ens_1SERILEP414 - 428
d_615ens_1GLUALAP430 - 433
d_616ens_1LEUASPP435 - 501
d_617ens_1ZNZNQ
d_618ens_1CO3CO3R

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.161785979733, 0.758910110445, -0.630777885651), (-0.773245705957, -0.494629330134, -0.396778154628), (-0.613120196194, 0.42355314901, 0.666848074889)-107.093051421, 366.159394404, -61.3340337189
2given(-0.174140005111, -0.773780958544, -0.609047031694), (0.761691463516, -0.497838393302, 0.414708389789), (-0.624100451071, -0.391688603804, 0.676075931108)228.675376567, 289.037349702, 117.13310387
3given(-0.623940384341, 0.760867491197, 0.178266815835), (0.743586782179, 0.507873651758, 0.434905795797), (0.24036866301, 0.403912137338, -0.882653890919)-118.818977561, 69.4528900994, -33.4738883503
4given(-0.604457587377, -0.776161694271, 0.179454867331), (-0.760060067723, 0.494406599956, -0.421747326456), (0.238620448653, -0.391324850049, -0.888777330504)216.054702299, 149.560125744, 140.208476199
5given(0.5332759513, 0.0113748566998, 0.845864866513), (0.0104645269664, -0.999921788099, 0.00684918679935), (0.845876618332, 0.0051990690995, -0.533353275269)-14.716335365, 436.640155961, 22.1868424885

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
M17 leucyl aminopeptidase


分子量: 58577.777 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IL11, leucyl aminopeptidase

-
非ポリマー , 8種, 1953分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン


分子量: 60.009 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO3
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#8: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1906 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20 % PEG3350, 0.2 M calcium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953724 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→49.19 Å / Num. obs: 233061 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 36.46 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / Num. unique obs: 11469 / CC1/2: 0.244

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KQZ

3kqz


解像度: 2.03→49.19 Å / SU ML: 0.2689 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.1964
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2188 11027 4.95 %
Rwork0.1885 211802 -
obs0.19 222829 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→49.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23466 0 120 1906 25492
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002424065
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.608232666
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06183764
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00314165
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.89963310
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.691606431562
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.459263222782
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.956698417195
ens_1d_5AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.788939330326
ens_1d_6AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.713033011848
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.03-2.050.35333740.3286964X-RAY DIFFRACTION99.82
2.05-2.080.3733630.32577010X-RAY DIFFRACTION99.81
2.08-2.10.35023430.30576979X-RAY DIFFRACTION99.95
2.1-2.130.32643930.28826968X-RAY DIFFRACTION99.97
2.13-2.160.31533410.287034X-RAY DIFFRACTION99.99
2.16-2.190.30184000.27177003X-RAY DIFFRACTION99.95
2.19-2.220.32133420.26256974X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.250.28653930.25266986X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.290.29323930.25286966X-RAY DIFFRACTION100
2.29-2.320.26493800.24687014X-RAY DIFFRACTION100
2.32-2.360.27123700.23097007X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.410.27813250.22917027X-RAY DIFFRACTION100
2.41-2.450.25563300.22477092X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.50.2773610.22467014X-RAY DIFFRACTION99.97
2.5-2.560.25953590.22677022X-RAY DIFFRACTION100
2.56-2.620.25353510.21967050X-RAY DIFFRACTION99.99
2.62-2.680.25164050.20796976X-RAY DIFFRACTION99.99
2.68-2.760.25453930.21197033X-RAY DIFFRACTION99.99
2.76-2.840.2243690.19547041X-RAY DIFFRACTION100
2.84-2.930.21953750.18637062X-RAY DIFFRACTION100
2.93-3.030.21923730.1897061X-RAY DIFFRACTION100
3.03-3.150.21973820.18577042X-RAY DIFFRACTION100
3.15-3.30.21353640.18227075X-RAY DIFFRACTION99.99
3.3-3.470.21313510.17197100X-RAY DIFFRACTION100
3.47-3.690.18993690.1637097X-RAY DIFFRACTION100
3.69-3.970.17723730.15647144X-RAY DIFFRACTION100
3.97-4.370.17323550.14237138X-RAY DIFFRACTION100
4.37-50.15873400.1377195X-RAY DIFFRACTION100
5-6.30.18253910.16997228X-RAY DIFFRACTION99.99
6.3-49.190.19153690.16977500X-RAY DIFFRACTION99.81

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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