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- PDB-7sqi: Crosslinked Crystal Structure of Type II Fatty Acid Synthase Keto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sqi
タイトルCrosslinked Crystal Structure of Type II Fatty Acid Synthase Ketosynthase, FabB, and C14-crypto Acyl Carrier Protein, AcpP
要素
  • Acyl carrier protein
  • Beta-ketoacyl-ACP synthase I
キーワードTRANSFERASE / ketosynthase / crosslink / FabB / ACP / KASI
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid A biosynthetic process / acyl binding / acyl carrier activity / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
ACP-like / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Acyl carrier protein (ACP) / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A7V / : / Acyl carrier protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Chen, A. / Mindrebo, J.T. / Davis, T.D. / Noel, J.P. / Burkart, M.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM097907 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Mechanism-based cross-linking probes capture the Escherichia coli ketosynthase FabB in conformationally distinct catalytic states.
著者: Chen, A. / Mindrebo, J.T. / Davis, T.D. / Kim, W.E. / Katsuyama, Y. / Jiang, Z. / Ohnishi, Y. / Noel, J.P. / Burkart, M.D.
履歴
登録2021年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-ketoacyl-ACP synthase I
B: Beta-ketoacyl-ACP synthase I
C: Acyl carrier protein
D: Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,5878
ポリマ－102,3734
非ポリマー1,2144
水19,2581069
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10750 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area30560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.990, 112.380, 141.640
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Beta-ketoacyl-ACP synthase I


分子量: 42541.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: fabB, FAZ83_00695 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A6D2VX38, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I
#2: タンパク質 Acyl carrier protein / ACP


分子量: 8645.460 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B7MJ81
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-A7V / N-{2-[(2Z)-3-chlorotetradec-2-enamido]ethyl}-N~3~-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alaninamide


分子量: 584.083 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H47ClN3O8P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1069 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.36 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG 8000, 0.3 M sodium acetate, 0.1 M sodium cacodylate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→39.1 Å / Num. obs: 104223 / % possible obs: 99.68 % / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 16.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.342 / Rpim(I) all: 0.102 / Rrim(I) all: 0.357 / Net I/σ(I): 527
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.7-1.7311.95.72551041.7065.9810.8599.5
9.31-39.112.60.0577440.0160.0590.6898.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6okc

6okc


解像度: 1.7→39.1 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2052 --
Rwork0.1709 --
obs-104223 99.68 %
原子変位パラメータBiso max: 120.72 Å2 / Biso mean: 23.8032 Å2 / Biso min: 7.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→39.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7004 0 74 1069 8147
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.761 Å /
Rfactor%反射
Rfree0.3285 -
Rwork0.3086 -
obs-98.55 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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