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- PDB-7sq0: Get3 bound to ADP and the transmembrane domain of the tail-anchor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sq0
タイトルGet3 bound to ADP and the transmembrane domain of the tail-anchored protein Bos1
要素
  • ATPase ASNA1 homolog
  • TMD of the tail-anchored protein Bos1
キーワードCHAPERONE / Tail-anchored membrane protein targeting Deviant Walker A ATPase targeting factor
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; 酸無水物に作用 / protein insertion into ER membrane / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Arsenical pump ATPase, ArsA/GET3, eukaryotic / Arsenical pump ATPase, ArsA/GET3 / Anion-transporting ATPase-like domain / Anion-transporting ATPase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ATPase ASNA1 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Giardia intestinalis (真核生物)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Fry, M.Y. / Maggiolo, A.O. / Clemons Jr., W.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM097572 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Structurally derived universal mechanism for the catalytic cycle of the tail-anchored targeting factor Get3.
著者: Michelle Y Fry / Vladimíra Najdrová / Ailiena O Maggiolo / Shyam M Saladi / Pavel Doležal / William M Clemons /
要旨: Tail-anchored (TA) membrane proteins, accounting for roughly 2% of proteomes, are primarily targeted posttranslationally to the endoplasmic reticulum membrane by the guided entry of TA proteins (GET) ...Tail-anchored (TA) membrane proteins, accounting for roughly 2% of proteomes, are primarily targeted posttranslationally to the endoplasmic reticulum membrane by the guided entry of TA proteins (GET) pathway. For this complicated process, it remains unknown how the central targeting factor Get3 uses nucleotide to facilitate large conformational changes to recognize then bind clients while also preventing exposure of hydrophobic surfaces. Here, we identify the GET pathway in Giardia intestinalis and present the structure of the Get3-client complex in the critical postnucleotide-hydrolysis state, demonstrating that Get3 reorganizes the client-binding domain (CBD) to accommodate and shield the client transmembrane helix. Four additional structures of GiGet3, spanning the nucleotide-free (apo) open to closed transition and the ATP-bound state, reveal the details of nucleotide stabilization and occluded CBD. This work resolves key conundrums and allows for a complete model of the dramatic conformational landscape of Get3.
履歴
登録2021年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年7月20日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02022年7月20日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.42025年5月28日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update / _em_software.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年5月28日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATPase ASNA1 homolog
B: ATPase ASNA1 homolog
C: TMD of the tail-anchored protein Bos1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,1588
ポリマ－94,1903
非ポリマー9685
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 ATPase ASNA1 homolog / Arsenical pump-driving ATPase homolog / Arsenite-stimulated ATPase


分子量: 39164.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Giardia intestinalis (strain ATCC 50803 / WB clone C6) (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 遺伝子: GL50803_7953 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Nico21(DE3)
参照: UniProt: A8B3G9, 加水分解酵素; 酸無水物に作用
#2: タンパク質 TMD of the tail-anchored protein Bos1


分子量: 15860.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Nico21(DE3)
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1The targeting factor Get3 bound to ADP and the TMD of the cargo tail-anchored protein Bos1COMPLEX#1-#20MULTIPLE SOURCES
2The TMD of the tail-anchored protein Bos1COMPLEX#21RECOMBINANT
3The targeting factor Get3COMPLEX#11RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
110.157 MDaYES
330.078 MDaYES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株
12Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
23Giardia intestinalis (strain ATCC 50803 / WB clone C6) (やつひげはらむし)184922ATCC 50803 / WB clone C6
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株
12Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008Nico21(DE3)
23Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008Nico21(DE3)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 0.73 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: DARK FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1.82 sec. / 電子線照射量: 63.2 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 2732
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC3.2.0粒子像選択
4CTFFIND4.1CTF補正
8PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 1790962
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 70330 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 84.72 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0029258
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.0616509
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.4143860
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.044786
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0011384

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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