PDB-7sph: Crystal structure of sperm whale myoglobin variant sMb13(pCaaF) i...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7sph

タイトル

Crystal structure of sperm whale myoglobin variant sMb13(pCaaF) in space group P21

要素

Myoglobin

キーワード

OXYGEN STORAGE / HEME / METALLOPROTEIN / THIOETHER / MYOGLOBIN

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Physeter macrocephalus (マッコウクジラ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Bacik, J.P. / Fasan, R. / Ando, N.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2022
タイトル: Tuning Enzyme Thermostability via Computationally Guided Covalent Stapling and Structural Basis of Enhanced Stabilization.
著者: Iannuzzelli, J.A. / Bacik, J.P. / Moore, E.J. / Shen, Z. / Irving, E.M. / Vargas, D.A. / Khare, S.D. / Ando, N. / Fasan, R.

履歴

登録	2021年11月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年6月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Derived calculations / Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7sph.cif.gz	89.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7sph.ent.gz	65.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7sph.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7sph_validation.pdf.gz	833.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7sph_full_validation.pdf.gz	833.3 KB	表示
XML形式データ	7sph_validation.xml.gz	12.1 KB	表示
CIF形式データ	7sph_validation.cif.gz	16.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sp/7sph ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sp/7sph	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7speC 7spfC 7spgC 6m8fS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (3) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (2) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (2) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1) #41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (3)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (2)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (2)
#263 - 2021年11月
アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase)
類似性 (1)
#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (1)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Myoglobin

ヘテロ分子

18.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.044, 41.628, 50.887
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 112.700, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Myoglobin 分子量: 17464.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Physeter macrocephalus (マッコウクジラ) 遺伝子: MB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02185
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシラジカル分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₂
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.17 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 160 nl of protein (0.6 mM) in 20 mM Tris pH 8.4, 1 mM EDTA, was mixed with an equal volume of reservoir solution, 2.2 M ammonium sulfate, 0.2 M potassium fluoride.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→31.15 Å / Num. obs: 42991 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 14.27 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.039 / R_pim(I) all: 0.016 / Net I/σ(I): 22.3
反射シェル	解像度: 1.3→1.32 Å / R_merge(I) obs: 0.602 / Num. unique obs: 1314 / CC_1/2: 0.818 / R_pim(I) all: 0.281

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6M8F

6m8f

解像度: 1.3→31.15 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 14.75 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1603	2157	5.02 %
R_work	0.1339	40820	-
obs	0.1352	42977	91.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 87.42 Å² / B_iso mean: 21.3456 Å² / B_iso min: 10.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.3→31.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1218	0	60	225	1503
B_iso mean	-	-	20.49	36.49	-
残基数	-	-	-	-	154

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.3-1.3303	0.1966	91	0.201	1697	58
1.3303-1.3635	0.2045	124	0.1805	1996	69
1.3635-1.4004	0.2093	128	0.156	2530	86
1.4004-1.4416	0.1897	145	0.132	2827	96
1.4416-1.4881	0.1329	156	0.1229	2860	97
1.4881-1.5413	0.1465	187	0.1136	2808	97
1.5413-1.603	0.1692	147	0.1196	2826	96
1.603-1.676	0.1492	132	0.1123	2880	98
1.676-1.7644	0.1582	159	0.1177	2882	97
1.7644-1.8749	0.1564	128	0.1257	2872	96
1.8749-2.0196	0.1532	138	0.1293	2880	97
2.0196-2.2228	0.1525	178	0.1237	2923	99
2.2228-2.5443	0.1715	129	0.1324	2891	97
2.5443-3.2051	0.1689	170	0.1445	2950	99
3.2051-31.15	0.1511	145	0.1398	2998	97

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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