[日本語] English
万見
- PDB-7sp3: E. coli RppH bound to Ap4A -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sp3
タイトルE. coli RppH bound to Ap4A
要素RNA pyrophosphohydrolase
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Cap / Ap4A / RppH / Nudix hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA 5'-diphosphatase activity / mRNA catabolic process / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA pyrophosphohydrolase RppH / NUDIX hydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BIS(ADENOSINE)-5'-TETRAPHOSPHATE / FLUORIDE ION / RNA pyrophosphohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Serganov, A.A. / Vasilyev, N. / Nuthanakanti, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM112940 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: A distinct RNA recognition mechanism governs Np 4 decapping by RppH.
著者: Levenson-Palmer, R. / Luciano, D.J. / Vasilyev, N. / Nuthanakanti, A. / Serganov, A. / Belasco, J.G.
履歴
登録2021年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RNA pyrophosphohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9307
ポリマ－18,9661
非ポリマー9646
水2,018112
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.390, 36.384, 57.801
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.101, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 RNA pyrophosphohydrolase / (Di)nucleoside polyphosphate hydrolase


分子量: 18965.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: rppH, nudH, D9D94_13650, D9E88_05455, D9J61_06705, G5V60_04980, GP711_07030
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A3K0QF38, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用

-
非ポリマー , 5種, 118分子

#2: 化合物 ChemComp-B4P / BIS(ADENOSINE)-5'-TETRAPHOSPHATE / ジアデノシン四りん酸


分子量: 836.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28N10O19P4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-F / FLUORIDE ION / フルオリド


分子量: 18.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: F
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.4 M (NH4)2SO4, 10% (v/v) PEG3350, and 10% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU R-AXIS / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→19.4 Å / Num. obs: 20993 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 18.88 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 22.49
反射 シェル解像度: 1.6→1.657 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.5874 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 1890 / CC1/2: 0.752 / CC star: 0.926 / Rpim(I) all: 0.3048 / Rrim(I) all: 0.6652 / % possible all: 89.32

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PHENIX1.17.1_3660精密化
CrystalClearデータ収集
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4S2W

4s2w


解像度: 1.6→18.84 Å / SU ML: 0.197 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 24.9407
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2195 1050 5 %
Rwork0.1828 19941 -
obs0.1846 20991 97.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 25.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→18.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1223 0 41 112 1376
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00681378
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95671885
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0563192
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0059237
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.7511188
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.680.30831390.25672635X-RAY DIFFRACTION91.46
1.68-1.790.26841470.22252789X-RAY DIFFRACTION96.83
1.79-1.930.26441490.20922848X-RAY DIFFRACTION97.46
1.93-2.120.22621500.18822850X-RAY DIFFRACTION98.26
2.12-2.430.23811540.18672910X-RAY DIFFRACTION99.06
2.43-3.060.22591530.18252910X-RAY DIFFRACTION99.71
3.06-18.840.18511580.16252999X-RAY DIFFRACTION99.87

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る