PDB-7soo: LaM domain of human LARP1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7soo

タイトル

LaM domain of human LARP1

要素

Isoform 2 of La-related protein 1

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / Winged helix fold / RNA binding domain

機能・相同性

Isoform 2 of La-related protein 1

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Kozlov, G. / Gehring, K.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Structural basis of 3'-end poly(A) RNA recognition by LARP1.
著者: Kozlov, G. / Mattijssen, S. / Jiang, J. / Nyandwi, S. / Sprules, T. / Iben, J.R. / Coon, S.L. / Gaidamakov, S. / Noronha, A.M. / Wilds, C.J. / Maraia, R.J. / Gehring, K.

履歴

登録	2021年11月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年9月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2022年11月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7soo.cif.gz	63.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7soo.ent.gz	37.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7soo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7soo_validation.pdf.gz	432.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7soo_full_validation.pdf.gz	432.3 KB	表示
XML形式データ	7soo_validation.xml.gz	6.2 KB	表示
CIF形式データ	7soo_validation.cif.gz	7.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/so/7soo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/so/7soo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7sopC 7soqC 7sorC 7sosC 7sotC 7souC 7sovC 1zh5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Isoform 2 of La-related protein 1

ヘテロ分子

12.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.572, 46.776, 57.098
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Isoform 2 of La-related protein 1 / La ribonucleoprotein domain family member 1 分子量: 11806.507 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 323-410 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LARP1, KIAA0731, LARP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6PKG0-3
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.53 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 25% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1.52154 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.52154 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 12117 / % possible obs: 98.68 % / 冗長度: 7.4 % / B_iso Wilson estimate: 34.67 Å² / R_sym value: 0.049 / Net I/σ(I): 55.9
反射シェル	解像度: 1.65→1.71 Å / Num. unique obs: 1138 / R_sym value: 0.34

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxDC		データ収集
PHENIX	1.19_4092	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1ZH5

1zh5

解像度: 1.65→36.18 Å / SU ML: 0.2214 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.4708
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2244	1212	10 %
R_work	0.2052	10905	-
obs	0.2072	12117	98.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→36.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	724	0	21	48	793

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0052	756
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7943	1029
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0488	114
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0077	130
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.2121	99

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.72	0.3983	127	0.3575	1143	X-RAY DIFFRACTION	96.21
1.72-1.79	0.2606	134	0.2635	1209	X-RAY DIFFRACTION	99.7
1.79-1.89	0.2957	133	0.2419	1200	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.89-2.01	0.2696	134	0.2242	1199	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.01-2.16	0.2575	135	0.1945	1214	X-RAY DIFFRACTION	99.19
2.16-2.38	0.2361	131	0.1996	1177	X-RAY DIFFRACTION	96.67
2.38-2.72	0.2093	134	0.2179	1209	X-RAY DIFFRACTION	97.96
2.72-3.43	0.2159	138	0.207	1244	X-RAY DIFFRACTION	99.42
3.43-36.18	0.2107	146	0.1918	1310	X-RAY DIFFRACTION	99.25

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.25840309425	-0.781401265319	1.38112470386	3.34709758661	-0.763268726277	4.55172827382	0.163766870235	-0.130978815063	-0.311953102496	0.212088982132	-0.153462520692	0.300527158539	-0.0970121919206	0.0121516693669	-0.0869232234746	0.272455294964	-0.0382179864275	0.00387679542014	0.330804469227	0.00235742677362	0.311992257421	6.65124360794	17.4933607109	32.3517044095
2	3.50802677532	-0.342303359028	-1.35419529515	3.41277574278	-1.32360248751	4.85267266951	0.127966608652	0.0368067070524	-0.0540990501917	-0.082396875171	-0.296391701926	-0.0663300059831	-0.266002728863	0.53816602869	0.112580726794	0.356985135541	-0.0222371289076	-0.0139818288902	0.338642044937	0.0322927357918	0.348230436359	6.91953145176	28.8991145339	18.3220335298
3	1.12879795396	0.0681522818284	-0.55529947728	3.10210401255	-1.02824905069	1.94240651579	0.0214286344741	0.0969269073073	0.575013192358	-0.00396214247986	0.135240402343	-0.0136607274901	-0.381320220765	0.0356971233587	-0.0913325786782	0.288273437394	0.0208177500987	0.00234347700345	0.352592709805	0.0126698162738	0.368922812839	-2.31213423519	22.2134501954	18.6929060182
4	8.03158367621	-0.0066639203692	2.82200553378	7.50370691092	-2.84665113634	4.1868398365	-0.0842715696558	0.590707715011	-0.37341169145	-0.101739703717	-0.188445596945	-0.638389219455	0.257193032247	0.133355913657	0.186839064765	0.272471382808	0.0147254209924	0.0130280325206	0.369619052428	-0.0211411634328	0.317737659339	7.79399759597	12.1660159097	23.8956161814
5	6.01376779356	-1.29377988582	0.449781692705	4.28011153356	0.171170439404	5.82119664087	0.333242467013	-0.30742640465	-0.177251424268	-0.0081950625575	-0.417241325384	0.5536553671	-0.0203560621141	0.0208841779486	-0.0128733278674	0.27487848961	0.0129321101002	0.000258080856426	0.348611148721	-0.0148900076494	0.284383934036	-1.67585644141	13.9294374832	29.6331117511
6	4.95685717211	0.817556601669	0.502729664583	3.13904674166	-0.819557240363	2.78944147047	0.239096220978	-0.423740289543	-0.0561860749078	0.194151445361	-0.0222350826987	0.473451536919	-0.0926075106482	-0.44772962509	-0.350506203644	0.412382913276	-0.00377672192679	0.0456203755366	0.347631282147	0.0231972286025	0.425715671321	-5.36742175645	23.3959006055	27.2555891752
7	3.54664611554	-0.193460174697	-1.54144392382	2.33238621074	-1.71917218503	6.30362804748	0.458305590942	-0.398747221361	0.399696081023	0.432335964089	0.151422743494	0.299429844039	-1.03207302049	0.0612040440859	-0.552914240484	0.441960725692	0.0151440901313	0.0601032971214	0.312166814781	0.0139195670125	0.365294448033	-0.71508773021	32.861368876	20.1724429497

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 322 through 337 )	322 - 337	1 - 16
2	2	chain 'A' and (resid 338 through 352 )	338 - 352	17 - 31
3	3	chain 'A' and (resid 353 through 366 )	353 - 366	32 - 45
4	4	chain 'A' and (resid 367 through 376 )	367 - 376	46 - 55
5	5	chain 'A' and (resid 377 through 384 )	377 - 384	56 - 63
6	6	chain 'A' and (resid 385 through 398 )	385 - 398	64 - 77
7	7	chain 'A' and (resid 399 through 410 )	399 - 410	78 - 89

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)