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万見
- PDB-7som: Ciliary C2 central pair apparatus isolated from Chlamydomonas rei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7som
タイトルCiliary C2 central pair apparatus isolated from Chlamydomonas reinhardtii
要素
  • (Unknown protein) x 3
  • Cilia- and flagella-associated protein 20
  • FAP147
  • FAP178
  • FAP196
  • FAP213
  • FAP225
  • FAP239
  • FAP388
  • FAP424
  • FAP65
  • FAP70
  • Flagellar WD repeat-containing protein Pf20
  • Flagellar associated protein
  • Tubulin alpha
  • Tubulin beta
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / cilia / microtubule
機能・相同性
機能・相同性情報


axonemal central pair / axonemal doublet microtubule / organelle / positive regulation of cilium-dependent cell motility / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / establishment of protein localization to organelle / cilium movement / axoneme assembly / axonemal microtubule / motile cilium ...axonemal central pair / axonemal doublet microtubule / organelle / positive regulation of cilium-dependent cell motility / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / establishment of protein localization to organelle / cilium movement / axoneme assembly / axonemal microtubule / motile cilium / microtubule associated complex / regulation of cytoskeleton organization / axoneme / microtubule-based process / cilium assembly / ciliary basal body / structural constituent of cytoskeleton / microtubule binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / transcription coactivator activity / hydrolase activity / GTPase activity / calcium ion binding / regulation of DNA-templated transcription / GTP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MYCBP-associated protein / Protein FAM228 / : / : / : / MYCBP-associated protein family / Associate of Myc 1 / : / CH-like domain in sperm protein / CH-like domain in sperm protein ...MYCBP-associated protein / Protein FAM228 / : / : / : / MYCBP-associated protein family / Associate of Myc 1 / : / CH-like domain in sperm protein / CH-like domain in sperm protein / : / HYDIN/CFA65/VesB-like, Ig-like domain / : / : / CFA20 domain / Cilia- and flagella-associated protein 20/CFAP20DC / : / CFA20 domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Uncharacterized protein / Flagellar associated protein / Calponin-homology (CH) domain-containing protein / Cilia- and flagella-associated protein 70 / HYDIN/VesB/CFA65-like Ig-like domain-containing protein / Flagellar associated protein / Flagellar associated protein / EF-hand domain-containing protein ...GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Uncharacterized protein / Flagellar associated protein / Calponin-homology (CH) domain-containing protein / Cilia- and flagella-associated protein 70 / HYDIN/VesB/CFA65-like Ig-like domain-containing protein / Flagellar associated protein / Flagellar associated protein / EF-hand domain-containing protein / Predicted protein / Flagellar associated protein 174 / Cilia- and flagella-associated protein 20 / Flagellar associated protein / Tubulin beta-1/beta-2 chain / Tubulin alpha-1 chain / Flagellar WD repeat-containing protein Pf20
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Gui, M. / Wang, X. / Dutcher, S.K. / Brown, A. / Zhang, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Ciliary central apparatus structure reveals mechanisms of microtubule patterning.
著者: Miao Gui / Xiangli Wang / Susan K Dutcher / Alan Brown / Rui Zhang /
要旨: A pair of extensively modified microtubules form the central apparatus (CA) of the axoneme of most motile cilia, where they regulate ciliary motility. The external surfaces of both CA microtubules ...A pair of extensively modified microtubules form the central apparatus (CA) of the axoneme of most motile cilia, where they regulate ciliary motility. The external surfaces of both CA microtubules are patterned asymmetrically with large protein complexes that repeat every 16 or 32 nm. The composition of these projections and the mechanisms that establish asymmetry and longitudinal periodicity are unknown. Here, by determining cryo-EM structures of the CA microtubules, we identify 48 different CA-associated proteins, which in turn reveal mechanisms for asymmetric and periodic protein binding to microtubules. We identify arc-MIPs, a novel class of microtubule inner protein, that bind laterally across protofilaments and remodel tubulin structure and lattice contacts. The binding mechanisms utilized by CA proteins may be generalizable to other microtubule-associated proteins. These structures establish a foundation to elucidate the contributions of individual CA proteins to ciliary motility and ciliopathies.
履歴
登録2021年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年6月5日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: Tubulin beta
AB: Tubulin alpha
AC: Tubulin beta
AD: Tubulin alpha
AE: Tubulin beta
AF: Tubulin alpha
AG: Tubulin beta
AH: Tubulin alpha
AI: Tubulin beta
AJ: Tubulin alpha
AK: Tubulin beta
AL: Tubulin alpha
BA: Tubulin beta
BB: Tubulin alpha
BC: Tubulin beta
BD: Tubulin alpha
BE: Tubulin beta
BF: Tubulin alpha
BG: Tubulin beta
BH: Tubulin alpha
BI: Tubulin beta
BJ: Tubulin alpha
BK: Tubulin beta
BL: Tubulin alpha
CB: Tubulin alpha
CC: Tubulin beta
CD: Tubulin alpha
CE: Tubulin beta
CF: Tubulin alpha
CG: Tubulin beta
CH: Tubulin alpha
CI: Tubulin beta
CJ: Tubulin alpha
CK: Tubulin beta
DB: Tubulin alpha
DC: Tubulin beta
DD: Tubulin alpha
DE: Tubulin beta
DF: Tubulin alpha
DG: Tubulin beta
DH: Tubulin alpha
DI: Tubulin beta
DJ: Tubulin alpha
DK: Tubulin beta
DL: Tubulin alpha
EA: Tubulin beta
EB: Tubulin alpha
EC: Tubulin beta
ED: Tubulin alpha
EE: Tubulin beta
EF: Tubulin alpha
EG: Tubulin beta
EH: Tubulin alpha
EI: Tubulin beta
EJ: Tubulin alpha
EK: Tubulin beta
EL: Tubulin alpha
FA: Tubulin beta
FB: Tubulin alpha
FC: Tubulin beta
FD: Tubulin alpha
FE: Tubulin beta
FF: Tubulin alpha
FG: Tubulin beta
FH: Tubulin alpha
FI: Tubulin beta
FJ: Tubulin alpha
FK: Tubulin beta
FL: Tubulin alpha
GC: Tubulin beta
GD: Tubulin alpha
GE: Tubulin beta
GF: Tubulin alpha
GG: Tubulin beta
GH: Tubulin alpha
GI: Tubulin beta
GJ: Tubulin alpha
GK: Tubulin beta
GL: Tubulin alpha
GM: Tubulin beta
HC: Tubulin beta
HD: Tubulin alpha
HE: Tubulin beta
HF: Tubulin alpha
HG: Tubulin beta
HH: Tubulin alpha
HI: Tubulin beta
HJ: Tubulin alpha
HK: Tubulin beta
HL: Tubulin alpha
HM: Tubulin beta
IC: Tubulin beta
ID: Tubulin alpha
IE: Tubulin beta
IF: Tubulin alpha
IG: Tubulin beta
IH: Tubulin alpha
II: Tubulin beta
IJ: Tubulin alpha
IK: Tubulin beta
IL: Tubulin alpha
IM: Tubulin beta
JB: Tubulin alpha
JC: Tubulin beta
JD: Tubulin alpha
JE: Tubulin beta
JF: Tubulin alpha
JG: Tubulin beta
JH: Tubulin alpha
JI: Tubulin beta
JJ: Tubulin alpha
JK: Tubulin beta
JL: Tubulin alpha
JM: Tubulin beta
KB: Tubulin alpha
KC: Tubulin beta
KD: Tubulin alpha
KE: Tubulin beta
KF: Tubulin alpha
KG: Tubulin beta
KH: Tubulin alpha
KI: Tubulin beta
KJ: Tubulin alpha
KK: Tubulin beta
KL: Tubulin alpha
LB: Tubulin alpha
LC: Tubulin beta
LD: Tubulin alpha
LE: Tubulin beta
LF: Tubulin alpha
LG: Tubulin beta
LH: Tubulin alpha
LI: Tubulin beta
LJ: Tubulin alpha
LK: Tubulin beta
LL: Tubulin alpha
MB: Tubulin alpha
MC: Tubulin beta
MD: Tubulin alpha
ME: Tubulin beta
MF: Tubulin alpha
MG: Tubulin beta
MH: Tubulin alpha
MI: Tubulin beta
MJ: Tubulin alpha
MK: Tubulin beta
ML: Tubulin alpha
a: Cilia- and flagella-associated protein 20
b: Cilia- and flagella-associated protein 20
c: Cilia- and flagella-associated protein 20
d: Cilia- and flagella-associated protein 20
e: Unknown protein
f: Unknown protein
g: Unknown protein
h: Unknown protein
i: Unknown protein
j: Unknown protein
k: Unknown protein
l: Unknown protein
m: FAP65
n: FAP65
o: FAP65
p: FAP70
q: FAP70
r: FAP70
s: Unknown protein
A: FAP147
B: FAP147
C: FAP147
P: FAP178
Q: FAP178
R: FAP178
S: FAP178
T: Flagellar WD repeat-containing protein Pf20
U: Flagellar WD repeat-containing protein Pf20
V: Flagellar WD repeat-containing protein Pf20
W: Flagellar WD repeat-containing protein Pf20
aa: FAP178
bb: Flagellar associated protein
cc: FAP178
CA: Tubulin beta
F: FAP196
G: FAP196
H: FAP196
I: FAP196
D: Flagellar associated protein
E: Flagellar associated protein
J: FAP213
K: FAP213
O: FAP225
Y: FAP225
L: FAP225
M: FAP225
N: FAP225
X: FAP225
A1: FAP239
A2: FAP388
A3: FAP424
A4: FAP388
Z: FAP178
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,414,827422
ポリマ－10,341,516200
非ポリマー73,311222
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

-
タンパク質 , 16種, 198分子 AAACAEAGAIAKBABCBEBGBIBKCCCECGCICKDCDEDGDIDKEAECEEEGEIEKFAFC...

#1: タンパク質 ...
Tubulin beta / Tubulin beta-1/beta-2 chain / Beta-tubulin


分子量: 49665.809 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P04690
#2: タンパク質 ...
Tubulin alpha / Tubulin alpha-1 chain


分子量: 49638.008 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P09204
#3: タンパク質
Cilia- and flagella-associated protein 20 / Basal body up-regulated protein 22 / Bug22p / Flagellar-associated protein 20


分子量: 64880.324 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8IU92
#4: タンパク質 Unknown protein


分子量: 22262.674 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
#5: タンパク質 Unknown protein


分子量: 81430.711 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
#6: タンパク質 Unknown protein


分子量: 57734.598 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
#7: タンパク質 FAP65


分子量: 46261.570 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DLJ2
#8: タンパク質 FAP70


分子量: 10089.324 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DKW3
#9: タンパク質 FAP147


分子量: 22193.566 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DUG8
#10: タンパク質
FAP178 / Calponin-homology (CH) domain-containing protein


分子量: 65929.133 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3D8Z6
#11: タンパク質
Flagellar WD repeat-containing protein Pf20


分子量: 10336.616 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P93107
#12: タンパク質 Flagellar associated protein / Flagellar associated protein 174


分子量: 233221.547 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8I439
#13: タンパク質
FAP196 / WD_REPEATS_REGION domain-containing protein


分子量: 111116.258 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3CQT7
#14: タンパク質 FAP213 / Flagellar associated protein


分子量: 102141.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8JB78
#15: タンパク質
FAP225 / Flagellar associated protein


分子量: 23511.406 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8HNF2
#17: タンパク質 FAP388


分子量: 6571.091 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3CXB9

-
タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 A1A3

#16: タンパク質・ペプチド FAP239


分子量: 4103.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DV98
#18: タンパク質・ペプチド FAP424


分子量: 4017.944 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8HZB8

-
非ポリマー , 3種, 222分子

#19: 化合物...
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#20: 化合物...
ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#21: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: C2 central pair apparatus complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2, #13-#18, #3, #11-#12, #7-#10, #4-#6 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 39.6 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
7Coot0.9.5モデルフィッティング
13PHENIX1.19.2モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 104806 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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