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- PDB-7sol: Crystal Structures of the bispecific ubiquitin/FAT10 activating e... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sol
タイトルCrystal Structures of the bispecific ubiquitin/FAT10 activating enzyme, Uba6
要素
  • Ubiquitin
  • Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 6
キーワードSIGNALING PROTEIN/Ligase / UBIQUITIN / E1 / ADENYLATION / THIOESTER BOND / E2 / FAT10 / IP6 / LIGASE / ATP-binding / nucleotide binding / conformational change / SIGNALING PROTEIN / SIGNALING PROTEIN-Ligase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


FAT10 activating enzyme activity / amygdala development / E1 ubiquitin-activating enzyme / ubiquitin activating enzyme activity / thiosulfate sulfurtransferase activity / dendritic spine development / nucleotidyltransferase activity / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / learning / locomotory behavior ...FAT10 activating enzyme activity / amygdala development / E1 ubiquitin-activating enzyme / ubiquitin activating enzyme activity / thiosulfate sulfurtransferase activity / dendritic spine development / nucleotidyltransferase activity / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / learning / locomotory behavior / hippocampus development / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / DNA damage response / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-activating enzyme E1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, four-helix bundle / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal domain superfamily / Ubiquitin-activating enzyme E1, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain superfamily / Ubiquitin fold domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 four-helix bundle ...Ubiquitin-activating enzyme E1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, four-helix bundle / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal domain superfamily / Ubiquitin-activating enzyme E1, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain superfamily / Ubiquitin fold domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 four-helix bundle / Ubiquitin-activating enzyme e1 C-terminal domain / Ubiquitin-activating enzyme, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme, SCCH domain / Ubiquitin/SUMO-activating enzyme E1-like / Ubiquitin-activating enzyme E1, inactive adenylation domain, subdomain 1 / ThiF/MoeB/HesA family / Ubiquitin-activating enzyme / THIF-type NAD/FAD binding fold / ThiF family / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 6 / Ubiquitin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Triticum aestivum (コムギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25000635563 Å
データ登録者Olsen, S.K. / Gao, F. / Lv, Z.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM115568 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM128731 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RR200030 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Crystal structures reveal catalytic and regulatory mechanisms of the dual-specificity ubiquitin/FAT10 E1 enzyme Uba6.
著者: Yuan, L. / Gao, F. / Lv, Z. / Nayak, D. / Nayak, A. / Santos Bury, P.D. / Cano, K.E. / Jia, L. / Oleinik, N. / Atilgan, F.C. / Ogretmen, B. / Williams, K.M. / Davies, C. / El Oualid, F. / ...著者: Yuan, L. / Gao, F. / Lv, Z. / Nayak, D. / Nayak, A. / Santos Bury, P.D. / Cano, K.E. / Jia, L. / Oleinik, N. / Atilgan, F.C. / Ogretmen, B. / Williams, K.M. / Davies, C. / El Oualid, F. / Wasmuth, E.V. / Olsen, S.K.
履歴
登録2021年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月3日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.02024年4月17日Group: Atomic model / Derived calculations / カテゴリ: atom_site / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 6
B: Ubiquitin
C: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 6
D: Ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)250,2617
ポリマ－248,9064
非ポリマー1,3543
水15,259847
1
A: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 6
B: Ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,4604
ポリマ－124,4532
非ポリマー1,0072
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4770 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area48890 Å2
手法PISA
2
C: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 6
D: Ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,8003
ポリマ－124,4532
非ポリマー3471
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4140 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area45270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)248.572, 101.317, 122.921
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.996, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23
14
24
15
25

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111METMETGLUGLU(chain A and (resseq 59:204 or resseq 890:954))AA59 - 20427 - 172
121ILEILEILEILE(chain A and (resseq 59:204 or resseq 890:954))AA890 - 954858 - 922
211METMETGLUGLU(chain C and (resseq 59:204 or resseq 890:954))CC59 - 20427 - 172
221ILEILEILEILE(chain C and (resseq 59:204 or resseq 890:954))CC890 - 954858 - 922
132HISHISGLYGLY(chain B and resseq -3:76)BB-3 - 754 - 82
232HISHISGLYGLYchain DDD-3 - 754 - 82
143TRPTRPARGARG(chain A and resseq 955:1044)AA955 - 1044923 - 1012
243TRPTRPARGARG(chain C and resseq 955:1044)CC955 - 1044923 - 1012
154LYSLYSSERSER(chain A and (resseq 628:798 or resseq 819:889))AA628 - 798596 - 766
164GLUGLULYSLYS(chain A and (resseq 628:798 or resseq 819:889))AA819 - 889787 - 857
254LYSLYSSERSER(chain C and (resseq 628:798 or resseq 819:889))CC628 - 798596 - 766
264GLUGLULYSLYS(chain C and (resseq 628:798 or resseq 819:889))CC819 - 889787 - 857
175GLUGLUGLNGLN(chain A and resseq 212:290)AA212 - 290180 - 258
275GLUGLUGLNGLN(chain C and resseq 212:290)CC212 - 290180 - 258

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 6 / Ubiquitin-activating enzyme 6 / Monocyte protein 4 / MOP-4 / Ubiquitin-activating enzyme E1-like ...Ubiquitin-activating enzyme 6 / Monocyte protein 4 / MOP-4 / Ubiquitin-activating enzyme E1-like protein 2 / E1-L2


分子量: 114760.164 Da / 分子数: 2 / 変異: C625A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBA6, MOP4, UBE1L2 / プラスミド: pFASTbac HTB / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0AVT1, E1 ubiquitin-activating enzyme
#2: タンパク質 Ubiquitin


分子量: 9692.942 Da / 分子数: 2 / 変異: K6R, K11R, K27R, K29R, K33R, K48R, K63R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Triticum aestivum (コムギ) / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): codon plus / 参照: UniProt: P69326
#3: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / フィチン酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H18O24P6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 847 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.23 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20 % PEG 3350, 0.2 M NaF

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データ収集

回折平均測定温度: 108 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 125930 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4.75 % / Biso Wilson estimate: 39.0284861538 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.25→2.29 Å / Num. unique obs: 5797 / CC1/2: 0.777

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6DC6

6dc6


解像度: 2.25000635563→45.9045852259 Å / SU ML: 0.250889902033 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37070617071 / 位相誤差: 21.3182018971
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.205701836009 2000 1.59799292089 %
Rwork0.165797872043 123157 -
obs0.166435680207 125157 97.9955683268 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 54.0402852294 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25000635563→45.9045852259 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17106 0 0 847 17953
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0040787528903717506
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.71761954282423751
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04654745694712684
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005102268589033048
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.400065055210685
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.251-2.30630.274893211131340.2150101333288192X-RAY DIFFRACTION91.5649400638
2.3063-2.36860.2598406366321470.2128635099178494X-RAY DIFFRACTION95.3752759382
2.3686-2.43830.278878594581290.2068306789318686X-RAY DIFFRACTION97.3817940787
2.4383-2.5170.2395300534761480.2007272341358783X-RAY DIFFRACTION98.4349167861
2.517-2.6070.2473038744261460.1923630164918829X-RAY DIFFRACTION98.5289274344
2.607-2.71130.2460917355061330.1990932668628777X-RAY DIFFRACTION98.1169474727
2.7113-2.83470.2687773634861530.2011888200748755X-RAY DIFFRACTION97.9116289294
2.8347-2.98410.2506599697241400.2009112067138989X-RAY DIFFRACTION99.8577991687
2.9841-3.17110.2384227978471440.2000975204838908X-RAY DIFFRACTION99.7465564738
3.1711-3.41580.2697957897251450.190516868688932X-RAY DIFFRACTION99.5285087719
3.4158-3.75940.2095553488581450.1640552270838878X-RAY DIFFRACTION98.7955764809
3.7594-4.30310.1685681165191410.1351845402648834X-RAY DIFFRACTION97.9696539679
4.3031-5.42010.1504718513021450.125764761929007X-RAY DIFFRACTION99.7384481255
5.4201-45.90.149367934941500.1372479057419093X-RAY DIFFRACTION98.9190924658
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1182452692-0.041324453566-0.400181191081.50325333735-0.006597356671081.637706019790.0942689138035-0.6661791565360.1286090074150.254374447304-0.0684929364304-0.223767079493-0.0148096673840.4799455701890.004584372544520.298783171323-0.0996232372843-0.05945745634340.55539217144-0.04939113206850.32145562518153.563504012967.0266677254132.834177479
20.532184093163-0.158454523476-0.3527353345192.057832897351.23418203251.288974995-0.05237148487620.0936142073744-0.0363700648997-0.02945479333190.0111383559048-0.1168930932960.2835663795270.1935971297340.01928561499970.4504251390720.0881084620680.04503219977670.4980931189850.02735239332420.46707131435559.954949956641.0960646093103.187398803
31.36632089395-0.005119788478430.02821855557741.04764559881-0.01305450176230.9073823966070.0800922772655-0.004730888663730.4063845264540.0235313416687-0.067645474254-0.0426201093394-0.2310132946570.122785452426-0.03392410894030.316621347723-0.05732194835850.02053913934540.274312283605-0.03947295485940.35431335084440.685409029176.331528112118.325219142
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5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 521 through 633 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 634 through 797 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 798 through 857 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 858 through 913 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 914 through 1050 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid -6 through -1 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 0 through 6 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 7 through 22 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 23 through 34 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 35 through 44 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 45 through 56 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 57 through 70 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 71 through 76 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 59 through 198 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 199 through 364 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 365 through 584 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 585 through 731 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 732 through 967 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 968 through 1048 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid -3 through 6 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 7 through 70 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 71 through 76 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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