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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7soh | ||||||
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タイトル | Exploring Cystine Dense Peptide Space to Open a Unique Molecular Toolbox | ||||||
要素 | Chlorotoxin | ||||||
キーワード | TOXIN / CDP / Chlorotoxin | ||||||
機能・相同性 | Scorpion short chain toxin, chloride channel inhibitor / Scorpion short toxin / Scorpion short toxin chloride channel inhibitor subfamily profile. / peptidase inhibitor activity / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / chloride channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Chlorotoxin 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Leiurus quinquestriatus quinquestriatus (サソリ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å | ||||||
データ登録者 | Gewe, M.M. / Strong, R.K. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2018 タイトル: Screening, large-scale production and structure-based classification of cystine-dense peptides. 著者: Correnti, C.E. / Gewe, M.M. / Mehlin, C. / Bandaranayake, A.D. / Johnsen, W.A. / Rupert, P.B. / Brusniak, M.Y. / Clarke, M. / Burke, S.E. / De Van Der Schueren, W. / Pilat, K. / Turnbaugh, S. ...著者: Correnti, C.E. / Gewe, M.M. / Mehlin, C. / Bandaranayake, A.D. / Johnsen, W.A. / Rupert, P.B. / Brusniak, M.Y. / Clarke, M. / Burke, S.E. / De Van Der Schueren, W. / Pilat, K. / Turnbaugh, S.M. / May, D. / Watson, A. / Chan, M.K. / Bahl, C.D. / Olson, J.M. / Strong, R.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7soh.cif.gz | 20.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7soh.ent.gz | 10.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7soh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7soh_validation.pdf.gz | 393.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7soh_full_validation.pdf.gz | 393.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7soh_validation.xml.gz | 3.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7soh_validation.cif.gz | 4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/so/7soh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/so/7soh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6atwS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4239.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Leiurus quinquestriatus quinquestriatus (サソリ) 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P45639 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 26.29 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.2 M tri-Potassium Citrate, 20% (w/v) PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.81→50 Å / Num. obs: 2451 / % possible obs: 86 % / 冗長度: 5.4 % / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rrim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 33 |
反射 シェル | 解像度: 1.81→1.875 Å / Num. unique obs: 91 / CC1/2: 0.95 / % possible all: 15.6 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6ATW 解像度: 1.81→23.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 3.172 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 34.08 Å2 / Biso mean: 13.514 Å2 / Biso min: 7.24 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.81→23.87 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.81→1.853 Å / Rfactor Rfree error: 0
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