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- PDB-7snx: 1.70A Resolution Structure of NanoBiT Complementation Reporter Co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7snx
タイトル1.70A Resolution Structure of NanoBiT Complementation Reporter Complex of LgBit and SmBiT Subunits
要素
  • Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit
  • Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit: C-terminal Peptide (11-mer)
キーワードOXIDOREDUCTASE / OPLOPHORUS BIOLUMINESCENT PROTEIN / NANOLUC LUCIFERASE / NLUC / COELENTERAZINE / FURIMAZINE / BETA-BARREL / Split reporter / split luciferase / HiBiT / ternary Nluc / LgTrip
機能・相同性
機能・相同性情報


Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase / Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase activity / bioluminescence / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Oplophorus gracilirostris (甲殻類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Lovell, S. / Mehzabeen, N. / Battaile, K.P. / Wood, M.G. / Encell, L.P. / Wood, K.V.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30 GM110761 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: 1.70A Resolution Structure of NanoBiT Complementation Reporter Complex of LgBit and SmBiT Subunits
著者: Encell, L.P. / Lovell, S. / Mehzabeen, N. / Battaile, K.P. / Wood, M.G. / Wood, K.V.
履歴
登録2021年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit
B: Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit: C-terminal Peptide (11-mer)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5893
ポリマ－19,4972
非ポリマー921
水3,495194
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2230 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area8410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.418, 73.418, 101.109
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit / 19kOLase


分子量: 18130.572 Da / 分子数: 1 / 断片: M-1 to S157
変異: A4E, Q11E, G15A, Q18L, L27V, F31L, A33N, G35A, K43R, V44I, L46R, G51A, A54I, G67A, F68D, G71A, L72Q, M75E, I76V, I90V, H93P, I107L, D108N, P115E, Q124K, Y138I, N144T, L149M, G157S
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oplophorus gracilirostris (甲殻類)
プラスミド: pFN18K(+AIA) / 発現宿主: Escherichia coli KRX (大腸菌)
参照: UniProt: Q9GV45, Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase
#2: タンパク質・ペプチド Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit: C-terminal Peptide (11-mer) / 19kOLase


分子量: 1366.582 Da / 分子数: 1 / 変異: W161Y, C164F, N166E / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Oplophorus gracilirostris (甲殻類) / 参照: UniProt: Q9GV45
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.8 % / Mosaicity: 0.08 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 1.5 M Na/K Phosphate, 4 (v/v) % 1,3-propanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→46.18 Å / Num. obs: 31166 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 16.67 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 12.2 / Num. measured all: 214426 / Scaling rejects: 5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Net I/σ(I) obs% possible all
1.7-1.737.11.3071152716270.5351.6100
9-46.185.80.03315902730.99937.399.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.75 Å36.71 Å
Translation1.75 Å36.71 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
PHENIXdev_4289精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IBO

5ibo


解像度: 1.7→36.71 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.09 / 位相誤差: 16.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1785 1622 5.22 %
Rwork0.1567 29480 -
obs0.1578 31102 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 61.25 Å2 / Biso mean: 20.6458 Å2 / Biso min: 9.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→36.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1316 0 6 194 1516
Biso mean--41.98 32.16 -
残基数----168
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.7-1.750.2931270.244524222549
1.75-1.810.27381360.223323952531
1.81-1.870.20861240.192124302554
1.87-1.950.18941280.17424152543
1.95-2.030.18061070.147524442551
2.03-2.140.18121470.140824112558
2.14-2.280.15621560.136124112567
2.28-2.450.16771310.138924622593
2.45-2.70.15851270.147524492576
2.7-3.090.19711400.144924792619
3.09-3.890.14921530.14425042657
3.89-36.710.17741460.16526582804
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.27730.28320.11291.27770.51671.65060.0048-0.017-0.0772-0.0170.0133-0.02430.07640.005-0.01540.11920.00530.01650.13140.0030.121164.355940.681331.9015
21.02130.7892-0.0891.7284-0.34180.56350.1395-0.1313-0.01840.1999-0.10130.17650.0968-0.0839-0.03150.1729-0.0216-0.0070.1438-0.00090.162956.300335.075941.3524
30.62540.1660.47120.21010.23851.47330.00170.04320.0264-0.0582-0.0266-0.0235-0.0490.08590.0250.1380.0023-0.00770.12180.00430.133572.560945.396432.8923
42.3876-0.56530.31461.4477-0.08041.68350.03040.04910.01920.1349-0.00050.0070.0259-0.0102-0.02150.14420.00540.00390.09610.00450.119764.409939.260926.2877
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 50 )A0 - 50
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 51 through 98 )A51 - 98
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 99 through 156 )A99 - 156
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 158 through 167 )B158 - 167

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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