PDB-7snt: 2.20A Resolution Structure of NanoLuc Luciferase with Bound Subst...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7snt

タイトル

2.20A Resolution Structure of NanoLuc Luciferase with Bound Substrate Analog 3-methoxy-furimazine

要素

Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit

キーワード

OXIDOREDUCTASE / OPLOPHORUS BIOLUMINESCENT PROTEIN / NANOLUC LUCIFERASE / NLUC / COELENTERAZINE / FURIMAZINE / BETA-BARREL / 3-methoxy-furimazine

機能・相同性

機能・相同性情報

Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase / Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase activity / bioluminescence / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Oplophorus gracilirostris (甲殻類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Lovell, S. / Mehzabeen, N. / Battaile, K.P. / Wood, M.G. / Unch, J. / Encell, L.P. / Wood, K.V.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: 2.20A Resolution Structure of NanoLuc Luciferase with Bound Substrate Analog 3-methoxy-furimazine
著者: Encell, L.P. / Lovell, S. / Mehzabeen, N. / Battaile, K.P. / Wood, M.G. / Wood, K.V.

履歴

登録	2021年10月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7snt.cif.gz	135.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7snt.ent.gz	103.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7snt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7snt_validation.pdf.gz	786.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7snt_full_validation.pdf.gz	789.1 KB	表示
XML形式データ	7snt_validation.xml.gz	13.6 KB	表示
CIF形式データ	7snt_validation.cif.gz	18.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sn/7snt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sn/7snt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5iboS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit

B: Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit

ヘテロ分子

39.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
19.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.648, 61.249, 64.664
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.040, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit / 19kOLase 分子量: 19429.164 Da / 分子数: 2 変異: A4E, Q11R, Q18L, L27V, A33N, K43R, V44I, A54I, F68D, L72Q, M75K, I90V, P115E, Q124K, Y138I, N166R 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Oplophorus gracilirostris (甲殻類) プラスミド: PFN18K(-AIA) / 発現宿主: Escherichia coli KRX (大腸菌) 参照: UniProt: Q9GV45, Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase
#2: 化合物	ChemComp-9Z5 / (4S)-8-benzyl-2-[(furan-2-yl)methyl]-3-methoxy-6-phenylimidazo[1,2-a]pyrazine 分子量: 395.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₂₁N₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.3 % / Mosaicity: 0.26 °
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.0 M sodium citrate dibasic, 0.1 M Tris, 0.2 M NaCl

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→45.79 Å / Num. obs: 18190 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 33.54 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.09 / R_pim(I) all: 0.058 / R_rim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 9.4 / Num. measured all: 61036

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.4 %

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.2-2.27	0.625	5328	1575	0.774	0.399	0.744	2	98.9
9.07-45.79	0.04	946	281	0.994	0.027	0.049	25.2	98.3

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.12 Å	42.12 Å
Translation	3.12 Å	42.12 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_4289	精密化
XDS		データ削減
Aimless	0.1.29	データスケーリング
PHASER	2.5.4	位相決定
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IBO

5ibo

解像度: 2.2→42.12 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.02 / 位相誤差: 29.35 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.264	932	5.12 %
R_work	0.2106	17255	-
obs	0.2134	18187	99.21 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 100.31 Å² / B_iso mean: 42.1205 Å² / B_iso min: 17.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.2→42.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2308	0	30	66	2404
B_iso mean	-	-	39.63	36.86	-
残基数	-	-	-	-	297

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.2-2.32	0.3129	142	0.2413	2452	2594	99
2.32-2.46	0.3169	131	0.2415	2416	2547	99
2.46-2.65	0.2951	133	0.2328	2449	2582	99
2.65-2.92	0.3046	130	0.2177	2466	2596	100
2.92-3.34	0.2909	132	0.2155	2450	2582	99
3.34-4.21	0.2426	137	0.1873	2473	2610	99
4.21-42.12	0.2243	127	0.2055	2549	2676	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3334	-0.5783	1.1381	1.5549	0.5958	1.7227	-0.0212	-0.1809	0.161	0.1476	-0.0894	-0.1571	-0.1557	0.1016	0.0001	0.1901	0.0021	0.0134	0.2522	-0.0046	0.2551	-12.0435	-18.7533	5.4826
2	0.5502	-0.1486	0.2851	1.4747	-0.5707	2.7442	0.0243	-0.1015	0.3944	0.684	0.1024	-0.7628	-0.5589	0.0818	-0.066	0.4023	0.0786	0.0225	0.2963	-0.1	0.6217	-11.9122	-4.4892	13.7235
3	0.3135	0.4644	-0.4984	0.5078	-0.5998	0.6006	-0.1474	0.0332	0.0599	0.0657	0.1472	0.2721	-0.0576	-0.0616	-0	0.1482	0.018	0.0123	0.2114	-0.0206	0.2947	-23.6256	-19.7059	1.0303
4	0.3375	0.5305	0.4842	0.6421	0.3494	1.4845	0.0292	0.0397	0.0276	-0.0516	-0.0745	-0.0054	0.2203	0.1268	0.0001	0.2093	0.036	0.0122	0.2229	-0.0007	0.221	-12.128	-20.4164	-1.4973
5	0.4013	0.109	-0.5191	0.7195	-0.5758	0.725	-0.1056	0.1195	0.0981	-0.0069	-0.0804	0.4804	-0.14	-0.4296	0	0.463	0.0221	-0.0037	0.4085	-0.0381	0.3663	6.7277	-18.3552	21.3212
6	5.8103	0.5436	-0.6955	0.2569	0.1353	0.2775	-0.0784	-0.4007	0.5235	-0.2138	-0.1121	-0.2165	0.3557	0.3857	-0.122	0.787	0.1351	0.0575	0.2878	0.0138	0.2749	16.6635	-36.3756	16.0875
7	0.6268	-0.2613	-1.0501	1.4408	-1.2077	3.7359	-0.4314	-0.1806	-0.9063	-0.8796	0.6277	0.4335	1.1359	-1.3607	0.0811	0.8851	0.0493	0.1364	0.5973	-0.0361	0.6502	8.9796	-38.6612	17.7422
8	0.065	-0.4484	0.1154	3.234	-0.9292	0.2732	0.4464	-0.5133	0.8247	1.4617	-0.3875	-0.145	-0.4716	-0.257	-0.0131	0.4694	-0.0496	0.0805	0.5145	-0.031	0.3073	4.5296	-20.7186	31.4883
9	0.2195	0.0619	0.2014	3.138	0.1071	1.5097	0.1692	-0.4481	0.2407	1.2658	0.0099	0.5713	-0.8844	-0.1603	0.1095	0.4712	0.0092	0.0364	0.4774	0.1274	0.265	8.5101	-29.1765	31.1806
10	0.6695	-0.0323	-0.3493	0.012	0.0423	0.4016	0.2374	-0.4198	-0.0627	0.51	-0.4814	-0.5208	-0.0297	0.6296	-0.007	0.5509	-0.0214	-0.175	0.5541	0.0464	0.3567	18.0711	-24.3549	29.9398
11	0.5785	-0.6782	0.3757	1.1491	-0.4632	0.3301	-0.0459	-0.3409	0.2631	0.4665	0.0963	-0.5137	0.0526	0.1437	0.0192	0.3556	0.0499	-0.0217	0.3423	0.0401	0.297	16.6845	-26.0326	22.0517
12	1.7149	-1.6086	-0.8968	2.2489	0.4168	0.4763	-0.3529	0.1293	-0.4749	-0.1036	0.2144	0.2107	0.8952	0.1226	0.232	0.2474	0.0499	0.0865	0.2783	0.0347	0.1367	8.6333	-23.8923	16.5971

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 59 )	A	-1 - 59
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 60 through 92 )	A	60 - 92
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 93 through 130 )	A	93 - 130
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 131 through 167 )	A	131 - 167
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid -1 through 16 )	B	-1 - 16
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 17 through 24 )	B	17 - 24
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 25 through 40 )	B	25 - 40
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 41 through 50 )	B	41 - 50
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 51 through 111 )	B	51 - 111
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 112 through 130 )	B	112 - 130
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 131 through 157 )	B	131 - 157
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 158 through 167 )	B	158 - 167

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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