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- PDB-7sns: 1.55A Resolution Structure of NanoLuc Luciferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sns
タイトル1.55A Resolution Structure of NanoLuc Luciferase
要素Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit
キーワードOXIDOREDUCTASE / OPLOPHORUS BIOLUMINESCENT PROTEIN / NANOLUC LUCIFERASE / NLUC / COELENTERAZINE / FURIMAZINE / BETA-BARREL
機能・相同性Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase / Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase activity / bioluminescence / Calycin / extracellular region / ACETATE ION / Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit
機能・相同性情報
生物種Oplophorus gracilirostris (甲殻類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Lovell, S. / Mehzabeen, N. / Battaile, K.P. / Wood, M.G. / Encell, L.P. / Wood, K.V.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30 GM110761 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: 1.55A Resolution Structure of NanoLuc Luciferase
著者: Encell, L.P. / Lovell, S. / Mehzabeen, N. / Battaile, K.P. / Wood, M.G. / Wood, K.V.
履歴
登録2021年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit
B: Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit
C: Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit
D: Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,89824
ポリマ－77,7174
非ポリマー1,18120
水12,448691
1
A: Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7837
ポリマ－19,4291
非ポリマー3546
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6655
ポリマ－19,4291
非ポリマー2364
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7246
ポリマ－19,4291
非ポリマー2955
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7246
ポリマ－19,4291
非ポリマー2955
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.332, 61.266, 94.969
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.080, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit / 19kOLase


分子量: 19429.164 Da / 分子数: 4
変異: A4E, Q11R, Q18L, L27V, A33N, K43R, V44I, A54I, F68D, L72Q, M75K, I90V, P115E, Q124K, Y138I, N166R
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oplophorus gracilirostris (甲殻類)
プラスミド: PFN18K(-AIA) / 発現宿主: Escherichia coli KRX (大腸菌)
参照: UniProt: Q9GV45, Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 691 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.39 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.8 M Sodium acetate trihydrate, 0.1 M BIS-TRIS propane

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→47.45 Å / Num. obs: 101022 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 20.87 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 11.9 / Num. measured all: 332167 / Scaling rejects: 213
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Net I/σ(I) obs% possible all
1.55-1.583.20.5711635650400.7791.899.8
8.49-47.453.40.02722066480.99933.496.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.1 Å47.47 Å
Translation2.1 Å47.47 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_4289精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.15データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IBO

5ibo


解像度: 1.55→39.04 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 位相誤差: 19.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1894 5052 5 %
Rwork0.1639 95933 -
obs0.1651 100985 98.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 67.66 Å2 / Biso mean: 27.2413 Å2 / Biso min: 12.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→39.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5283 0 80 691 6054
Biso mean--27.53 36.71 -
残基数----685
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.55-1.570.28141830.249332183401100
1.57-1.590.27011790.238231623341100
1.59-1.610.26991820.236732203402100
1.61-1.630.25411560.234131903346100
1.63-1.650.27441930.230531813374100
1.65-1.670.24951870.223532243411100
1.67-1.690.23611570.216832513408100
1.69-1.720.23851610.208631683329100
1.72-1.750.23761700.199832383408100
1.75-1.770.24321800.192731863366100
1.77-1.80.22331690.197232773446100
1.8-1.840.21321690.187131563325100
1.84-1.870.21341730.178732173390100
1.87-1.910.20811860.165432143400100
1.91-1.950.19291660.15593243340999
1.95-20.18311370.15831893326100
2-2.050.19271490.157632753424100
2.05-2.10.18021770.1573206338399
2.1-2.170.1791450.14873182332799
2.17-2.240.20192040.15143121332599
2.24-2.320.16091810.15523196337799
2.32-2.410.17611470.15723263341099
2.41-2.520.20861590.16133176333599
2.52-2.650.18621760.15723194337098
2.65-2.820.17611440.16253163330797
2.82-3.030.18741590.16413153331297
3.03-3.340.17791610.15563150331196
3.34-3.820.16921570.14793165332297
3.82-4.810.14081580.13093127328595
4.81-39.040.20851870.18373228341597
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4849-0.2201-0.49411.2054-0.04850.6986-0.0707-0.28630.0725-0.08-0.09960.1608-0.0553-0.33260.06910.13490.0163-0.01750.338-0.06720.152844.650731.034382.3655
21.3518-2.2189-2.30924.10244.29134.4637-0.05870.066-0.1711-0.67220.05710.0531-1.02210.4046-0.02980.2758-0.0532-0.00160.3258-0.06890.239663.562132.244779.159
32.7423-0.5505-2.84910.59840.46433.8770.0189-0.3403-0.18470.0117-0.16820.12160.0787-0.18070.10340.1392-0.03280.00250.3043-0.02480.163647.620922.233984.8339
42.18721.21050.65484.16661.18422.296-0.0299-0.3477-0.1385-0.03230.0896-0.6183-0.00770.2642-0.06590.24080.058-0.00850.25220.02240.260863.361117.69679.7029
50.7946-0.11750.02830.5618-0.07760.07170.0999-0.44670.15070.1024-0.16160.054-0.0652-0.33130.02480.1493-0.01170.00750.4543-0.08730.177949.114330.47992.8603
65.53992.11221.59411.8751.12662.1381-0.0201-0.32210.4438-0.2102-0.04960.0813-0.3976-0.36250.08580.1680.0773-0.00860.3317-0.10380.221643.76236.063482.9158
72.83462.26081.58195.02361.32131.46070.0892-0.23270.0216-0.3156-0.14710.08510.0825-0.26010.08230.21660.03920.00430.2614-0.03770.176543.931829.577477.9597
80.4816-0.2289-0.45061.2862-0.62812.208-0.04740.10560.056-0.11980.0210.1211-0.03490.08270.00870.1419-0.0117-0.00610.18450.03560.17237.81524.70281.9333
92.03850.13730.15881.1005-0.33080.60720.0047-0.4871-0.35340.01080.3850.6612-0.2752-0.7978-0.27850.22280.0581-0.00720.4140.0460.328426.511315.137181.0616
104.1132-3.52084.35792.9703-3.64955.78970.0807-0.4599-0.2146-0.06870.13780.14440.0377-0.5927-0.14970.19740.00420.01340.33580.03010.227133.156211.386887.251
111.5670.2470.86561.68840.02131.98860.1465-0.1709-0.12390.0343-0.08240.1290.1546-0.1068-0.05410.1092-0.0145-0.01110.18450.04660.174539.1378-0.334787.7313
127.8855-2.9177-2.26627.02591.59934.35970.22360.104-0.7482-0.1208-0.23790.37270.5220.0205-0.040.3153-0.00270.04210.1052-0.0370.219155.28438.109854.4022
131.4014-0.7875-0.51980.6047-0.05932.0382-0.0289-0.18180.1387-0.0282-0.0213-0.1173-0.06640.13660.03390.15990.00970.00930.0978-0.00250.150359.182626.563964.2898
144.7051-0.619-3.86492.63062.12187.65380.187-0.80240.30410.31020.00610.2958-0.45350.5109-0.18780.4061-0.05710.0560.3392-0.06330.368757.986938.302865.8387
151.7773-0.6925-0.32162.91921.20082.47810.01020.0258-0.015-0.4207-0.11550.0332-0.2929-0.19840.09520.21440.0018-0.00180.1386-0.00430.159149.166723.846258.1987
162.2388-0.2329-0.3531.32480.0751.50240.0637-0.09890.5038-0.24590.0329-0.0045-0.3715-0.1003-0.11540.23970.0174-0.03460.1236-0.00460.240648.328632.736557.0212
171.5141-0.67170.21991.07060.5731.2345-0.08650.0516-0.0074-0.13190.0333-0.12480.03980.15280.04450.2044-0.00570.03780.0753-0.00460.151761.323122.025156.3545
181.7110.28930.32980.58940.06951.41080.0494-0.06790.02370.0984-0.0533-0.0019-0.0729-0.0678-0.01290.16820.0328-0.00090.0959-0.01990.145528.690715.892760.6216
192.795-0.54414.27262.6834-2.96938.27590.3573-0.6749-0.164-0.2381-0.02850.23990.8609-0.8383-0.24520.2827-0.0741-0.06150.31950.00010.301728.2628-2.98263.4098
200.82720.03790.55981.5894-0.92831.71010.0202-0.05060.0393-0.07540.00530.0852-0.0775-0.0121-0.02950.18850.0072-0.0060.1186-0.00310.171537.782613.397757.7988
213.33110.75690.73882.11730.52022.8380.1830.0702-0.8168-0.19-0.1006-0.10780.41640.1951-0.07410.24310.0401-0.01560.2152-0.010.369142.6098-2.851362.4004
221.1487-0.7330.88380.8144-1.1391.66580.02240.0914-0.0588-0.1611-0.02480.0702-0.01910.1176-0.0440.27310.0017-0.04330.1298-0.01480.222434.735810.111550.2622
231.361-0.20080.31761.2390.17122.0901-0.0114-0.08260.0122-0.11510.01960.1507-0.0778-0.2020.00290.17750.0168-0.01580.11350.0020.180626.066314.551755.4435
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 24 )A-1 - 24
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 25 through 34 )A25 - 34
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 35 through 61 )A35 - 61
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 62 through 86 )A62 - 86
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13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 8 through 24 )C8 - 24
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 25 through 34 )C25 - 34
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 35 through 61 )C35 - 61
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 62 through 111 )C62 - 111
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 112 through 169 )C112 - 169
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid -1 through 24 )D-1 - 24
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 25 through 34 )D25 - 34
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 35 through 61 )D35 - 61
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 62 through 86 )D62 - 86
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 87 through 111 )D87 - 111
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 112 through 169 )D112 - 169

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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