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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7sns | ||||||
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Title | 1.55A Resolution Structure of NanoLuc Luciferase | ||||||
![]() | Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / OPLOPHORUS BIOLUMINESCENT PROTEIN / NANOLUC LUCIFERASE / NLUC / COELENTERAZINE / FURIMAZINE / BETA-BARREL | ||||||
Function / homology | Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase / Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase activity / bioluminescence / Calycin / extracellular region / ACETATE ION / Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lovell, S. / Mehzabeen, N. / Battaile, K.P. / Wood, M.G. / Encell, L.P. / Wood, K.V. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: 1.55A Resolution Structure of NanoLuc Luciferase Authors: Encell, L.P. / Lovell, S. / Mehzabeen, N. / Battaile, K.P. / Wood, M.G. / Wood, K.V. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 293.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 237.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 477 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 483.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 34.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 50.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5iboS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 19429.164 Da / Num. of mol.: 4 Mutation: A4E, Q11R, Q18L, L27V, A33N, K43R, V44I, A54I, F68D, L72Q, M75K, I90V, P115E, Q124K, Y138I, N166R Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q9GV45, Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase #2: Chemical | ChemComp-ACT / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.29 Å3/Da / Density % sol: 46.39 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 2.8 M Sodium acetate trihydrate, 0.1 M BIS-TRIS propane |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 16, 2015 | ||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.55→47.45 Å / Num. obs: 101022 / % possible obs: 98.9 % / Redundancy: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 20.87 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 11.9 / Num. measured all: 332167 / Scaling rejects: 213 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5IBO Resolution: 1.55→39.04 Å / SU ML: 0.15 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1 / Phase error: 19.04 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 67.66 Å2 / Biso mean: 27.2413 Å2 / Biso min: 12.53 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.55→39.04 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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