[日本語] English
万見
- PDB-7snm: Lanosterol-bound P450 domain of the CYP51-ferredoxin fusion prote... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7snm
タイトルLanosterol-bound P450 domain of the CYP51-ferredoxin fusion protein from Methylococcus capsulatus
要素Cytochrome P450 51
キーワードOXIDOREDUCTASE / CYTOCHROME P450 FOLD / CYP51 / HEME / STEROL BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


sterol 14alpha-demethylase / steroid 7-alpha-hydroxylase activity / oxysterol 7-alpha-hydroxylase activity / bile acid biosynthetic process / cholesterol homeostasis / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
4Fe-4S single cluster domain / : / Cytochrome P450, E-class, group IV / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / LANOSTEROL / Cytochrome P450 51
類似検索 - 構成要素
生物種Methylococcus capsulatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Lepesheva, G.I. / Hargrove, T. / Wawrzak, Z.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01067871 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2022
タイトル: Unravelling the role of transient redox partner complexes in P450 electron transfer mechanics.
著者: Hargrove, T.Y. / Lamb, D.C. / Smith, J.A. / Wawrzak, Z. / Kelly, S.L. / Lepesheva, G.I.
履歴
登録2021年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 51
B: Cytochrome P450 51
C: Cytochrome P450 51
D: Cytochrome P450 51
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)254,10812
ポリマ－249,9354
非ポリマー4,1738
水6,143341
1
A: Cytochrome P450 51
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,5273
ポリマ－62,4841
非ポリマー1,0432
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome P450 51
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,5273
ポリマ－62,4841
非ポリマー1,0432
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cytochrome P450 51
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,5273
ポリマ－62,4841
非ポリマー1,0432
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Cytochrome P450 51
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,5273
ポリマ－62,4841
非ポリマー1,0432
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.210, 206.160, 81.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 114.090, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _ / Auth seq-ID: 6 - 448 / Label seq-ID: 6 - 448

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Cytochrome P450 51


分子量: 62483.867 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylococcus capsulatus (strain ATCC 33009 / NCIMB 11132 / Bath) (バクテリア)
株: ATCC 33009 / NCIMB 11132 / Bath / 遺伝子: cyp51, MCA2711 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS-164 / 参照: UniProt: Q603T8, sterol 14alpha-demethylase
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-LAN / LANOSTEROL / ラノステロ-ル


分子量: 426.717 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H50O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.72 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.1
詳細: Na-citrate tribasic dehydrate, PEG 8,000, dodecyltrimethylammonium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 1 Å
検出器タイプ: CS-PAD CXI-1 / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月10日 / 詳細: Focussing mirrors
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→74.45 Å / Num. obs: 67008 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.55→2.62 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.637 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 4997 / CC1/2: 0.96 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6mi0

6mi0


解像度: 2.55→74.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 30.255 / SU ML: 0.276 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.316 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2458 3792 5.4 %RANDOM
Rwork0.2045 ---
obs0.2073 67008 99.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 289.91 Å2 / Biso mean: 54.83 Å2 / Biso min: 11.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.53 Å2-0 Å2-0.24 Å2
2--0.37 Å20 Å2
3---0.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.55→74.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14130 0 296 341 14767
Biso mean--25.87 47.06 -
残基数----1765
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.01314795
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.01514170
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2651.67320115
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4211.58332498
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.67751759
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.79220.282851
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.175152504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.56615150
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.21873
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0216544
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0160.023552
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.01328965
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A143750.1
12B143750.1
21A141710.11
22C141710.11
31A137500.12
32D137500.12
41B140460.12
42C140460.12
51B137310.13
52D137310.13
61C136200.13
62D136200.13
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.616 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.393 272 -
Rwork0.359 4997 -
all-5269 -
obs--99.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.51420.1899-0.12970.30920.14090.2254-0.16140.06460.02410.01320.1110.01760.04820.06290.05040.1855-0.06410.00160.1094-0.03660.1580.2336.916825.8138
20.2213-0.0564-0.030.39910.05780.45950.0139-0.09260.1761-0.04070.0867-0.12160.1045-0.1606-0.10070.1174-0.0020.00940.1569-0.05340.16830.046515.6136-18.532
30.30020.483-0.0650.8045-0.1930.3251-0.03350.11210.1344-0.05060.16060.25570.04990.0409-0.12710.1397-0.0380.00810.09110.09660.3229-32.328567.50624.7888
40.6825-0.39840.25570.6306-0.30150.29550.118-0.04850.0022-0.3267-0.11670.12030.2229-0.0014-0.00130.42930.0376-0.01410.0662-0.06030.0603-31.0791-11.69520.2116
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 602
2X-RAY DIFFRACTION2B6 - 602
3X-RAY DIFFRACTION3C6 - 602
4X-RAY DIFFRACTION4D6 - 602

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る