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- PDB-7smz: X-ray crystal structure of CYP142A3 from Mycobacterium Marinum in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7smz
タイトルX-ray crystal structure of CYP142A3 from Mycobacterium Marinum in complex with 4-cholesten-3-one
要素Cytochrome P450 142A3
キーワードOXIDOREDUCTASE / substrate bound
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / (8ALPHA,9BETA)-CHOLEST-4-EN-3-ONE / Putative cytochrome P450 142
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium marinum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Ghith, A. / Bruning, J.B. / Bell, S.G.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP210103970 オーストラリア
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2022
タイトル: The Structures of the Steroid Binding CYP142 Cytochrome P450 Enzymes from Mycobacterium ulcerans and Mycobacterium marinum.
著者: Ghith, A. / Doherty, D.Z. / Bruning, J.B. / Russell, R.A. / De Voss, J.J. / Bell, S.G.
履歴
登録2021年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 142A3
B: Cytochrome P450 142A3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,46918
ポリマ－90,9032
非ポリマー2,56716
水7,746430
1
A: Cytochrome P450 142A3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7128
ポリマ－45,4511
非ポリマー1,2607
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cytochrome P450 142A3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,75810
ポリマ－45,4511
非ポリマー1,3069
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.313, 50.395, 82.577
Angle α, β, γ (deg.)82.320, 75.590, 72.050
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cytochrome P450 142A3 / CYP142A3


分子量: 45451.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium marinum (バクテリア)
株: ATCC BAA-535 / 遺伝子: cyp142, MMRN_53720 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2Z5YMP0

-
非ポリマー , 5種, 446分子

#2: 化合物 ChemComp-K2B / (8ALPHA,9BETA)-CHOLEST-4-EN-3-ONE / コレスタ-4-エン-3-オン


分子量: 384.638 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H44O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 430 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.93 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Sodium Cacodylate Trihydrate pH= 6.5, 0.2M Sodium Acetate Trihydrate, 30% w/v Polyethylene glycol 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→47.85 Å / Num. obs: 46798 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 13.6 / Num. measured all: 166704 / Scaling rejects: 3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.4 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.04-2.090.2881162434210.9280.1820.3423.896.5
9.11-47.850.02918085280.9990.0180.03432.497.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
Aimless0.7.7データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YOO

2yoo


解像度: 2.04→46.69 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 24.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2253 1989 4.25 %
Rwork0.1799 44781 -
obs0.1818 46770 97.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 78.69 Å2 / Biso mean: 28.7293 Å2 / Biso min: 10.64 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.04→46.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6234 0 178 430 6842
Biso mean--27.54 32.95 -
残基数----790
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046562
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2498925
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.906927
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.125978
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041183
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.04-2.090.26951500.22253156330696
2.09-2.140.27871350.20863146328197
2.14-2.210.27051290.19653207333697
2.21-2.280.26041530.19853192334598
2.28-2.360.2481440.19063166331098
2.36-2.450.27881440.19463191333598
2.45-2.570.26541420.19493216335898
2.57-2.70.25161410.19663184332598
2.7-2.870.23831360.19523203333998
2.87-3.090.25871460.18653220336698
3.09-3.40.22161460.18383229337599
3.4-3.90.17161390.15963236337599
3.9-4.910.19071440.15073213335799
4.91-46.690.19931400.17283222336299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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