PDB-7sml: Crystal Structure of L-GALACTONO-1,4-LACTONE DEHYDROGENASE de Myr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7sml

タイトル

Crystal Structure of L-GALACTONO-1,4-LACTONE DEHYDROGENASE de Myrciaria dubia

要素

L-GALACTONO-1,4-LACTONE DEHYDROGENASE

キーワード

PLANT PROTEIN / L-GALACTONO-1 / 4-LACTONE DEHYDROGENASE / Enzyme

生物種

Myrciaria dubia (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Santillan, J.A.V. / Cabrejos, D.A.L. / Pereira, H.M. / Gomez, J.C.C. / Garratt, R.C.

資金援助

Peru, 2件

引用

ジャーナル: J.Exp.Bot. / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the Smirnoff-Wheeler pathway for vitamin C production in the Amazon fruit Camu-Camu.
著者: Vargas, J.A. / Sculaccio, S.A. / Pinto, A.P.A. / Pereira, H.D. / Mendes, L.F.S. / Flores, J.F. / Cobos, M. / Castro, J.C. / Garratt, R.C. / Leonardo, D.A.

履歴

登録	2021年10月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7sml.cif.gz	198.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7sml.ent.gz	158.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7sml.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7sml_validation.pdf.gz	426.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7sml_full_validation.pdf.gz	431.4 KB	表示
XML形式データ	7sml_validation.xml.gz	19.1 KB	表示
CIF形式データ	7sml_validation.cif.gz	26.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sm/7sml ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sm/7sml	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8sccC 8sg0C 8skbC 8usuC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: L-GALACTONO-1,4-LACTONE DEHYDROGENASE

61.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.157, 79.089, 89.939
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁22₁

#1: タンパク質	L-GALACTONO-1,4-LACTONE DEHYDROGENASE 分子量: 61568.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Myrciaria dubia (植物) / プラスミド: pET151_D-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: L-galactonolactone dehydrogenase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.71 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M SPG (succinic acid, sodium dihydrogen phosphate, and glycine in the molar ratios 2:7:7); pH 7.0 and 25 % w/v PEG 1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS SIRUS / ビームライン: MANACA / 波長: 1.32363 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.32363 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→44.97 Å / Num. obs: 27421 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / R_merge(I) obs: 0.225 / Net I/σ(I): 7.9
反射シェル	解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 13.7 % / R_merge(I) obs: 2.469 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS		データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: ALPHAFOLD

解像度: 2.1→43.58 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.72 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.243	1419	5.18 %
R_work	0.206	-	-
obs	0.208	27376	100 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→43.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3651	0	0	145	3796

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.18	0.3278	146	0.298	2540	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.26	0.2933	147	0.2663	2546	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.37	0.2696	149	0.2508	2551	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.49	0.3036	153	0.2411	2545	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.65	0.2542	133	0.2296	2571	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.85	0.2797	145	0.2168	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
2.85-3.14	0.2526	141	0.2199	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
3.14-3.59	0.2351	132	0.1979	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
3.59-4.52	0.2217	136	0.179	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
4.52-43.58	0.2087	137	0.1842	2784	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6851	-1.4609	0.1847	2.112	0.0871	0.9632	0.0638	-0.0156	-0.0918	-0.2067	-0.0928	0.2107	-0.0765	-0.0613	-0.0148	0.3125	0.0037	0.0243	0.3486	0.0181	0.375	21.358	49.5446	28.0094
2	1.8872	-0.0027	0.631	1.4255	0.1359	1.2598	0.0235	-0.1981	0.0717	0.1212	-0.0308	-0.1345	-0.0138	-0.0057	0.0224	0.2063	0.0184	0.0141	0.2521	0.0197	0.2198	43.4591	59.2738	35.5785
3	0.2968	-0.646	0.5886	1.302	-1.2833	1.3064	-0.1776	-0.3986	-0.0898	0.4304	0.2038	0.0316	0.1128	0.0461	-0.0877	0.4116	0.0624	0.0294	0.3745	0.0423	0.2832	42.3976	57.4179	36.149
4	1.3371	0.1004	0.2925	1.7173	0.5789	1.8039	-0.0331	0.1339	0.1457	-0.3677	-0.0287	-0.0664	-0.2886	0.0503	0.043	0.3301	0.0254	0.0315	0.2586	0.0361	0.2522	39.7106	66.984	20.1778

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 24 THROUGH 119 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 120 THROUGH 320 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 321 THROUGH 349 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 350 THROUGH 502 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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