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- PDB-7smf: p107 pocket domain complexed with mutated HDAC1-3X peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7smf
タイトルp107 pocket domain complexed with mutated HDAC1-3X peptide
要素
  • Histone deacetylase 1
  • Retinoblastoma-like protein 1
キーワードCELL CYCLE / Transcription / cyclin box pocket transcriptional regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of lipid kinase activity / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / G1/S-Specific Transcription / negative regulation of cellular senescence / G0 and Early G1 / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / promoter-specific chromatin binding ...regulation of lipid kinase activity / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / G1/S-Specific Transcription / negative regulation of cellular senescence / G0 and Early G1 / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / promoter-specific chromatin binding / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / Cyclin D associated events in G1 / chromatin organization / transcription regulator complex / cell differentiation / negative regulation of gene expression / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Rb C-terminal domain / Retinoblastoma-associated protein, B-box / Retinoblastoma-associated protein, A-box / Retinoblastoma-associated protein, C-terminal / Retinoblastoma-associated protein, N-terminal / Retinoblastoma protein family / Retinoblastoma-associated protein B domain / Retinoblastoma-associated protein A domain / Domain of unknown function (DUF3452) / Domain of unknown function (DUF3452) ...Rb C-terminal domain / Retinoblastoma-associated protein, B-box / Retinoblastoma-associated protein, A-box / Retinoblastoma-associated protein, C-terminal / Retinoblastoma-associated protein, N-terminal / Retinoblastoma protein family / Retinoblastoma-associated protein B domain / Retinoblastoma-associated protein A domain / Domain of unknown function (DUF3452) / Domain of unknown function (DUF3452) / Retinoblastoma-associated protein A domain / Rb C-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Retinoblastoma-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Putta, S. / Fernandez, S.M. / Tripathi, S.M. / Muller, G.A. / Rubin, S.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM124148 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Structural basis for tunable affinity and specificity of LxCxE-dependent protein interactions with the retinoblastoma protein family.
著者: Putta, S. / Alvarez, L. / Ludtke, S. / Sehr, P. / Muller, G.A. / Fernandez, S.M. / Tripathi, S. / Lewis, J. / Gibson, T.J. / Chemes, L.B. / Rubin, S.M.
履歴
登録2021年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinoblastoma-like protein 1
B: Histone deacetylase 1
C: Retinoblastoma-like protein 1
D: Histone deacetylase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,4838
ポリマ－89,0994
非ポリマー3844
水73941
1
A: Retinoblastoma-like protein 1
B: Histone deacetylase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7414
ポリマ－44,5492
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1590 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area17390 Å2
手法PISA
2
C: Retinoblastoma-like protein 1
D: Histone deacetylase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7414
ポリマ－44,5492
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1630 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area17230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.158, 63.302, 83.344
Angle α, β, γ (deg.)85.94, 68.44, 73.99
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 Retinoblastoma-like protein 1 / 107 kDa retinoblastoma-associated protein / p107 / pRb1


分子量: 43265.965 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 391-601,780-887,924-972 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28749
#2: タンパク質・ペプチド Histone deacetylase 1


分子量: 1283.318 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 413-422 / Mutation: R413D, A415Y, E417Y / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
参照: histone deacetylase, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.19 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM MES, pH 6.5, 4% PEG400, 1.6 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→39.29 Å / Num. obs: 21589 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.81 / Rmerge(I) obs: 0.251 / Net I/σ(I): 3.1
反射 シェル解像度: 3→3.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 3425 / CC1/2: 0.64

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.17.1_3660: ???)精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4YOS

4yos


解像度: 3→39.29 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 30.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3014 1047 4.85 %
Rwork0.236 --
obs0.2392 21575 93.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→39.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5728 0 20 42 5790
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0145868
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.0767944
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.831765
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.118896
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081000
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.160.34731300.27962921X-RAY DIFFRACTION92
3.16-3.360.35611520.27992880X-RAY DIFFRACTION92
3.36-3.610.32611720.24482851X-RAY DIFFRACTION92
3.62-3.980.2871580.21982954X-RAY DIFFRACTION94
3.98-4.550.26491340.20922971X-RAY DIFFRACTION95
4.55-5.730.26681430.21492998X-RAY DIFFRACTION95
5.73-39.290.29181580.23522953X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.77990.32350.20410.9110.18780.5526-0.02690.1164-0.0987-0.2445-0.09260.2628-0.0398-0.0793-0.02350.1217-0.0187-0.01550.2040.01210.2331-12.78962.345-16.7353
21.73210.4762-0.18961.06450.14280.35690.1251-0.56260.0040.2706-0.1755-0.0872-0.04970.1401-0.10070.17570.00050.0230.22020.03860.22992.22481.32754.9903
31.4517-0.03130.52960.52310.16951.14220.131-0.5158-0.42330.3124-0.0839-0.26780.40170.0212-0.26220.4021-0.061-0.19090.47070.14080.491212.9706-6.13213.9709
40.9192-0.33840.99740.3046-0.30032.27920.0213-0.0499-0.0887-0.02730.02460.02370.1405-0.0492-0.33960.573-0.0642-0.21040.64180.37740.66521.0224-13.414617.2036
51.4870.05470.12381.09240.15530.7856-0.0802-0.2580.2793-0.06510.0503-0.12320.045-0.05650.02240.1915-0.01230.00020.13470.02230.245719.582126.7821-7.0383
61.32080.09490.03161.17430.30660.7441-0.08360.4235-0.0599-0.41950.0543-0.07850.08510.147-0.01310.26450.00070.04270.26060.00440.236317.84688.016-31.4299
71.1042-1.04950.44331.2491-0.77510.6945-0.07440.13140.0221-0.1012-0.0728-0.2074-0.2290.16080.06610.54570.00020.16710.7141-0.18790.414825.7073-9.8565-40.4578
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 389 through 512 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 513 through 854 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 855 through 965 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 413 through 422 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 389 through 512 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 513 through 965 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 413 through 422 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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