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万見
- PDB-7smd: p107 pocket domain complexed with EID1 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7smd
タイトルp107 pocket domain complexed with EID1 peptide
要素
  • EP300-interacting inhibitor of differentiation 1
  • Retinoblastoma-like protein 1
キーワードCELL CYCLE (細胞周期) / Transcription (転写 (生物学)) / cyclin box pocket transcriptional regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


histone acetyltransferase regulator activity / regulation of lipid kinase activity / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / histone acetyltransferase binding / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / G1/S-Specific Transcription / regulation of cell differentiation / negative regulation of cellular senescence / G0 and Early G1 ...histone acetyltransferase regulator activity / regulation of lipid kinase activity / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / histone acetyltransferase binding / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / G1/S-Specific Transcription / regulation of cell differentiation / negative regulation of cellular senescence / G0 and Early G1 / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / promoter-specific chromatin binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / transcription corepressor activity / Cyclin D associated events in G1 / chromatin organization / transcription regulator complex / 細胞分化 / 細胞周期 / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / クロマチン / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
EP300-interacting inhibitor of differentiation 1 / EP300-interacting inhibitor of differentiation / Rb C-terminal domain / Retinoblastoma-associated protein, B-box / Retinoblastoma-associated protein, A-box / Retinoblastoma-associated protein, C-terminal / Retinoblastoma-associated protein, N-terminal / Retinoblastoma protein family / Retinoblastoma-associated protein B domain / Retinoblastoma-associated protein A domain ...EP300-interacting inhibitor of differentiation 1 / EP300-interacting inhibitor of differentiation / Rb C-terminal domain / Retinoblastoma-associated protein, B-box / Retinoblastoma-associated protein, A-box / Retinoblastoma-associated protein, C-terminal / Retinoblastoma-associated protein, N-terminal / Retinoblastoma protein family / Retinoblastoma-associated protein B domain / Retinoblastoma-associated protein A domain / Domain of unknown function (DUF3452) / Domain of unknown function (DUF3452) / Retinoblastoma-associated protein A domain / Rb C-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Retinoblastoma-like protein 1 / EP300-interacting inhibitor of differentiation 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Putta, S. / Fernandez, S.M. / Tripathi, S.M. / Muller, G.A. / Rubin, S.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM124148 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Structural basis for tunable affinity and specificity of LxCxE-dependent protein interactions with the retinoblastoma protein family.
著者: Putta, S. / Alvarez, L. / Ludtke, S. / Sehr, P. / Muller, G.A. / Fernandez, S.M. / Tripathi, S. / Lewis, J. / Gibson, T.J. / Chemes, L.B. / Rubin, S.M.
履歴
登録2021年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinoblastoma-like protein 1
B: EP300-interacting inhibitor of differentiation 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0944
ポリマ－44,9022
非ポリマー1922
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1600 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area17810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.741, 75.868, 71.973
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.48, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Retinoblastoma-like protein 1 / / 107 kDa retinoblastoma-associated protein / p107 / pRb1


分子量: 43265.965 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 391-601,780-887,924-972 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28749
#2: タンパク質・ペプチド EP300-interacting inhibitor of differentiation 1 / 21 kDa pRb-associated protein / CREBBP/EP300 inhibitory protein 1 / E1A-like inhibitor of ...21 kDa pRb-associated protein / CREBBP/EP300 inhibitory protein 1 / E1A-like inhibitor of differentiation 1 / EID-1


分子量: 1635.769 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 174-187 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y6B2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.8 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM MES, pH 6.5, 4% PEG400, 1.6 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→33.92 Å / Num. obs: 27480 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.15→2.22 Å / Rmerge(I) obs: 0.96 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2385 / CC1/2: 0.69

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.17.1_3660: ???)精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4YOS

4yos


解像度: 2.15→33.92 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2594 1313 4.78 %
Rwork0.2274 --
obs0.229 27466 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→33.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2882 0 10 59 2951
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0222949
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.2363992
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.611385
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1455
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.014503
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.240.31271580.29952873X-RAY DIFFRACTION100
2.24-2.340.3111300.27522890X-RAY DIFFRACTION100
2.34-2.460.25121590.26192881X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.620.30181370.23692906X-RAY DIFFRACTION100
2.62-2.820.27121520.22862899X-RAY DIFFRACTION100
2.82-3.10.2471410.22512895X-RAY DIFFRACTION100
3.1-3.550.25841380.22242918X-RAY DIFFRACTION100
3.55-4.470.23331350.20522942X-RAY DIFFRACTION100
4.47-33.920.26161630.22752949X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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