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万見
- PDB-7smc: p107 pocket domain complexed with ARID4A peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7smc
タイトルp107 pocket domain complexed with ARID4A peptide
要素
  • AT-rich interactive domain-containing protein 4A
  • Retinoblastoma-like protein 1
キーワードCELL CYCLE / Transcription / cyclin box pocket transcriptional regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of lipid kinase activity / establishment of Sertoli cell barrier / genomic imprinting / negative regulation of stem cell population maintenance / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / Sin3-type complex / G1/S-Specific Transcription / positive regulation of stem cell population maintenance ...regulation of lipid kinase activity / establishment of Sertoli cell barrier / genomic imprinting / negative regulation of stem cell population maintenance / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / Sin3-type complex / G1/S-Specific Transcription / positive regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of cellular senescence / G0 and Early G1 / erythrocyte development / transcription repressor complex / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / negative regulation of cell migration / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / HDACs deacetylate histones / promoter-specific chromatin binding / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / Cyclin D associated events in G1 / chromatin organization / spermatogenesis / transcription regulator complex / Potential therapeutics for SARS / transcription by RNA polymerase II / cell differentiation / transcription cis-regulatory region binding / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / RBB1NT / RBB1NT (NUC162) domain / : / Rb C-terminal domain / Retinoblastoma-associated protein, B-box / Retinoblastoma-associated protein, A-box / Retinoblastoma-associated protein, C-terminal / Retinoblastoma-associated protein, N-terminal ...: / : / RBB1NT / RBB1NT (NUC162) domain / : / Rb C-terminal domain / Retinoblastoma-associated protein, B-box / Retinoblastoma-associated protein, A-box / Retinoblastoma-associated protein, C-terminal / Retinoblastoma-associated protein, N-terminal / Retinoblastoma protein family / Retinoblastoma-associated protein B domain / Retinoblastoma-associated protein A domain / Domain of unknown function (DUF3452) / Domain of unknown function (DUF3452) / Retinoblastoma-associated protein A domain / Rb C-terminal domain / RNA binding activity-knot of a chromodomain / RNA binding activity-knot of a chromodomain / ARID DNA-binding domain / ARID DNA-binding domain superfamily / ARID/BRIGHT DNA binding domain / ARID domain profile. / BRIGHT, ARID (A/T-rich interaction domain) domain / ARID/BRIGHT DNA binding domain / Tudor domain / Tudor domain / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Retinoblastoma-like protein 1 / AT-rich interactive domain-containing protein 4A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Putta, S. / Fernandez, S.M. / Tripathi, S.M. / Muller, G.A. / Rubin, S.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM124148 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Structural basis for tunable affinity and specificity of LxCxE-dependent protein interactions with the retinoblastoma protein family.
著者: Putta, S. / Alvarez, L. / Ludtke, S. / Sehr, P. / Muller, G.A. / Fernandez, S.M. / Tripathi, S. / Lewis, J. / Gibson, T.J. / Chemes, L.B. / Rubin, S.M.
履歴
登録2021年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinoblastoma-like protein 1
B: AT-rich interactive domain-containing protein 4A
C: Retinoblastoma-like protein 1
D: AT-rich interactive domain-containing protein 4A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,1327
ポリマ－89,8444
非ポリマー2883
水54030
1
A: Retinoblastoma-like protein 1
B: AT-rich interactive domain-containing protein 4A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2105
ポリマ－44,9222
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1640 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area17200 Å2
手法PISA
2
C: Retinoblastoma-like protein 1
D: AT-rich interactive domain-containing protein 4A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9222
ポリマ－44,9222
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area970 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area17650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.863, 62.923, 71.274
Angle α, β, γ (deg.)69.89, 76.00, 74.36
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Retinoblastoma-like protein 1 / 107 kDa retinoblastoma-associated protein / p107 / pRb1


分子量: 43265.965 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 391-601,780-887,924-972 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28749
#2: タンパク質・ペプチド AT-rich interactive domain-containing protein 4A / ARID domain-containing protein 4A / Retinoblastoma-binding protein 1 / RBBP-1


分子量: 1655.801 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 953-967 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P29374
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.76 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM MES, pH 6.5, 4% PEG400, 1.6 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→47.11 Å / Num. obs: 26604 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.97 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 2.7→2.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 3491 / CC1/2: 0.64

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.17.1_3660: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4YOS

4yos


解像度: 2.7→47.11 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 30.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2982 1284 4.83 %
Rwork0.238 --
obs0.2407 26567 99.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→47.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5704 0 15 31 5750
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015843
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.8547911
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.67761
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.088905
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.015994
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.810.34521520.30132718X-RAY DIFFRACTION97
2.81-2.940.36891640.29122812X-RAY DIFFRACTION99
2.94-3.090.34871610.28232786X-RAY DIFFRACTION100
3.09-3.280.30881200.26612872X-RAY DIFFRACTION100
3.28-3.540.331370.25842822X-RAY DIFFRACTION100
3.54-3.890.30511380.22092817X-RAY DIFFRACTION99
3.89-4.460.24791630.2072814X-RAY DIFFRACTION100
4.46-5.610.26721290.20932813X-RAY DIFFRACTION100
5.61-47.110.2741200.22472829X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.017-0.1352-0.49733.42760.93441.8435-0.09570.0163-0.1863-0.26540.15170.28430.05330.133-0.03880.1431-0.0044-0.06260.22890.0190.2202-22.153-4.707-5.62
22.31540.96220.6422.50010.59831.04560.1086-0.0375-0.09730.0296-0.143-0.06660.0363-0.02440.03830.15990.02630.02480.18610.02310.2423-11.222-5.557.235
31.8745-0.91080.43563.1505-0.97143.15740.0504-0.332-0.23710.5294-0.1233-0.14270.1920.15830.08380.3522-0.0548-0.02510.38020.11350.3514-2.006-10.28426.402
44.386-0.18220.45945.02950.38144.03410.118-0.49270.03860.4305-0.2544-0.5831-0.17870.70260.13740.3292-0.0688-0.09610.41220.16970.39117.368-8.32725.768
53.389-2.1536-2.02981.84781.48364.83470.05570.2235-0.52120.7867-0.7259-0.98630.37940.62610.47790.53760.026-0.17140.48240.12950.47899.579-22.37829.332
63.1550.49740.20342.1974-0.6491.5973-0.158-0.30190.21480.19340.1827-0.27450.11370.1104-0.02430.1651-0.0554-0.02310.1742-0.02170.273413.10117.8137.184
71.44530.56440.68131.1150.63840.8685-0.01740.05740.07120.04170.04630.0149-0.02250.0302-0.02740.18920.00030.02370.14860.05310.249.23813.989-3.307
82.7917-0.0613-0.28232.0276-0.00464.5183-0.31750.49930.0039-0.9091-0.0563-0.21450.1077-0.12780.28840.442-0.09570.07590.2956-0.02520.29533.9025.318-26.47
92.918-1.0388-0.42663.16550.50492.7558-0.38640.4568-0.3727-0.85550.1648-0.53760.69880.32080.20240.6124-0.01120.20320.4003-0.06540.491210.486-7.021-25.691
100.4061-1.51470.90925.98-3.7662.51520.0771-0.05-0.7241-0.8149-0.3097-0.28850.25820.2110.23261.15910.2490.42170.53330.08371.119613.298-19.166-30.504
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 389:494 )A389 - 494
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 495:786 )A495 - 786
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 787:880 )A787 - 880
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 881:968 )A881 - 968
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 957:967 )B957 - 967
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN C AND RESID 389:453 )C389 - 453
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN C AND RESID 454:581 )C454 - 581
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN C AND RESID 582:829 )C582 - 829
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN C AND RESID 830:971 )C830 - 971
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN D AND RESID 956:962 )D956 - 962

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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