PDB-7ski: Pertussis toxin in complex with PJ34

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ski

タイトル

Pertussis toxin in complex with PJ34

要素

Pertussis toxin subunit 1

キーワード

TOXIN / TRANSFERASE/INHIBITOR / ADP-RIBOSYLTRANSFERASE / TRANSFERASE / WHOOPING COUGH / INHIBITOR / PERTUSSIS / TRANSFERASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

Bordetella pertussis toxin A / Pertussis toxin, subunit 1 / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / nucleotidyltransferase activity / toxin activity / extracellular region / Chem-P34 / Pertussis toxin subunit 1

機能・相同性情報

生物種

Bordetella pertussis (百日咳菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.09912437248 Å

データ登録者

Littler, D.R. / Beddoe, T. / Pulliainen, A. / Rossjohn, J.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Crystal structures of pertussis toxin with NAD + and analogs provide structural insights into the mechanism of its cytosolic ADP-ribosylation activity.
著者: Sakari, M. / Tran, M.T. / Rossjohn, J. / Pulliainen, A.T. / Beddoe, T. / Littler, D.R.

履歴

登録	2021年10月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年4月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2022年5月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb7ski.ent.gz	130.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7ski_validation.pdf.gz	882.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ski_full_validation.pdf.gz	887.8 KB	表示
XML形式データ	7ski_validation.xml.gz	20.5 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/7ski ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/7ski	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7skkC 7skyC 7sneC 7u6zC 1prtS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Pertussis toxin subunit 1

B: Pertussis toxin subunit 1

ヘテロ分子

41.4 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Pertussis toxin subunit 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
20.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Pertussis toxin subunit 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	59.369, 42.541, 72.775
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.789, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Pertussis toxin subunit 1 / PTX S1 / Islet-activating protein S1 / IAP S1 / NAD-dependent ADP-ribosyltransferase 分子量: 20410.965 Da / 分子数: 2 / 変異: C41S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bordetella pertussis (百日咳菌) / 遺伝子: ptxA, BP3783 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) 参照: UniProt: P04977, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの, NAD+ ADP-ribosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-P34 / N~2~,N~2~-DIMETHYL-N~1~-(6-OXO-5,6-DIHYDROPHENANTHRIDIN-2-YL)GLYCINAMIDE / PJ-34 分子量: 295.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₇N₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 422 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.08 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.15M NaCl, 0.1M Tris(hydroxymethyl)aminomethane pH 8.0, 8% w/v PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 1994年1月1日 / 詳細: NULL
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.099→21.831 Å / Num. obs: 142710 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 9.42339965695 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_pim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 8.6
反射シェル	解像度: 1.1→1.16 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 19609 / CC_1/2: 0.746 / R_pim(I) all: 0.366

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1PRT

1prt

解像度: 1.09912437248→21.8309394753 Å / SU ML: 0.0937900205365 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3379110568 / 位相誤差: 17.2879651582
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.178366623841	7080	4.96173576655 %	Random selection
R_work	0.171050461298	135612	-	-
obs	0.171413573292	142692	97.065425901 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.7801999968 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.09912437248→21.8309394753 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2830	0	44	422	3296

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0128979184846	2973
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.91581441307	4052
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0705289773054	409
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00541852269681	544
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	23.2867324468	1070

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.1-1.1116	0.242454491331	211	0.241405413743	3935	X-RAY DIFFRACTION	85.4316917371
1.1116-1.1247	0.246402234234	250	0.222728377366	4413	X-RAY DIFFRACTION	94.6802030457
1.1247-1.1384	0.243030623145	241	0.207634163414	4382	X-RAY DIFFRACTION	95.2802967848
1.1384-1.1528	0.213252058822	227	0.202881631443	4393	X-RAY DIFFRACTION	94.5171849427
1.1528-1.168	0.212336256607	242	0.200620074689	4381	X-RAY DIFFRACTION	95.9925249169
1.168-1.184	0.203085716332	250	0.197814627425	4399	X-RAY DIFFRACTION	94.7808358818
1.184-1.2009	0.191992965981	224	0.192811791336	4458	X-RAY DIFFRACTION	96.2384378212
1.2009-1.2188	0.202756784152	228	0.190115474256	4475	X-RAY DIFFRACTION	95.6283041887
1.2188-1.2379	0.19533016672	238	0.189903902293	4448	X-RAY DIFFRACTION	96.3800904977
1.2379-1.2582	0.184911876591	211	0.192357608577	4484	X-RAY DIFFRACTION	96.4858199753
1.2582-1.2798	0.203971907108	221	0.185823246069	4484	X-RAY DIFFRACTION	96.334971335
1.2798-1.3031	0.189967585597	231	0.180931274098	4482	X-RAY DIFFRACTION	96.975308642
1.3031-1.3282	0.181373677825	244	0.18174618357	4493	X-RAY DIFFRACTION	96.4569334148
1.3282-1.3553	0.184274611411	242	0.178882446861	4512	X-RAY DIFFRACTION	97.5379565039
1.3553-1.3848	0.19624456908	254	0.180526705202	4494	X-RAY DIFFRACTION	97.3748974569
1.3848-1.417	0.176152201484	227	0.172405841652	4523	X-RAY DIFFRACTION	96.8992248062
1.417-1.4524	0.182661167044	208	0.167322138334	4584	X-RAY DIFFRACTION	98.1967213115
1.4524-1.4916	0.182446092069	222	0.170919371653	4549	X-RAY DIFFRACTION	98.0879934211
1.4916-1.5355	0.18796292069	245	0.16147984988	4526	X-RAY DIFFRACTION	97.8666666667
1.5355-1.5851	0.171221514889	232	0.162769325444	4590	X-RAY DIFFRACTION	97.9683055668
1.5851-1.6417	0.155049089975	229	0.160093766077	4599	X-RAY DIFFRACTION	98.3099165139
1.6417-1.7074	0.166186579443	254	0.161521537046	4561	X-RAY DIFFRACTION	98.7894952811
1.7074-1.7851	0.188105508847	246	0.164951743225	4637	X-RAY DIFFRACTION	99.0064882401
1.7851-1.8792	0.190391929992	229	0.171322356241	4610	X-RAY DIFFRACTION	99.0786240786
1.8792-1.9968	0.178372118031	225	0.164944748706	4637	X-RAY DIFFRACTION	98.7408610885
1.9968-2.1509	0.16148987355	268	0.164618319735	4639	X-RAY DIFFRACTION	99.5738636364
2.1509-2.3671	0.177087304113	234	0.161371750276	4688	X-RAY DIFFRACTION	99.1938734381
2.3671-2.7091	0.170800229055	246	0.177608825463	4685	X-RAY DIFFRACTION	99.9797242498
2.7091-3.411	0.182902802553	250	0.166673724089	4710	X-RAY DIFFRACTION	100
3.411-21.8	0.152575912369	251	0.156658760142	4841	X-RAY DIFFRACTION	99.86271818

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.00818413852	0.509750571459	0.245073869899	0.621753520316	0.15875282141	1.58659388204	-0.0391174009767	-0.0158335814106	-0.0186363908431	-0.0511379510222	0.0138078489606	0.11296709398	-0.0697209797943	-0.0530386012316	0.0187704187438	0.0731005346689	-0.00379731945858	-0.00719735605133	0.032897249661	-0.00694829068355	0.0609660679063	14.9615655746	-2.19830726626	77.9437943301
2	2.56847549896	1.44132235442	0.0935270449523	1.65730201852	0.16254175945	0.719756940191	-0.0690427842014	0.097006363326	-0.156652268265	-0.0724786645616	0.0520429268093	-0.0417014272059	0.0169425835131	0.0381356468946	0.0233779020788	0.086915346531	0.00662182239862	0.00423061883761	0.0535097047026	-0.00708985321644	0.0717277809282	17.129894145	-11.5077492073	71.8460853489
3	4.96597370148	0.151022905526	-0.181077552486	4.17144943088	0.819303102111	4.77555493123	-0.0219752456163	-0.201300743209	-0.48597919129	0.155057760407	-0.100428884626	-0.00924927942293	0.402809366307	-0.0154813122555	0.0923539465026	0.143219895539	-0.013548526084	0.0147677035062	0.0993705779904	0.00491029186368	0.151005401555	4.12696796636	-17.4322878974	80.8646367102
4	1.38924707524	0.354043430269	0.212684822676	0.813915744168	1.10567366996	1.57110824192	-0.0373140974288	-0.0915340446919	-0.249894654293	0.191938003112	0.0395188746184	0.0574535269192	0.214078268718	0.0250427771556	0.00963363919406	0.100426581929	0.0118951493624	0.0117540927687	0.048513084218	0.00594811512258	0.109926073594	10.1843942325	-13.7312318893	78.4987412134
5	1.94505131031	-1.33443913111	1.16629373396	1.36231054775	-0.876630777162	1.37485506388	-0.0286869730719	-0.132288199987	0.00616985946589	0.0838750008635	-0.0109318439608	-0.052965619678	0.0082032058183	0.0287475337468	0.0285489142209	0.0867637005154	0.00245937094101	0.00782015151774	0.105089333527	0.0142092209557	0.0760369570695	20.8277277568	-7.21900450856	91.7393784455
6	1.21587489249	0.0791418905624	0.484108345343	0.907227273317	-0.0874277403779	1.26483984786	-0.0967556846535	0.0117270001834	0.00309287461667	0.040927002833	0.000266782609945	-0.0325735352786	-0.058641778349	0.102632785535	0.0410253620177	0.0569760985097	0.00486893547698	0.0188745175539	0.040485906754	-0.00100520297009	0.0528609491282	21.2246073752	-6.14920340234	80.7397760015
7	1.65579176056	1.12863125724	-0.623059369887	1.27918061012	-0.497297007461	1.00467043128	0.0640729324765	0.0242363158517	-0.0170016173878	-0.186127762046	0.0563488119585	0.414697623541	0.160097424034	-0.311442048916	-0.0432893941679	0.0906559075601	-0.0234576640947	-0.0461517713538	0.127729881763	-0.00215370191389	0.226321228505	-3.98057197581	-9.46180561951	77.3410228098
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14	1.79621557156	0.655645691394	0.37099762961	0.603387722696	0.103328003892	0.561316239015	-0.121767292082	0.126021856013	-0.175596613955	-0.110235760445	0.113412280543	0.0194863169182	-0.0548231621242	0.00828816700351	0.00269786617471	0.0866451006132	-0.00540946967042	-0.000802078946844	0.124115790231	-0.0207839829558	0.129583282982	-8.73640387874	1.68797165998	91.6128489163
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 14 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 15 through 31 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 32 through 41 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 42 through 56 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 57 through 76 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 77 through 96 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 97 through 111 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 112 through 119 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 120 through 133 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 134 through 150 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 151 through 162 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 163 through 180 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 2 through 56 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 57 through 92 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 93 through 137 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 138 through 180 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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