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万見
- PDB-7sjz: Crystal structure of aS162A mutant of Co-type nitrile hydratase f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sjz
タイトルCrystal structure of aS162A mutant of Co-type nitrile hydratase from Pseudonocardia thermophila
要素
  • Cobalt-containing nitrile hydratase subunit alpha
  • Cobalt-containing nitrile hydratase subunit beta
キーワードLYASE / Hydration Nitrile hydratase Mutant Co-type
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrile catabolic process / nitrile hydratase / nitrile hydratase activity / cobalt ion binding / transition metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrile hydratase, alpha subunit / Nitrile hydratase, beta subunit / Nitrile hydratase beta subunit domain / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal / : / Nitrile hydratase beta subunit, C-terminal / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal / Nitrile hydratase alpha subunit /Thiocyanate hydrolase gamma subunit / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma / Nitrile hydratase, alpha chain ...Nitrile hydratase, alpha subunit / Nitrile hydratase, beta subunit / Nitrile hydratase beta subunit domain / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal / : / Nitrile hydratase beta subunit, C-terminal / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal / Nitrile hydratase alpha subunit /Thiocyanate hydrolase gamma subunit / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma / Nitrile hydratase, alpha chain / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma superfamily / Electron transport accessory-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cobalt-containing nitrile hydratase subunit alpha / Cobalt-containing nitrile hydratase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudonocardia thermophila (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Ogutu, R.A.M.I. / Holz, C.R. / Bennett, B. / St Maurice, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1808711, RCH& BB; CHE-1532168 BB & RCH 米国
引用ジャーナル: Catalysts / 年: 2021
タイトル: Examination of the Catalytic Role of the Axial Cystine Ligand in the Co-Type Nitrile Hydratase from Pseudonocardia thermophila JCM 3095
著者: Ogutu, I.R.A.M. / St Maurice, M. / Bennett, B. / Holz, R.C.
履歴
登録2021年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cobalt-containing nitrile hydratase subunit alpha
B: Cobalt-containing nitrile hydratase subunit beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6392
ポリマ－50,6392
非ポリマー00
水8,629479
1
A: Cobalt-containing nitrile hydratase subunit alpha
B: Cobalt-containing nitrile hydratase subunit beta

A: Cobalt-containing nitrile hydratase subunit alpha
B: Cobalt-containing nitrile hydratase subunit beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,2784
ポリマ－101,2784
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_645y+1,x-1,-z1
Buried area20170 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area32960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.910, 65.910, 186.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-413-

HOH

21B-555-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Cobalt-containing nitrile hydratase subunit alpha / L-NHase / L-nitrilase


分子量: 24055.553 Da / 分子数: 1 / 変異: S162A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudonocardia thermophila (バクテリア)
プラスミド: pET28a
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q7SID2, nitrile hydratase
#2: タンパク質 Cobalt-containing nitrile hydratase subunit beta / L-NHase / L-nitrilase


分子量: 26583.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudonocardia thermophila (バクテリア)
プラスミド: pET28a
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q7SID3, nitrile hydratase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 479 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.21 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.2 M sodium citrate, 0.1 M HEPES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→48.66 Å / Num. obs: 40335 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 8.55 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 30.2
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / Rmerge(I) obs: 0.05 / Num. unique obs: 40335

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IRE

1ire


解像度: 1.85→42.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 2.292 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21121 2035 5 %RANDOM
Rwork0.16481 ---
obs0.16715 38280 98.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.851 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.85→42.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3387 0 0 479 3866
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0133557
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.0173242
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6421.6534859
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4911.5717500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7225453
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.83222190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.92915561
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7671524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2448
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.024060
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02812
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5131.6151748
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5071.6141747
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1472.4122188
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.1462.4132189
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2231.8071809
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2231.8081809
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.2622.6322658
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.9420.1924239
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.67219.3794090
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.218 145 -
Rwork0.172 2806 -
obs--98.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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