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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7sj5 | |||||||||
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タイトル | Bacteriophage lambda major capsid protein mutant - W308A | |||||||||
![]() | Major capsid protein | |||||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / major capsid protein / HK97-fold / assembly incompetent | |||||||||
機能・相同性 | Major capsid protein GpE / Phage major capsid protein E / T=7 icosahedral viral capsid / viral capsid / host cell cytoplasm / Major capsid protein![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Davis, C.R. / Churchill, M.E. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Characterization of a Primordial Major Capsid-Scaffolding Protein Complex in Icosahedral Virus Shell Assembly. 著者: Davis, C.R. / Backos, D. / Morais, M.C. / Churchill, M.E.A. / Catalano, C.E. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 569 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 452.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3bqwS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38114.027 Da / 分子数: 4 / 変異: W308A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: E, lambdap08, gpE / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.17 % / 解説: 70 micron rhomboid prism |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7 詳細: 0.1 M bis-tris, 0.1 M ammonium sulfate, 5% v/v glycerol, 30% v/v PEG-3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2017年9月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.695→29.75 Å / Num. obs: 39376 / % possible obs: 99.53 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 49.19 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.05594 / Rpim(I) all: 0.0336 / Rrim(I) all: 0.06535 / Net I/av σ(I): 18.27 / Net I/σ(I): 18.27 |
反射 シェル | 解像度: 2.695→2.791 Å / Num. unique obs: 3819 / CC1/2: 0.919 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3BQW 解像度: 2.695→29.75 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 74.44 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.695→29.75 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.695→2.791 Å
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