[日本語] English
- PDB-7sj2: N-acetylglucosamine-1-phosphotransferase (GNPT) alpha and beta su... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sj2
タイトルN-acetylglucosamine-1-phosphotransferase (GNPT) alpha and beta subunits (GNPTAB) catalytic domain, from zebrafish, in complex with uridine diphosphate N-acetylglucosamine (UDP-GlcNAc) and magnesium
要素N-acetylglucosamine-1-phosphotransferase subunit alpha,N-acetylglucosamine-1-phosphotransferase (GNPT) alpha (GNPTAB) catalytic domain,N-acetylglucosamine-1-phosphotransferase subunit betaN-acetylglucosamine-1-phosphate transferase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / GNPT / lysosome (リソソーム) / mannose 6-phosphate (マンノース-6-リン酸) / mucolipidosis
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylglucosamine-lysosomal-enzyme N-acetylglucosaminephosphotransferase / N-glycan processing to lysosome / UDP-N-acetylglucosamine-lysosomal-enzyme N-acetylglucosaminephosphotransferase activity / chondrocyte development / embryonic viscerocranium morphogenesis / carbohydrate phosphorylation / protein N-linked glycosylation via asparagine / embryonic cranial skeleton morphogenesis / cartilage development / lysosome organization ...UDP-N-acetylglucosamine-lysosomal-enzyme N-acetylglucosaminephosphotransferase / N-glycan processing to lysosome / UDP-N-acetylglucosamine-lysosomal-enzyme N-acetylglucosaminephosphotransferase activity / chondrocyte development / embryonic viscerocranium morphogenesis / carbohydrate phosphorylation / protein N-linked glycosylation via asparagine / embryonic cranial skeleton morphogenesis / cartilage development / lysosome organization / / membrane => GO:0016020 / ゴルジ体 / calcium ion binding / ゴルジ体
類似検索 - 分子機能
N-acetylglucosamine-1-phosphotransferase subunit alpha/beta, regulatory domain / Putative GlcNAc-1 phosphotransferase regulatory domain / Stealth protein CR2, conserved region 2 / Stealth protein CR4, conserved region 4 / Stealth protein CR3, conserved region 3 / Stealth protein CR1, conserved region 1 / Stealth protein CR2, conserved region 2 / Stealth protein CR1, conserved region 1 / Stealth protein CR3, conserved region 3 / Stealth protein CR4, conserved region 4 ...N-acetylglucosamine-1-phosphotransferase subunit alpha/beta, regulatory domain / Putative GlcNAc-1 phosphotransferase regulatory domain / Stealth protein CR2, conserved region 2 / Stealth protein CR4, conserved region 4 / Stealth protein CR3, conserved region 3 / Stealth protein CR1, conserved region 1 / Stealth protein CR2, conserved region 2 / Stealth protein CR1, conserved region 1 / Stealth protein CR3, conserved region 3 / Stealth protein CR4, conserved region 4 / DMAP1-binding Domain / DMAP1-binding Domain / DMAP1-binding domain / DMAP1-binding domain profile. / Notch-like domain superfamily / LNR (Lin-12/Notch) repeat profile. / LNR domain / Notch domain / Domain found in Notch and Lin-12 / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE / LNR domain-containing protein / N-acetylglucosamine-1-phosphotransferase subunits alpha/beta
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Gorelik, A. / Illes, K. / Nagar, B.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT-173264 カナダ
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / : 2022
タイトル: Structures of the mannose-6-phosphate pathway enzyme, GlcNAc-1-phosphotransferase.
著者: Gorelik, A. / Illes, K. / Bui, K.H. / Nagar, B.
履歴
登録2021年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: N-acetylglucosamine-1-phosphotransferase subunit alpha,N-acetylglucosamine-1-phosphotransferase (GNPT) alpha (GNPTAB) catalytic domain,N-acetylglucosamine-1-phosphotransferase subunit beta
B: N-acetylglucosamine-1-phosphotransferase subunit alpha,N-acetylglucosamine-1-phosphotransferase (GNPT) alpha (GNPTAB) catalytic domain,N-acetylglucosamine-1-phosphotransferase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,00919
ポリマ-116,7262
非ポリマー5,28317
13,836768
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13030 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area43010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.542, 87.142, 108.369
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.858, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 N-acetylglucosamine-1-phosphotransferase subunit alpha,N-acetylglucosamine-1-phosphotransferase (GNPT) alpha (GNPTAB) catalytic domain,N-acetylglucosamine-1-phosphotransferase subunit beta / N-acetylglucosamine-1-phosphate transferase


分子量: 58363.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ), (組換発現) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
遺伝子: gnptab, gnpta, si:ch211-234f20.3, zgc:122985, DDB0186697
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q5RGJ8, UniProt: Q54MP1

-
, 5種, 9分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 776分子

#7: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Ca
#8: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物 ChemComp-UD1 / URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE / UDP-GlcNAc


分子量: 607.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C17H27N3O17P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 768 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.35 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Crystallized in PEG 5000 MME, Tris pH 8.5. Soaked in PEG 3350, Tris 7.5, UDP-GlcNAc and MgCl2. Cryoprotected with glycerol.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 66254 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 30.09 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 39.1
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Num. unique obs: 2852 / CC1/2: 0.83

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7S6N
解像度: 2.3→47.42 Å / SU ML: 0.2137 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.4499
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2018 1971 2.97 %
Rwork0.1604 64282 -
obs0.1616 66253 91.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 50.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→47.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7174 0 340 768 8282
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00317695
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.614710435
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05041199
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00481305
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.40632911
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.360.2656510.25781668X-RAY DIFFRACTION33.25
2.36-2.420.2558980.20873181X-RAY DIFFRACTION63.69
2.42-2.490.22631270.19754328X-RAY DIFFRACTION86.44
2.49-2.570.23651500.184936X-RAY DIFFRACTION97.75
2.57-2.660.22841580.17684949X-RAY DIFFRACTION99.51
2.66-2.770.21771540.1734986X-RAY DIFFRACTION99.25
2.77-2.90.21471520.15634970X-RAY DIFFRACTION98.99
2.9-3.050.21441520.15424983X-RAY DIFFRACTION98.85
3.05-3.240.21751560.16045005X-RAY DIFFRACTION100
3.24-3.490.20621560.15825069X-RAY DIFFRACTION99.87
3.49-3.840.16661520.13714986X-RAY DIFFRACTION99.54
3.84-4.40.17181530.12095006X-RAY DIFFRACTION98.74
4.4-5.540.15921530.14425088X-RAY DIFFRACTION99.98
5.54-47.420.2341590.19915127X-RAY DIFFRACTION99.19
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.146399453170.971437864468-0.1655437701882.60322407957-1.570093238762.023663597520.14672259119-0.0250239214495-0.0131588796862-0.116337149976-0.146961765013-0.0954749411209-0.241928427190.291911305859-0.1843625382780.109240096119-0.03623387213750.01811181573690.142314584744-0.0654871119770.27124624491738.07052758999.278625426727.66656730168
22.0487809289-0.130301084796-1.255279300953.61564582282-1.359036816984.386060413720.092632627917-0.30732403999-0.000734937880054-0.22636348911-0.186369704043-0.2099763179390.1494702309070.681136160511-0.09779488659080.0333525636437-0.0311009618664-0.02440865786450.101142194854-0.06653046690680.13698662413141.33617902473.268456637036.36611111135
31.92863144339-0.0392976446355-0.8530412225891.067658711990.2715784639770.604152768877-0.0932927699446-0.402718935116-0.5195864602760.247104725566-0.577482058348-0.2947100911140.2353411835130.731296970105-0.251405237380.6385201319750.0658744867666-0.07492179514630.6308704567330.194401428420.27832873835742.5283958942-24.878206825840.4790493542
40.697709999689-0.2567113614380.1179464601832.62673184139-1.893790761092.08989188543-0.0328886070607-0.699985246837-0.0856511120730.298004439114-0.261357187457-0.3137419523630.354418837410.3425155946330.08054953312230.4590819097050.0713229268432-0.006954422705430.7522169045480.1585956899370.40691259850344.8991434431-20.027937081235.4972398681
53.01817723578-0.1002472496020.06638006858532.11906219408-0.1858422269262.034723921640.1755946388610.7112514272670.0130742699928-0.756592282754-0.02688478438590.285815985121-0.195323988425-0.3752377339910.3318272289570.3982259611470.040234099625-0.1186290943530.293673661095-0.01115936543880.28396174054224.03397848378.84153406694-9.97678708872
60.87076394904-0.2325711084530.197726576181.47464407105-0.3587144637383.138167718440.53079018541-0.35624821810.1223410975020.887013886404-0.1872567254160.344009738814-0.147695063035-0.305951476668-0.1310989626090.460330421851-0.1191178940240.1290147656510.332518032101-0.1146798968840.20302698193313.9292667294-2.4208323433237.6389153386
73.412127105010.657989936-0.1759657137032.78491385384-0.1813672668624.034279425010.341501401755-0.157324534483-0.1420494184810.519747131232-0.1850619702690.5998261592820.304245162586-0.4918736790070.02154872941160.327020743211-0.1365623174580.08176252235720.24753253969-0.08953360149990.2665929709547.59627627644-11.318690563435.9477223942
81.93903106529-0.378075511309-0.4197412459521.4807134225-1.303811318012.30292300130.2185345138570.309701175093-0.160416772516-0.03393354974440.183075956110.1394050504890.216173701189-0.555746758852-0.399752479390.2879289927640.0211067640057-0.1723743697610.4604975322060.07051389823380.4793457784448.267551175738.41128331384-1.31839835051
90.749213970693-0.353982979830.6004213713681.76779885279-0.5989639545162.706127917330.2717470993970.349462731495-0.206336617138-0.1698935733080.3207471285231.420906031380.54552181641-2.018698029720.3282433633490.1408380045880.182439821329-0.2799170859190.8966078328830.3442353378820.693029994439-0.029178679628212.8349639881-7.31545869396
102.793319669330.253034776777-0.3793763776542.60630754432-0.4355357355831.736721594090.255471794146-0.545769451867-0.5569925525080.790119216844-0.2793076475120.2879774290850.4315622948920.04158590067760.2311673120560.609647745192-0.1821477040930.04346762281650.4532536124280.01951951005160.2508409466217.607181377-17.556285651544.6439340477
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 56 through 138 )AA56 - 1381 - 62
22chain 'A' and (resid 139 through 323 )AA139 - 32363 - 241
33chain 'A' and (resid 324 through 380 )AA324 - 380242 - 298
44chain 'A' and (resid 381 through 440 )AA381 - 440299 - 352
55chain 'A' and (resid 441 through 525 )AA441 - 525353 - 428
66chain 'B' and (resid 56 through 103 )BN56 - 1031 - 48
77chain 'B' and (resid 104 through 323 )BN104 - 32349 - 238
88chain 'B' and (resid 324 through 363 )BN324 - 363239 - 278
99chain 'B' and (resid 364 through 425 )BN364 - 425279 - 336
1010chain 'B' and (resid 426 through 528 )BN426 - 528337 - 439

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る