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- PDB-7si5: CRYSTAL STRUCTURE OF EED WITH MRTX-1919 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7si5
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF EED WITH MRTX-1919
要素Polycomb protein EED
キーワードGENE REGULATION / EED / ONCOLOGY / TRANSCRIPTION-TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of adaxial/abaxial pattern formation / sex chromatin / facultative heterochromatin formation / genomic imprinting / ESC/E(Z) complex / chromatin silencing complex / pronucleus / spinal cord development / Transcriptional Regulation by E2F6 / : ...regulation of adaxial/abaxial pattern formation / sex chromatin / facultative heterochromatin formation / genomic imprinting / ESC/E(Z) complex / chromatin silencing complex / pronucleus / spinal cord development / Transcriptional Regulation by E2F6 / : / oligodendrocyte differentiation / cellular response to leukemia inhibitory factor / Regulation of PTEN gene transcription / transcription corepressor binding / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / enzyme activator activity / PKMTs methylate histone lysines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / heterochromatin formation / Oxidative Stress Induced Senescence / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9L0 / FORMIC ACID / Polycomb protein EED
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Gunn, R.J. / Burns, A.C. / Lawson, J.D. / Marx, M.A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF EED WITH MRTX-1919
著者: Burns, A.C.
履歴
登録2021年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polycomb protein EED
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,33019
ポリマ－46,1581
非ポリマー1,17218
水6,648369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.860, 85.030, 91.920
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Polycomb protein EED / hEED / Embryonic ectoderm development protein / WD protein associating with integrin cytoplasmic ...hEED / Embryonic ectoderm development protein / WD protein associating with integrin cytoplasmic tails 1 / WAIT-1


分子量: 46158.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EED / プラスミド: PEMB32_BSA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CODON PLUS(DE3) RIL / 参照: UniProt: O75530

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非ポリマー , 5種, 387分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-9L0 / (4R)-8-(1,3-dimethyl-1H-pyrazol-5-yl)-5-{[(5-fluoro-2,3-dihydro-1-benzofuran-4-yl)methyl]amino}imidazo[1,2-c]pyrimidine-2-carbonitrile / MRTX-1919


分子量: 403.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H18FN7O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID


分子量: 46.025 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 369 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 3.1 mM Sodium Formate, 100 mM Hepes pH 7.5, seeding

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月15日
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→49 Å / Num. obs: 46304 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.03 % / Biso Wilson estimate: 27.06 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 19.01
反射 シェル解像度: 1.75→1.8 Å / 冗長度: 3.57 % / Rmerge(I) obs: 0.508 / Mean I/σ(I) obs: 2.55 / Num. unique obs: 2996 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXDEV_2890精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: BE4 MODEL

解像度: 1.75→48.97 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.187 1955 4.22 %RANDOM, 0
Rwork0.151 ---
obs0.153 46300 99.7 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 75.39 Å2 / Biso mean: 10.83 Å2 / Biso min: 0.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→48.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2881 0 79 377 3337
Biso mean--38.32 37.84 -
残基数----361
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.79 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2798 170 -
Rwork0.2411 2996 -
all-3166 -
obs--97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.95530.03850.34622.8211-0.25963.27910.018-0.03120.10470.10750.0211-0.2358-0.07490.1779-0.04040.1676-0.0111-0.00050.1043-0.03840.17991.7798-18.13726.0384
20.64310.8310.62072.1030.27422.58070.0082-0.02560.0920.2399-0.00720.0676-0.0116-0.0275-0.00390.15110.01460.01420.1167-0.01180.1689-3.7112-12.183524.052
30.58120.38010.18261.81710.31041.1176-0.0072-0.00410.07040.00450.01650.1029-0.0584-0.0571-0.01070.07350.0090.00070.12090.0190.1339-11.6343-19.60418.6764
43.3313-2.04010.15458.1347-0.42521.99940.0780.1180.3167-0.3203-0.0725-0.0132-0.07930.1366-0.00880.1178-0.0086-0.02610.17420.03230.1386-14.4581-12.8125-7.1802
51.9945-0.81441.83672.1907-1.13363.17190.05980.0561-0.0924-0.0609-0.02140.08570.2264-0.0388-0.03880.1431-0.02740.00380.1343-0.00220.1605-9.9455-38.06918.9217
60.7552-0.1166-0.07041.85130.16251.43730.03750.0006-0.01170.0943-0.036-0.04240.0487-0.0079-0.0060.1232-0.00280.0040.09710.02340.1084-1.1155-36.379120.7859
72.2221.9182-0.91142.6216-1.1664.56470.07840.0297-0.14730.0462-0.0266-0.23370.04230.1751-0.06770.16810.0225-0.0080.1018-0.00470.15812.9169-23.629827.0436
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0
2X-RAY DIFFRACTION2A0
3X-RAY DIFFRACTION3A0
4X-RAY DIFFRACTION4A0
5X-RAY DIFFRACTION5A0
6X-RAY DIFFRACTION6A0
7X-RAY DIFFRACTION7A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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