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- PDB-7sh5: Crystal structure of CYP142A3 from Mycobacterium ulcerans bound t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sh5
タイトルCrystal structure of CYP142A3 from Mycobacterium ulcerans bound to Cholest-4-en-3-one
要素Cytochrome P450 142A3
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / OXIDOREDUCTASE / P450 / heme / mono-oxygenase / lipid / catabolism / cholesterol / cholest-4-en-3-one / mycobacteria / tuberculosis / ulcerans
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / (8ALPHA,9BETA)-CHOLEST-4-EN-3-ONE / Cytochrome P450 142A3 Cyp142A3
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium ulcerans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Doherty, D.Z. / Bell, S.G. / Bruning, J.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP210103970 オーストラリア
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2022
タイトル: The Structures of the Steroid Binding CYP142 Cytochrome P450 Enzymes from Mycobacterium ulcerans and Mycobacterium marinum.
著者: Ghith, A. / Doherty, D.Z. / Bruning, J.B. / Russell, R.A. / De Voss, J.J. / Bell, S.G.
履歴
登録2021年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 142A3
B: Cytochrome P450 142A3
C: Cytochrome P450 142A3
D: Cytochrome P450 142A3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,16732
ポリマ－181,4504
非ポリマー4,71728
水29,5811642
1
A: Cytochrome P450 142A3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5749
ポリマ－45,3621
非ポリマー1,2118
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cytochrome P450 142A3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5647
ポリマ－45,3621
非ポリマー1,2016
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Cytochrome P450 142A3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5158
ポリマ－45,3621
非ポリマー1,1527
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Cytochrome P450 142A3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5158
ポリマ－45,3621
非ポリマー1,1527
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.685, 59.200, 114.937
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.300, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Cytochrome P450 142A3 / Cyp142A3


分子量: 45362.465 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium ulcerans (バクテリア)
株: Agy99 / 遺伝子: cyp142A3, MUL_4077 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0PUV7

-
非ポリマー , 5種, 1670分子

#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-K2B / (8ALPHA,9BETA)-CHOLEST-4-EN-3-ONE


分子量: 384.638 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H44O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1642 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.77 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Sodium Acetate pH 5.5-6.0, 10% PEG 8000, 0.1 M Sodium cacodylate trihydrate
PH範囲: 5.5-6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年4月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→47.87 Å / Num. obs: 132141 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 21.1 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 18.2 / Num. measured all: 935212 / Scaling rejects: 7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.83-1.867.20.4594532163380.9140.1820.494396.3
10.02-47.876.70.015593488010.0060.01658.398.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YOO

2yoo


解像度: 1.83→40.807 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1995 1991 1.51 %
Rwork0.1695 130118 -
obs0.17 132109 98.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 83.26 Å2 / Biso mean: 25.2768 Å2 / Biso min: 8.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.83→40.807 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12570 0 325 1642 14537
Biso mean--19.63 32.83 -
残基数----1590
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00313262
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.18118058
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1391983
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032377
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.17711115
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.83-1.87540.28141310.2104914597
1.8754-1.92610.20991390.197924398
1.9261-1.98280.26491480.2024922599
1.9828-2.04680.22511400.1893925699
2.0468-2.120.24271480.185929699
2.12-2.20480.22691330.1776928599
2.2048-2.30520.18591390.1745930199
2.3052-2.42670.21191460.1735916398
2.4267-2.57870.20571340.1788907496
2.5787-2.77780.19321460.18079348100
2.7778-3.05720.21441500.18299427100
3.0572-3.49940.20211460.17239475100
3.4994-4.40810.18231510.1425945099
4.4081-40.80.15351400.1466943097

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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