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万見
- PDB-7sh0: CRYSTAL STRUCTURE OF ENDOPLASMIC RETICULUM AMINOPEPTIDASE 2 (ERAP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sh0
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF ENDOPLASMIC RETICULUM AMINOPEPTIDASE 2 (ERAP2) COMPLEX WITH A HIGHLY SELECTIVE AND POTENT SMALL MOLECULE
要素Endoplasmic reticulum aminopeptidase 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / HYDROLASE/INHIBITOR / AMINOPEPTIDASE / ERAP2 STRUCTURE / ENZYME INHIBITOR / ANTIGEN PROCESSING / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アミノペプチターゼ / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / peptide catabolic process / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / regulation of blood pressure / metallopeptidase activity ...加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アミノペプチターゼ / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / peptide catabolic process / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / regulation of blood pressure / metallopeptidase activity / adaptive immune response / endopeptidase activity / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum membrane / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aminopeptidase N-type / ERAP1-like C-terminal domain / ERAP1-like C-terminal domain / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain / Peptidase M1, alanine aminopeptidase/leukotriene A4 hydrolase / Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase / Peptidase family M1 domain / Peptidase M1 N-terminal domain / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain superfamliy / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GIY / Endoplasmic reticulum aminopeptidase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Li, L. / Bouvier, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI114467 米国
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2022
タイトル: Discovery of the First Selective Nanomolar Inhibitors of ERAP2 by Kinetic Target-Guided Synthesis.
著者: Camberlein, V. / Fleau, C. / Sierocki, P. / Li, L. / Gealageas, R. / Bosc, D. / Guillaume, V. / Warenghem, S. / Leroux, F. / Rosell, M. / Cheng, K. / Medve, L. / Prigent, M. / Decanter, M. / ...著者: Camberlein, V. / Fleau, C. / Sierocki, P. / Li, L. / Gealageas, R. / Bosc, D. / Guillaume, V. / Warenghem, S. / Leroux, F. / Rosell, M. / Cheng, K. / Medve, L. / Prigent, M. / Decanter, M. / Piveteau, C. / Biela, A. / Eveque, M. / Dumont, J. / Mpakali, A. / Giastas, P. / Herledan, A. / Couturier, C. / Haupenthal, J. / Lesire, L. / Hirsch, A.K.H. / Deprez, B. / Stratikos, E. / Bouvier, M. / Deprez-Poulain, R.
履歴
登録2021年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoplasmic reticulum aminopeptidase 2
B: Endoplasmic reticulum aminopeptidase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,32912
ポリマ－223,1272
非ポリマー2,20210
水1267
1
A: Endoplasmic reticulum aminopeptidase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,7957
ポリマ－111,5631
非ポリマー1,2326
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Endoplasmic reticulum aminopeptidase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,5345
ポリマ－111,5631
非ポリマー9704
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.485, 135.949, 129.812
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.490, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 54 through 123 or resid 130...
d_2ens_1chain "B"
d_1ens_2chain "C"
d_2ens_2chain "D"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1PROGLNA1 - 70
d_12ens_1TYRLEUA77 - 446
d_13ens_1PHELEUA460 - 483
d_14ens_1GLNASPA501 - 546
d_15ens_1ASNVALA557 - 566
d_16ens_1TRPTHRA573 - 893
d_21ens_1PROTHRB1 - 841
d_11ens_2LIGLIGD
d_21ens_2LIGLIGJ

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.99938730817, -0.01402084863, -0.0320690516157), (-0.00537706383751, 0.966883714441, -0.25516067474), (0.0345846129417, -0.254831902542, -0.966366703687)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.99938730817, -0.01402084863, -0.0320690516157), (-0.00537706383751, 0.966883714441, -0.25516067474), (0.0345846129417, -0.254831902542, -0.966366703687)
ベクター: 36.7021288453, 8.61775370563, 62.795656669)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Endoplasmic reticulum aminopeptidase 2 / Leukocyte-derived arginine aminopeptidase / L-RAP


分子量: 111563.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERAP2, LRAP / プラスミド: PFASTBAC-1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q6P179, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アミノペプチターゼ

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非ポリマー , 6種, 17分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-GIY / (2S)-N-hydroxy-3-(4-methoxyphenyl)-2-[4-({[5-(pyridin-2-yl)thiophene-2-sulfonyl]amino}methyl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]propanamide


分子量: 514.577 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H22N6O5S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.79 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 12% Ethylene glycol, 6% PEG8000;0.1m MES and imidazole
PH範囲: 6.0-6.6

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K / Ambient temp details: liguid nitrogen / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年6月2日
放射モノクロメーター: 0.97857 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→20 Å / Num. obs: 42605 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 103.33 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 3.2→3.39 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 1.2 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 6543 / CC1/2: 0.46 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5kiv

5kiv


解像度: 3.2→20 Å / SU ML: 0.5645 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.6195
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2543 2163 5.08 %
Rwork0.2073 40409 -
obs0.2097 42572 99.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 127.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14147 0 136 7 14290
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00214634
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.511319830
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03882179
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00322473
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.68991927
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.58035746026
ens_2d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.0421412453952
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.280.40041220.38042524X-RAY DIFFRACTION91.46
3.28-3.360.37911400.3482676X-RAY DIFFRACTION99.93
3.36-3.450.37331540.31352718X-RAY DIFFRACTION99.86
3.45-3.550.32341700.27422672X-RAY DIFFRACTION99.82
3.55-3.670.29631540.2562675X-RAY DIFFRACTION99.75
3.67-3.80.28781320.23342714X-RAY DIFFRACTION99.75
3.8-3.950.28411370.21772719X-RAY DIFFRACTION99.79
3.95-4.120.26121390.20422711X-RAY DIFFRACTION99.86
4.12-4.340.2471360.19362713X-RAY DIFFRACTION99.79
4.34-4.610.25511420.17052718X-RAY DIFFRACTION99.62
4.61-4.960.22131710.15862690X-RAY DIFFRACTION99.76
4.96-5.450.2061310.17642715X-RAY DIFFRACTION99.34
5.45-6.220.25511420.21062725X-RAY DIFFRACTION99.45
6.22-7.760.27361320.2082730X-RAY DIFFRACTION99.13
7.76-200.19921610.17742709X-RAY DIFFRACTION98.22
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.7670118375 Å / Origin y: 1.88376958218 Å / Origin z: 30.2391732231 Å
111213212223313233
T0.531577726982 Å2-0.053087201398 Å20.0200565323413 Å2-0.525108427502 Å20.0674237625158 Å2--0.698022678215 Å2
L1.17082471557 °2-0.311290130815 °2-0.381683865624 °2-1.8027600534 °20.421127053035 °2--2.64684952924 °2
S-0.0336121008262 Å °-0.278192303475 Å °-0.227045796722 Å °0.435086395657 Å °-0.0274098775282 Å °0.337222169829 Å °0.18835521818 Å °-0.128419554335 Å °0.0365282556835 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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