+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7sgs | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of full-length MAP7 bound to the microtubule | ||||||||||||||||||||||||
要素 |
| ||||||||||||||||||||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / microtubule / microtubule-associated protein / cytoskeleton | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / RHOH GTPase cycle / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / PKR-mediated signaling ...Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / RHOH GTPase cycle / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / PKR-mediated signaling / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Aggrephagy / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Separation of Sister Chromatids / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate Formins / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / MHC class II antigen presentation / microtubule associated complex / response to osmotic stress / COPI-mediated anterograde transport / establishment or maintenance of cell polarity / protein localization to plasma membrane / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / mitotic cell cycle / basolateral plasma membrane / microtubule / axon / signaling receptor binding / GTPase activity / GTP binding / structural molecule activity / perinuclear region of cytoplasm / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Sus scrofa (ブタ) Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Ferro, L.S. / Fang, Q. / Eshun-Wilson, L. / Fernandes, J. / Jack, A. / Farrell, D.P. / Golcuk, M. / Huijben, T. / Costa, K. / Gur, M. ...Ferro, L.S. / Fang, Q. / Eshun-Wilson, L. / Fernandes, J. / Jack, A. / Farrell, D.P. / Golcuk, M. / Huijben, T. / Costa, K. / Gur, M. / DiMaio, F. / Nogales, E. / Yildiz, A. | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 7件
| ||||||||||||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2022 タイトル: Structural and functional insight into regulation of kinesin-1 by microtubule-associated protein MAP7. 著者: Luke S Ferro / Qianglin Fang / Lisa Eshun-Wilson / Jonathan Fernandes / Amanda Jack / Daniel P Farrell / Mert Golcuk / Teun Huijben / Katelyn Costa / Mert Gur / Frank DiMaio / Eva Nogales / Ahmet Yildiz / 要旨: Microtubule (MT)-associated protein 7 (MAP7) is a required cofactor for kinesin-1-driven transport of intracellular cargoes. Using cryo-electron microscopy and single-molecule imaging, we ...Microtubule (MT)-associated protein 7 (MAP7) is a required cofactor for kinesin-1-driven transport of intracellular cargoes. Using cryo-electron microscopy and single-molecule imaging, we investigated how MAP7 binds MTs and facilitates kinesin-1 motility. The MT-binding domain (MTBD) of MAP7 bound MTs as an extended α helix between the protofilament ridge and the site of lateral contact. Unexpectedly, the MTBD partially overlapped with the binding site of kinesin-1 and inhibited its motility. However, by tethering kinesin-1 to the MT, the projection domain of MAP7 prevented dissociation of the motor and facilitated its binding to available neighboring sites. The inhibitory effect of the MTBD dominated as MTs became saturated with MAP7. Our results reveal biphasic regulation of kinesin-1 by MAP7 in the context of their competitive binding to MTs. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7sgs.cif.gz | 259 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7sgs.ent.gz | 191.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7sgs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7sgs_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7sgs_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7sgs_validation.xml.gz | 38.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7sgs_validation.cif.gz | 59.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/7sgs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/7sgs | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
-タンパク質 , 3種, 4分子 BDCA
#1: タンパク質 | 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: TUBA1B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2XVP4 #2: タンパク質 | | 分子量: 49907.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02554 #3: タンパク質 | | 分子量: 84207.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP7 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q14244 |
---|
-非ポリマー , 3種, 5分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-GDP / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Ternary complex of alpha-beta tubulin with microtubule-assosiated protein 7 タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Sus scrofa (ブタ) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
---|---|
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 99219 / 対称性のタイプ: POINT |