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- PDB-7sg3: The X-ray crystal structure of the Staphylococcus aureus Fatty Ac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sg3
タイトルThe X-ray crystal structure of the Staphylococcus aureus Fatty Acid Kinase B1 mutant A121I-A158L to 2.35 Angstrom resolution (Open form chain A, Palmitate bound)
要素Fatty Acid Kinase B1
キーワードTRANSFERASE/SUBSTRATE / Fatty acid kinase A / phosphorylation / fatty acid / N-terminus domain / LIGASE / TRANSFERASE-SUBSTRATE complex
機能・相同性DegV / DegV, C-terminal domain / Uncharacterised protein, DegV family COG1307 / DegV domain profile. / : / lipid binding / PALMITIC ACID / DegV domain-containing protein MW0711
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Cuypers, M.G. / Gullett, J.M. / Rock, C.O. / White, S.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Identification of structural transitions in bacterial fatty acid binding proteins that permit ligand entry and exit at membranes.
著者: Gullett, J.M. / Cuypers, M.G. / Grace, C.R. / Pant, S. / Subramanian, C. / Tajkhorshid, E. / Rock, C.O. / White, S.W.
履歴
登録2021年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty Acid Kinase B1
B: Fatty Acid Kinase B1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,1604
ポリマ－64,6482
非ポリマー5132
水1,24369
1
A: Fatty Acid Kinase B1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5802
ポリマ－32,3241
非ポリマー2561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Fatty Acid Kinase B1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5802
ポリマ－32,3241
非ポリマー2561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)33.216, 53.553, 85.879
Angle α, β, γ (deg.)104.159, 90.462, 107.043
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質 Fatty Acid Kinase B1 / DegV domain-containing protein MW0711


分子量: 32323.807 Da / 分子数: 2 / 変異: A121I, A158L / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: double mutant
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: MW0711 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NXM4
#2: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.76 % / 解説: tiny plate
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: pH 6.5 0.1M MES/Imidazole, 12.5% PEG1000, 12.5% PEG3350, 12.5% MPD, 0.03M NaNO3, 0.03M Na2HPO4, 0.03M (NH4)2SO4, Seeded from WT crystals

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→49.46 Å / Num. obs: 20941 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 44.61 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.042 / Χ2: 0.38 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1997 / CC1/2: 0.867 / Rpim(I) all: 0.298 / Χ2: 0.36 / % possible all: 90.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_4302精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6MH9

6mh9


解像度: 2.35→41.48 Å / SU ML: 0.299 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 28.4049
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2509 1025 5.11 %
Rwork0.2117 19051 -
obs0.2137 20076 88.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 58.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→41.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4188 0 36 69 4293
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00334290
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.49595794
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0426666
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0025739
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.33021587
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.35-2.470.3205990.27722447X-RAY DIFFRACTION78.85
2.47-2.630.32251570.27182587X-RAY DIFFRACTION84.59
2.63-2.830.29911750.24962775X-RAY DIFFRACTION90.66
2.83-3.120.3021420.22662850X-RAY DIFFRACTION92.12
3.12-3.570.24741440.21992778X-RAY DIFFRACTION89.36
3.57-4.490.2331380.18652865X-RAY DIFFRACTION92.23
4.49-41.480.21721700.19422749X-RAY DIFFRACTION89.95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.822559243610.842250999306-1.639511932155.2082920364-2.767456568536.50784439179-0.431440653239-0.512582403941.117272487420.484779910906-0.0418089446305-0.841450540663-0.1325285474520.6227945873170.4883584283530.3801980047350.0715953792088-0.1697931116350.412059368058-0.03625523494330.6007331136219.01780514381-6.06087818858-9.89052326673
21.967589271620.2719822762930.02211367366852.1929143032-0.881331749740.80003826959-0.2370699679660.7922018437982.08142747314-0.0894078235695-0.17802402763-0.443548881206-0.420939901422-0.134723566939-0.5981912289030.489658816-0.00701366664256-0.1891246199790.2886918426470.2467568839811.211980220570.4945635539950.676260036803-23.1306037799
38.337358235511.775329484481.749954747132.731586591434.68320369988.343920187390.116797628793-1.212376105960.1582847562750.550579450591-0.2370776284510.1647408531650.7032751475080.2545493951980.1145366564730.798396743093-0.00481116385250.1197718464290.9698672141840.2265680865050.754206384238-1.5870838286-28.6540696589-3.35876917643
43.88211756971.28933785953-0.1805349525781.775468180990.09490622564734.66647841253-0.122513803209-0.0302695178429-0.649068991210.101028191164-0.1479821460920.0731360767150.4281411522750.1970051779020.2393908265410.361101039199-0.02182942978940.08611838593880.2651060730540.01232307722280.554162637299-1.21966932263-26.6858297067-21.7673277289
54.53546772812-2.140527011850.602378655033.104068003721.366331792632.81614975362-0.03270286254640.105377685803-0.2099898909850.0422992408531-0.0667418861175-0.05374569456490.1999312780340.04323951796840.07087977855410.320864920437-0.0781657488560.03352632625060.4080379824820.1272463118080.3061288828869.40366036056-18.8385298815-24.4969686878
66.829710896071.8246374553-2.274024232117.70119690956-0.1226236060244.96911202099-0.373739308144-0.3521072500450.330267847361-0.177133080168-0.2782329694741.05330637299-0.513416473339-0.4676626462120.5216070008220.4227420485060.0288782053315-0.1044669782870.3155229970420.001409486756090.477383536632-8.3315050128922.777674283418.9964811468
72.17322401193-0.0457284529740.2889761965466.127001362130.7789497294331.61791163336-0.03090600493680.1018287986790.272693786909-0.214201376987-0.0830852844351-0.215013649401-0.2081010105150.002108837997430.1067300985060.287581601605-0.0367368292946-0.01609044148070.385783609780.0163485739120.3143728954170.4073486564216.631881170416.6116997812
87.980546171416.21623146017-2.114155610195.44675171659-2.091093844365.00944269052-0.1898243775820.137664622018-1.095074483530.1469572963440.0466312750712-0.2794056529540.46098217108-0.2091835338820.2107810451650.464254242513-0.0226452516170.02044724745530.354312692218-0.05375980244380.8509412266781.57641964489-4.6994025046622.8365629206
93.83286057040.903452778558-0.5871250405312.883438316460.1154497511283.55413787024-0.0683659593793-0.198796126226-0.553199553595-0.008832412956-0.06567118382630.2341984764340.407061755958-0.2039475018990.103962874310.284450177958-0.05264148102430.01065929666150.2738063050190.03391797661360.297656156522-9.833354623693.271815378828.2539092345
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 68 )AA1 - 681 - 68
22chain 'A' and (resid 69 through 161 )AA69 - 16169 - 161
33chain 'A' and (resid 162 through 184 )AA162 - 184162 - 184
44chain 'A' and (resid 185 through 224 )AA185 - 224185 - 224
55chain 'A' and (resid 225 through 288 )AA225 - 288225 - 288
66chain 'B' and (resid 0 through 21 )BC0 - 211 - 22
77chain 'B' and (resid 22 through 187 )BC22 - 18723 - 155
88chain 'B' and (resid 188 through 206 )BC188 - 206156 - 174
99chain 'B' and (resid 207 through 288 )BC207 - 288175 - 256

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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