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- PDB-7sfz: Crystal structure of Mis18a-yippee domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sfz
タイトルCrystal structure of Mis18a-yippee domain
要素Protein Mis18-alpha
キーワードCELL CYCLE / Mis18a
機能・相同性
機能・相同性情報


CENP-A containing chromatin assembly / chromosome, centromeric region / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / chromosome segregation / cell division / chromatin / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mis18 domain / Mis18 domain profile. / Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein Mis18-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.002 Å
データ登録者Park, S.H. / Cho, U.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK111465 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural Basis for Mis18 Complex Assembly: Implications for Centromere Maintenance
著者: Park, S.H. / Shimanaka, K. / Cho, U.
履歴
登録2021年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Protein Mis18-alpha
A: Protein Mis18-alpha
C: Protein Mis18-alpha
D: Protein Mis18-alpha
E: Protein Mis18-alpha
F: Protein Mis18-alpha
G: Protein Mis18-alpha
H: Protein Mis18-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,65724
ポリマ－102,3658
非ポリマー1,29216
水1448
1
B: Protein Mis18-alpha
A: Protein Mis18-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9146
ポリマ－25,5912
非ポリマー3234
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1930 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area10700 Å2
手法PISA
2
C: Protein Mis18-alpha
D: Protein Mis18-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9146
ポリマ－25,5912
非ポリマー3234
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1490 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area10710 Å2
手法PISA
3
E: Protein Mis18-alpha
F: Protein Mis18-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8185
ポリマ－25,5912
非ポリマー2273
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1400 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area10760 Å2
手法PISA
4
G: Protein Mis18-alpha
H: Protein Mis18-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0107
ポリマ－25,5912
非ポリマー4195
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1840 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area9600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.725, 114.864, 116.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
Protein Mis18-alpha / FAPP1-associated protein 1


分子量: 12795.674 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MIS18A, C21orf45, C21orf46, FASP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NYP9
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.9 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Ammonium sulfate, PEG 400, HEPES

-
データ収集

回折平均測定温度: 193.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.12713 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12713 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 30063 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / Num. unique obs: 1479 / CC1/2: 0.703

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HJ0

5hj0


解像度: 3.002→49.985 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 1987 6.62 %
Rwork0.2026 --
obs0.2058 30011 99.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.002→49.985 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5732 0 48 8 5788
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0125834
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2947875
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.4613548
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075926
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007981
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0023-3.07740.33891390.26941947X-RAY DIFFRACTION98
3.0774-3.16060.33421340.27971993X-RAY DIFFRACTION100
3.1606-3.25360.31921330.26481974X-RAY DIFFRACTION99
3.2536-3.35860.33411500.25321947X-RAY DIFFRACTION98
3.3586-3.47860.28031220.24552008X-RAY DIFFRACTION99
3.4786-3.61780.28571300.21321966X-RAY DIFFRACTION98
3.6178-3.78240.27071480.21411987X-RAY DIFFRACTION100
3.7824-3.98180.25411490.19312004X-RAY DIFFRACTION100
3.9818-4.23110.22931470.17012001X-RAY DIFFRACTION100
4.2311-4.55760.23231480.15762006X-RAY DIFFRACTION100
4.5576-5.01590.16621390.15352031X-RAY DIFFRACTION99
5.0159-5.74080.26211400.1942029X-RAY DIFFRACTION99
5.7408-7.22930.28311510.23192006X-RAY DIFFRACTION98
7.2293-49.9850.22641570.21212125X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.1334-2.4203-3.32987.77532.94519.8599-0.16660.0242-0.6959-0.26770.006-0.66060.72111.03880.15410.43010.10010.02890.4232-0.00540.523932.8497-6.886344.1596
28.2836-1.6634-6.29937.14052.12048.22750.29480.2440.4126-0.0614-0.30290.798-0.9426-1.01880.03460.56560.1459-0.0110.5696-0.05380.469910.37897.554860.315
33.69121.20060.00266.45155.85887.53970.15090.09270.3367-0.905-0.28570.5771-0.8559-0.19850.17630.6830.0072-0.07580.3829-0.02230.599920.108933.906350.3544
46.07742.10592.54156.92885.75729.5927-0.28030.9923-0.3471-1.1720.11850.63950.1153-0.19010.17161.1518-0.0306-0.23430.5723-0.05630.653616.36868.389330.91
58.05022.01487.43522.0842.9558.7768-0.0729-0.78680.48310.1350.2167-0.09110.0705-0.7203-0.11790.44140.0471-0.10720.9393-0.07070.840420.573837.71545.9801
67.96340.7915.18647.67414.32917.0646-0.03780.28810.25350.3515-0.4033-0.1361-0.29260.55480.42610.4904-0.0626-0.07420.8853-0.06550.507145.481142.400327.403
76.3527-0.30952.31178.6894-1.89389.8811-0.2188-0.216-0.4930.41980.3095-0.42280.66440.0938-0.06910.44610.13830.03130.68670.14840.504160.198124.070615.308
83.4263-0.83882.48259.3719-3.12034.521-0.23790.20810.3729-1.5231-0.12440.4811-0.535-0.59720.29340.85390.2279-0.11411.00880.13070.551146.462143.4105-1.9277
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'B' and resid 78 through 180)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'A' and resid 78 through 180)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 79 through 180)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 78 through 179)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'E' and resid 80 through 179)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'F' and resid 79 through 179)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain 'G' and resid 77 through 180)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain 'H' and resid 79 through 179)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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