+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7sfy | ||||||
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Title | Crystal structure of human Mis18ab_cc | ||||||
Components |
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Keywords | CELL CYCLE / Mis18ab complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information chromocenter / : / CENP-A containing chromatin assembly / cell communication / chromosome, centromeric region / Cajal body / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / chromosome segregation / nuclear speck / cell division ...chromocenter / : / CENP-A containing chromatin assembly / cell communication / chromosome, centromeric region / Cajal body / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / chromosome segregation / nuclear speck / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Park, S.H. / Cho, U. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Structural Basis for Mis18 Complex Assembly: Implications for Centromere Maintenance Authors: Park, S.H. / Shimanaka, K. / Cho, U. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7sfy.cif.gz | 113.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7sfy.ent.gz | 74.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7sfy.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7sfy_validation.pdf.gz | 468.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7sfy_full_validation.pdf.gz | 473 KB | Display | |
Data in XML | 7sfy_validation.xml.gz | 9.8 KB | Display | |
Data in CIF | 7sfy_validation.cif.gz | 12.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sf/7sfy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sf/7sfy | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7sfzC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein/peptide | Mass: 5283.056 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: MIS18A, C21orf45, C21orf46, FASP1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q9NYP9 #2: Protein/peptide | Mass: 4807.607 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: OIP5, MIS18B / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: O43482 #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.84 Å3/Da / Density % sol: 56.71 % |
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Crystal grow | Temperature: 295.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: Magnesium acetate, PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 193.15 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97856 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Aug 16, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→50 Å / Num. obs: 12467 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 49.32 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 9.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.54 Å / Num. unique obs: 600 / CC1/2: 0.912 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.5→44.28 Å / SU ML: 0.289 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 41.2322 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 91.18 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→44.28 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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