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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7sfn | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of OlmO, a spirocyclase involved in the biosynthesis of oligomycin | |||||||||
要素 | OlmO - oligomycin spirocyclase | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / cyclase / spyrocyclase / oligomycin / calycin | |||||||||
機能・相同性 | D-MALATE / Uncharacterized protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Streptomyces avermitilis (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Bilyk, O. / Leadlay, P.F. / Dias, M.V.B. | |||||||||
資金援助 | ブラジル, 2件
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引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2022 タイトル: Enzyme-Catalyzed Spiroacetal Formation in Polyketide Antibiotic Biosynthesis. 著者: Bilyk, O. / Oliveira, G.S. / de Angelo, R.M. / Almeida, M.O. / Honorio, K.M. / Leeper, F.J. / Dias, M.V.B. / Leadlay, P.F. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7sfn.cif.gz | 145.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7sfn.ent.gz | 113.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7sfn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7sfn_validation.pdf.gz | 458.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7sfn_full_validation.pdf.gz | 462.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7sfn_validation.xml.gz | 15.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7sfn_validation.cif.gz | 21.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sf/7sfn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sf/7sfn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7sfpC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21560.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces avermitilis (バクテリア) 遺伝子: SAV14893_021330, SAV31267_066240 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q93HI7 #2: 化合物 | ChemComp-MLT / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.74 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 3 M Malic acid, pH = 6.0 pH = 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 R 100K-A / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月25日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9762 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.1→49.1 Å / Num. obs: 23608 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 9.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 17.6 / Num. measured all: 221286 / Scaling rejects: 40 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→43.73 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.81 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 130.2 Å2 / Biso mean: 50.5205 Å2 / Biso min: 29.13 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.1→43.73 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 14.9718 Å / Origin y: 3.3919 Å / Origin z: 133.0074 Å
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精密化 TLSグループ |
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