PDB-7sf2: Crystal Structure of Beta-Galactosidase from Bacteroides cellulos...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7sf2

タイトル

Crystal Structure of Beta-Galactosidase from Bacteroides cellulosilyticus

要素

Glycosyl hydrolase family 2, sugar binding domain protein

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

Glycoside hydrolase (グリコシダーゼ) /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides cellulosilyticus DSM 14838 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Kim, Y. / Joachimiak, G. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Beta-Galactosidase from Bacteroides cellulosilyticus
著者: Kim, Y. / Joachimiak, G. / Endres, M. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2021年10月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年11月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7sf2.cif.gz	1.7 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7sf2.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7sf2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sf/7sf2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sf/7sf2	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	2zba-d 4bc2-d 4bc5-d 6hsz-d 4bz9-d 4bz5-d 6dep-1 6dem-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (7) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (7) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#198 - 2016年6月
β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase)
類似性 (7)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (7)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#252 - 2020年12月
C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase)
類似性 (1)
#9 - 2000年9月
リゾチーム (Lysozyme)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Glycosyl hydrolase family 2, sugar binding domain protein

B: Glycosyl hydrolase family 2, sugar binding domain protein

C: Glycosyl hydrolase family 2, sugar binding domain protein

D: Glycosyl hydrolase family 2, sugar binding domain protein

E: Glycosyl hydrolase family 2, sugar binding domain protein

F: Glycosyl hydrolase family 2, sugar binding domain protein

ヘテロ分子

415 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glycosyl hydrolase family 2, sugar binding domain protein

B: Glycosyl hydrolase family 2, sugar binding domain protein

D: Glycosyl hydrolase family 2, sugar binding domain protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
208 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Glycosyl hydrolase family 2, sugar binding domain protein

E: Glycosyl hydrolase family 2, sugar binding domain protein

F: Glycosyl hydrolase family 2, sugar binding domain protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
207 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	335.847, 349.396, 352.108
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	22
Space group name H-M	F222
Space group name Hall	F22
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z #4: -x,-y,z #5: x,y+1/2,z+1/2 #6: x,-y+1/2,-z+1/2 #7: -x,y+1/2,-z+1/2 #8: -x,-y+1/2,z+1/2 #9: x+1/2,y,z+1/2 #10: x+1/2,-y,-z+1/2 #11: -x+1/2,y,-z+1/2 #12: -x+1/2,-y,z+1/2 #13: x+1/2,y+1/2,z #14: x+1/2,-y+1/2,-z #15: -x+1/2,y+1/2,-z #16: -x+1/2,-y+1/2,z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-927- HOH
2	1	B-856- HOH
3	1	D-921- HOH

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	Glycosyl hydrolase family 2, sugar binding domain protein 分子量: 68149.805 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides cellulosilyticus DSM 14838 (バクテリア) 遺伝子: BACCELL_01794 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pGrow7-K / 参照: UniProt: E2NBY7

-
非ポリマー , 7種, 1678分子

#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / トリスヒドロキシメチルアミノメタン分子量: 122.143 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル / 2-メルカプトエタノール分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#7: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩分子量: 94.971 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#8: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1584 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 6.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 80.52 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 2.4 M ammonium phosphate dibasic

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→48.11 Å / Num. obs: 255513 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 28.06 Å² / CC_1/2: 0.987 / R_merge(I) obs: 0.149 / Net I/σ(I): 8.3
反射シェル	解像度: 2.75→2.8 Å / R_merge(I) obs: 0.658 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 12805 / CC_1/2: 0.798

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19_4092	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.75→48.1 Å / SU ML: 0.3043 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.8519
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2094	12548	5.22 %
R_work	0.1817	227714	-
obs	0.1831	240262	90.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.75→48.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	28503	0	349	1584	30436

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0021	30225
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4937	41052
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0434	4227
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0046	5323
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.83	11203

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.75-2.78	0.3398	361	0.2945	7410	X-RAY DIFFRACTION	88.76
2.78-2.81	0.3207	408	0.2737	7584	X-RAY DIFFRACTION	90.97
2.81-2.85	0.324	367	0.2638	7633	X-RAY DIFFRACTION	91.13
2.85-2.88	0.3082	384	0.259	7609	X-RAY DIFFRACTION	90.91
2.88-2.92	0.2932	454	0.2698	7472	X-RAY DIFFRACTION	90.43
2.92-2.96	0.2977	507	0.2571	7520	X-RAY DIFFRACTION	91.55
2.96-3	0.2851	513	0.25	7483	X-RAY DIFFRACTION	91.25
3-3.05	0.304	462	0.2465	7566	X-RAY DIFFRACTION	91.29
3.05-3.1	0.2862	444	0.239	7636	X-RAY DIFFRACTION	91.69
3.1-3.15	0.2844	416	0.2391	7500	X-RAY DIFFRACTION	90.6
3.15-3.2	0.2697	442	0.2343	7630	X-RAY DIFFRACTION	91.38
3.2-3.26	0.2679	427	0.2249	7546	X-RAY DIFFRACTION	90.67
3.26-3.32	0.2464	359	0.2127	7480	X-RAY DIFFRACTION	89.48
3.32-3.39	0.2222	339	0.2046	7521	X-RAY DIFFRACTION	89.37
3.39-3.46	0.2363	417	0.1946	7490	X-RAY DIFFRACTION	89.77
3.46-3.55	0.2063	401	0.1882	7474	X-RAY DIFFRACTION	89.54
3.55-3.63	0.1992	425	0.1788	7504	X-RAY DIFFRACTION	90
3.63-3.73	0.2035	402	0.1758	7454	X-RAY DIFFRACTION	89.18
3.73-3.84	0.1803	422	0.1632	7501	X-RAY DIFFRACTION	90.05
3.84-3.97	0.183	434	0.1527	7539	X-RAY DIFFRACTION	90.56
3.97-4.11	0.1691	445	0.148	7525	X-RAY DIFFRACTION	90.11
4.11-4.27	0.1632	464	0.1363	7545	X-RAY DIFFRACTION	90.77
4.27-4.47	0.1564	430	0.1318	7479	X-RAY DIFFRACTION	89.85
4.47-4.7	0.1392	436	0.125	7702	X-RAY DIFFRACTION	92.06
4.7-5	0.1373	376	0.1199	7795	X-RAY DIFFRACTION	92.25
5-5.38	0.1443	402	0.1282	7817	X-RAY DIFFRACTION	92.62
5.38-5.92	0.1454	423	0.1322	7851	X-RAY DIFFRACTION	93.03
5.92-6.78	0.172	430	0.1514	7705	X-RAY DIFFRACTION	91.46
6.78-8.53	0.1654	373	0.1459	7928	X-RAY DIFFRACTION	92.72
8.53-48.1	0.1753	385	0.1696	7815	X-RAY DIFFRACTION	89.62

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.84069330875	0.226693399922	0.461716855692	1.13099029257	-0.126543963866	1.57219512666	-0.0198060625416	0.00502362169435	0.395137860256	-0.0563989241705	0.0120847339495	0.184778489968	-0.212140982771	-0.0475209090424	0.00083669806131	0.168393060354	0.00452579079837	-0.0343892724207	0.118698803416	-0.0317410472739	0.251211620035	38.473	88.75	69.652
2	2.98616746465	0.827069126159	0.044825423131	1.72095513902	0.0704069477962	2.23920400388	-0.0952873225098	0.36429693338	0.495035507969	-0.418713639768	0.121012639818	0.16698225994	-0.253045261305	-0.247963048875	0.11748890146	0.192783787442	0.0272320835889	-0.0627000253214	0.131130347106	0.00891457942896	0.228000759352	35.717	83.463	59.945
3	0.532994654155	0.194787586778	0.068965500119	0.539301349363	0.145918212857	0.563263995046	0.00220120819368	0.00791870290721	0.0457525281661	0.0150281720053	9.95248599903E-5	0.0782797613631	0.0877333903777	-0.0826577541937	-0.011208873867	0.161487613837	-0.0460915773565	-0.0251194413381	0.185554364917	-0.0356613209273	0.173710360293	33.747	63.631	74.622
4	2.26293900432	0.160212067587	-0.294012949962	4.41042947846	-0.628531646628	1.14008593869	0.00875237960788	0.00676583821156	0.229680073901	-0.0507537275594	-0.0258287696673	0.662437895298	-0.0390844923551	-0.380431896102	-0.0234822919667	0.150709924186	-0.0324623202922	-0.015522407091	0.32810662867	-0.101534727952	0.277184895528	9.781	68.094	73.792
5	1.26231742836	-0.142810696023	0.235790943024	1.10614094399	0.31072556508	1.55972329224	-0.00679038783467	0.132302767453	-0.0306290240013	-0.148344009281	0.0238941158902	-0.146548573155	-0.0857867749117	0.447351523985	-0.00957008534053	0.119333826768	-0.0823626065305	0.0175139603633	0.327981131488	-0.00582911960472	0.179481527624	85.286	69.235	43.004
6	2.69016082756	0.513170564431	1.44664027317	3.00505664121	0.410165291516	2.16379005252	0.300675061494	0.0780815105367	-0.437565178102	-0.260824257561	-0.0409441636926	-0.277416146646	0.398313756035	0.604223645541	-0.430005769966	0.0942660390393	-0.0673663195107	0.0405819502188	0.351691789135	-0.0265907979046	0.151484688358	79.961	59.357	39.293
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35	5.4098463019	-0.480775625435	0.188382259016	1.15626880513	-0.0510098633416	0.510331070575	-0.0508703358984	-0.158677610962	-0.197230941494	0.0947738049809	0.138479927788	-0.0327324853679	0.31000745698	0.0291389254318	-0.0916042744948	0.367509873125	-0.0508849669756	0.0158720438245	0.16765728889	-0.0897708809271	0.304922433822	40.749	-1.625	25.536
36	7.23548333733	1.09227743693	3.55340001142	1.42761761418	0.859494777657	2.68769290483	-0.019576654643	0.210055908355	-0.390007350267	0.0428137053295	0.116716120379	-0.127695522301	0.0994191124193	0.0629985007108	-0.141237117305	0.321559683929	-0.016214421953	0.0250525888332	0.121559517026	-0.0487960694723	0.202363297001	43.592	5.047	25.578
37	0.72889534434	-0.0895061893643	-0.0158444633802	0.782015036124	0.00356789343303	0.793937705597	-0.0667670054957	0.149848786019	-0.0680596976673	-0.0440306098874	0.0240651015086	-0.104357342926	0.0390346673118	0.0916098405107	0.0467768261555	0.199204833369	-0.0454346723785	-0.0205172121126	0.238544709492	-0.0702078602386	0.2211695708	56.184	21.461	22.351
38	2.33280128272	-0.229954413288	-0.308584690583	2.04400485862	-1.62102627085	5.19637463774	-0.0428140829135	0.36242871609	-0.0975904583453	-0.18190575663	0.00541434391202	-0.451613481815	0.0805899117412	0.598349223787	0.0883318809424	0.211172865195	-0.0111191310712	0.0596596675088	0.402302769987	-0.15528037596	0.369582013855	72.989	16.474	14.349
39	3.2053789867	-4.97984215479	-4.79725546087	9.77892791651	8.21521297354	7.46391612953	-0.00400657162952	-6.75558410407	1.64205179185	-0.899448616458	2.92738005142	-0.440727361125	-0.740458891572	6.12025564007	-2.95599765338	1.0418752016	0.461321307747	-0.000764102945122	0.854998906864	-0.0796523080741	1.033186709	65.037	-0.229	37.126

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 20:159 )	A	20 - 159
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 160:193 )	A	160 - 193
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 194:516 )	A	194 - 516
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 517:605 )	A	517 - 605
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 20:159 )	B	20 - 159
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 160:193 )	B	160 - 193
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 194:284 )	B	194 - 284
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 285:491 )	B	285 - 491
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 492:604 )	B	492 - 604
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 605:605 )	B	605
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN C AND RESID 20:159 )	C	20 - 159
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN C AND RESID 160:193 )	C	160 - 193
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN C AND RESID 194:250 )	C	194 - 250
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN C AND RESID 251:284 )	C	251 - 284
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN C AND RESID 285:516 )	C	285 - 516
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN C AND RESID 517:604 )	C	517 - 604
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN D AND RESID 20:159 )	D	20 - 159
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN D AND RESID 160:193 )	D	160 - 193
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN D AND RESID 194:250 )	D	194 - 250
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN D AND RESID 251:516 )	D	251 - 516
21	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN D AND RESID 517:604 )	D	517 - 604
22	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN D AND RESID 605:605 )	D	605
23	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN E AND RESID 20:159 )	E	20 - 159
24	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN E AND RESID 160:193 )	E	160 - 193
25	X-RAY DIFFRACTION	25	( CHAIN E AND RESID 194:250 )	E	194 - 250
26	X-RAY DIFFRACTION	26	( CHAIN E AND RESID 251:284 )	E	251 - 284
27	X-RAY DIFFRACTION	27	( CHAIN E AND RESID 285:516 )	E	285 - 516
28	X-RAY DIFFRACTION	28	( CHAIN E AND RESID 517:555 )	E	517 - 555
29	X-RAY DIFFRACTION	29	( CHAIN E AND RESID 556:604 )	E	556 - 604
30	X-RAY DIFFRACTION	30	( CHAIN E AND RESID 605:605 )	E	605
31	X-RAY DIFFRACTION	31	( CHAIN F AND RESID 20:60 )	F	20 - 60
32	X-RAY DIFFRACTION	32	( CHAIN F AND RESID 61:159 )	F	61 - 159
33	X-RAY DIFFRACTION	33	( CHAIN F AND RESID 160:193 )	F	160 - 193
34	X-RAY DIFFRACTION	34	( CHAIN F AND RESID 194:250 )	F	194 - 250
35	X-RAY DIFFRACTION	35	( CHAIN F AND RESID 251:284 )	F	251 - 284
36	X-RAY DIFFRACTION	36	( CHAIN F AND RESID 285:324 )	F	285 - 324
37	X-RAY DIFFRACTION	37	( CHAIN F AND RESID 325:516 )	F	325 - 516
38	X-RAY DIFFRACTION	38	( CHAIN F AND RESID 517:604 )	F	517 - 604
39	X-RAY DIFFRACTION	39	( CHAIN F AND RESID 605:605 )	F	605

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新型コロナ情報

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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