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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7sex | ||||||
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タイトル | M. tb EgtD in complex with TGX221 | ||||||
要素 | Histidine N-alpha-methyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Ergothioneine biosynthesis pathway / Rossmann fold domain / histidine/histamine derivatives / SAM dependent methyltransferase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ergothioneine biosynthetic process / L-histidine Nalpha-methyltransferase / : / aminoacyl-tRNA ligase activity / protein methyltransferase activity / methylation 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Sudasinghe, T.D. / Ronning, D.R. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021 タイトル: Inhibitors of Mycobacterium tuberculosis EgtD target both substrate binding sites to limit hercynine production. 著者: Sudasinghe, T.D. / Banco, M.T. / Ronning, D.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7sex.cif.gz | 142.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7sex.ent.gz | 109 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7sex.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7sex_validation.pdf.gz | 840.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7sex_full_validation.pdf.gz | 842 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7sex_validation.xml.gz | 14 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7sex_validation.cif.gz | 18.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/7sex ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/7sex | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35314.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: egtD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A045KE74, L-histidine Nalpha-methyltransferase | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-93I / | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.24 % |
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結晶化 | 温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2 M potassium phosphate dibasic and 20 % w/v polyethylene glycol 3,350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年7月31日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→49.31 Å / Num. obs: 17958 / % possible obs: 99.78 % / 冗長度: 1 % / Biso Wilson estimate: 38.47 Å2 / CC1/2: 0.95 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 解像度: 2.201→2.279 Å / Num. unique obs: 1712 / CC1/2: 0.67 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4UY5 解像度: 2.2→49.31 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 20.48 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 103.35 Å2 / Biso mean: 42.9703 Å2 / Biso min: 23.46 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.2→49.31 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -16.6702 Å / Origin y: 8.2787 Å / Origin z: 4.7753 Å
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精密化 TLSグループ |
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