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- PDB-7sd2: Murine Fab that recognizes Hev b 8 (profilin for Hevea brasiliensis) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sd2
タイトルMurine Fab that recognizes Hev b 8 (profilin for Hevea brasiliensis)
要素
  • Heavy Chain Antibody IgE/Fab anti-profilin Hev b 8
  • Light Chain Antibody IgE/Fab anti-profilin Hev b 8
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / IgE/Fab fragment
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.75 Å
データ登録者Rodriguez-Romero, A. / Garcia-Ramirez, B.
資金援助 メキシコ, 1件
組織認可番号国
Consejo Nacional de Ciencia y Tecnologia (CONACYT)087163 メキシコ
引用
ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: A native IgE in complex with profilin provides insights into allergen recognition and cross-reactivity.
著者: Garcia-Ramirez, B. / Mares-Mejia, I. / Rodriguez-Hernandez, A. / Cano-Sanchez, P. / Torres-Larios, A. / Ortega, E. / Rodriguez-Romero, A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2006
タイトル: HKL-3000: the integration of data reduction and structure solution--from diffraction images to an initial model in minutes.
著者: Minor, W. / Cymborowski, M. / Otwinowski, Z. / Chruszcz, M.
履歴
登録2021年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Heavy Chain Antibody IgE/Fab anti-profilin Hev b 8
L: Light Chain Antibody IgE/Fab anti-profilin Hev b 8
A: Heavy Chain Antibody IgE/Fab anti-profilin Hev b 8
B: Light Chain Antibody IgE/Fab anti-profilin Hev b 8
C: Heavy Chain Antibody IgE/Fab anti-profilin Hev b 8
D: Light Chain Antibody IgE/Fab anti-profilin Hev b 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,5276
ポリマ－140,5276
非ポリマー00
水00
1
H: Heavy Chain Antibody IgE/Fab anti-profilin Hev b 8
L: Light Chain Antibody IgE/Fab anti-profilin Hev b 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8422
ポリマ－46,8422
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2740 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area18100 Å2
手法PISA
2
A: Heavy Chain Antibody IgE/Fab anti-profilin Hev b 8
B: Light Chain Antibody IgE/Fab anti-profilin Hev b 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8422
ポリマ－46,8422
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2730 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area18070 Å2
手法PISA
3
C: Heavy Chain Antibody IgE/Fab anti-profilin Hev b 8
D: Light Chain Antibody IgE/Fab anti-profilin Hev b 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8422
ポリマ－46,8422
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2460 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.000, 103.845, 180.204
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.258, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Space group name HallC2y(x,y,-x+z)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#4: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2

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要素

#1: 抗体 Heavy Chain Antibody IgE/Fab anti-profilin Hev b 8


分子量: 23226.309 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 Light Chain Antibody IgE/Fab anti-profilin Hev b 8


分子量: 23616.020 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.29 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.9
詳細: 0.2 M magnesium acetate tetrahydrate, 20% w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.75→55.92 Å / Num. obs: 17207 / % possible obs: 99.09 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 99.76 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rpim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 3.75→4.19 Å / Num. unique obs: 4862 / CC1/2: 0.843 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1BAF

1baf


解像度: 3.75→44.96 Å / SU ML: 0.4617 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.2298
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2841 799 4.66 %
Rwork0.2465 16353 -
obs0.2484 17152 99.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 102.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.75→44.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8148 0 0 0 8148
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00238361
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.556611534
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04171319
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00511535
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.08031304
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.75-3.980.34251100.29322730X-RAY DIFFRACTION99.72
3.98-4.290.36991380.28242712X-RAY DIFFRACTION99.41
4.29-4.720.23381280.232689X-RAY DIFFRACTION98.29
4.72-5.410.28391470.23062714X-RAY DIFFRACTION99.76
5.41-6.810.31051240.26962765X-RAY DIFFRACTION99.72
6.81-44.960.25491520.22372743X-RAY DIFFRACTION98.07

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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