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- PDB-7sd1: Crystal structure of SHOC2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sd1
タイトルCrystal structure of SHOC2
要素Leucine-rich repeat protein SHOC-2
キーワードSIGNALING PROTEIN / PP1C / RAS / Scaffold
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to growth hormone stimulus / protein phosphatase type 1 complex / negative regulation of neural precursor cell proliferation / cyclic-GMP-AMP transmembrane import across plasma membrane / nerve growth factor signaling pathway / protein phosphatase regulator activity / protein phosphatase 1 binding / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / positive regulation of Ras protein signal transduction ...cellular response to growth hormone stimulus / protein phosphatase type 1 complex / negative regulation of neural precursor cell proliferation / cyclic-GMP-AMP transmembrane import across plasma membrane / nerve growth factor signaling pathway / protein phosphatase regulator activity / protein phosphatase 1 binding / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / positive regulation of Ras protein signal transduction / negative regulation of neuron differentiation / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of neuron differentiation / RAF activation / positive regulation of neuron projection development / protein phosphatase binding / Ras protein signal transduction / signal transduction / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Leucine-rich repeat protein SHOC-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.19 Å
データ登録者Liau, N.P.D. / Hymowitz, S.G. / Sudhamsu, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Structural basis for SHOC2 modulation of RAS signalling.
著者: Nicholas P D Liau / Matthew C Johnson / Saeed Izadi / Luca Gerosa / Michal Hammel / John M Bruning / Timothy J Wendorff / Wilson Phung / Sarah G Hymowitz / Jawahar Sudhamsu /
要旨: The RAS-RAF pathway is one of the most commonly dysregulated in human cancers. Despite decades of study, understanding of the molecular mechanisms underlying dimerization and activation of the kinase ...The RAS-RAF pathway is one of the most commonly dysregulated in human cancers. Despite decades of study, understanding of the molecular mechanisms underlying dimerization and activation of the kinase RAF remains limited. Recent structures of inactive RAF monomer and active RAF dimer bound to 14-3-3 have revealed the mechanisms by which 14-3-3 stabilizes both RAF conformations via specific phosphoserine residues. Prior to RAF dimerization, the protein phosphatase 1 catalytic subunit (PP1C) must dephosphorylate the N-terminal phosphoserine (NTpS) of RAF to relieve inhibition by 14-3-3, although PP1C in isolation lacks intrinsic substrate selectivity. SHOC2 is as an essential scaffolding protein that engages both PP1C and RAS to dephosphorylate RAF NTpS, but the structure of SHOC2 and the architecture of the presumptive SHOC2-PP1C-RAS complex remain unknown. Here we present a cryo-electron microscopy structure of the SHOC2-PP1C-MRAS complex to an overall resolution of 3 Å, revealing a tripartite molecular architecture in which a crescent-shaped SHOC2 acts as a cradle and brings together PP1C and MRAS. Our work demonstrates the GTP dependence of multiple RAS isoforms for complex formation, delineates the RAS-isoform preference for complex assembly, and uncovers how the SHOC2 scaffold and RAS collectively drive specificity of PP1C for RAF NTpS. Our data indicate that disease-relevant mutations affect complex assembly, reveal the simultaneous requirement of two RAS molecules for RAF activation, and establish rational avenues for discovery of new classes of inhibitors to target this pathway.
履歴
登録2021年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年7月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32022年9月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leucine-rich repeat protein SHOC-2
B: Leucine-rich repeat protein SHOC-2
C: Leucine-rich repeat protein SHOC-2
D: Leucine-rich repeat protein SHOC-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)260,6284
ポリマ－260,6284
非ポリマー00
水00
1
A: Leucine-rich repeat protein SHOC-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,1571
ポリマ－65,1571
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Leucine-rich repeat protein SHOC-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,1571
ポリマ－65,1571
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Leucine-rich repeat protein SHOC-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,1571
ポリマ－65,1571
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Leucine-rich repeat protein SHOC-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,1571
ポリマ－65,1571
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)168.630, 201.830, 233.770
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質
Leucine-rich repeat protein SHOC-2 / Protein soc-2 homolog / Protein sur-8 homolog


分子量: 65156.969 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SHOC2, KIAA0862
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9UQ13

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.84 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 / 詳細: 100 mM Tris 8.5, 200 mM MgCl2, 14% (w/v) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.19→49.13 Å / Num. obs: 444449 / % possible obs: 97.79 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 117.54 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1765 / Rpim(I) all: 0.07335 / Rrim(I) all: 0.1915 / Net I/σ(I): 8.95
反射 シェル解像度: 3.192→3.39 Å / Rmerge(I) obs: 3.37 / Mean I/σ(I) obs: 0.51 / Num. unique obs: 10510 / CC1/2: 0.294

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1-4122_final精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4U06

4u06


解像度: 3.19→49.13 Å / SU ML: 0.61 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2378 3683 2.99 %
Rwork0.2085 119688 -
obs0.2094 123371 96.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 260.2 Å2 / Biso mean: 120.8103 Å2 / Biso min: 52.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.19→49.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15721 0 0 0 15721
残基数----1997
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.19-3.230.5598520.47562016206843
3.23-3.280.38871300.40434091422185
3.28-3.320.41451440.38084464460892
3.32-3.370.41021400.38144590473096
3.37-3.430.37971410.3654565470696
3.43-3.480.34391440.35454705484999
3.48-3.540.40111450.342147374882100
3.54-3.610.33041440.315548094953100
3.61-3.680.2861470.29247664913100
3.68-3.750.30391470.27724746489399
3.75-3.830.30721440.273747754919100
3.83-3.920.36311490.265347474896100
3.92-4.020.28421440.248747914935100
4.02-4.130.27731470.20747574904100
4.13-4.250.24191470.19947734920100
4.25-4.390.23791490.190748004949100
4.39-4.540.22111430.182547564899100
4.55-4.730.2131470.174547824929100
4.73-4.940.17561430.1744736487999
4.94-5.20.21981480.177447854933100
5.2-5.530.24381470.19447584905100
5.53-5.950.2281450.203447884933100
5.95-6.550.24471510.192748064957100
6.55-7.50.2271460.18134729487599
7.5-9.430.21241520.199247684920100
9.43-49.130.14121470.13024648479597
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3743-1.1147-0.49181.8530.96711.7529-0.2437-0.25990.16360.40460.2923-0.22560.1071-0.0434-0.05350.75230.1105-0.02280.60250.13020.8067-24.1777-75.0417-27.2987
20.8762-0.68950.44821.9211-0.08151.096-0.2085-0.4827-0.22630.33650.3690.22340.2439-0.0018-0.16570.7010.19990.08370.84260.10490.7438-70.2591-32.2123-32.9266
31.6161-0.63951.12851.2186-0.48611.48490.17290.2154-0.2159-0.1938-0.0310.29880.05890.0373-0.14590.70380.1110.10780.73390.07980.8383-29.2047-80.3508-27.9047
42.6565-1.64230.22182.2658-0.24560.8531-0.3075-0.44760.32740.31170.3764-0.1059-0.0235-0.1051-0.07010.82240.20380.010.78080.13310.8445-65.5676-27.4885-32.7992
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 87 through 581)A87 - 581
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 88 through 582)B88 - 582
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 85 through 585)C85 - 585
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 87 through 585)D87 - 585

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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