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- PDB-7scp: The crystal structure of ScoE in complex with intermediate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7scp
タイトルThe crystal structure of ScoE in complex with intermediate
要素ScoE protein
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Iron/2-oxoglutarate dependent / Fe/2OG / isonitrile biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


(R)-3-[(carboxymethyl)amino]fatty acid dioxygenase/decarboxylase / : / : / dioxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
TauD/TfdA-like domain / Taurine catabolism dioxygenase TauD, TfdA family / Taurine dioxygenase TauD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
(3R)-3-(oxaloamino)butanoic acid / : / (3R)-3-[(carboxymethyl)amino]fatty acid oxygenase/decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coeruleorubidus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Cha, L. / Chen, J. / Zhou, J. / Chang, W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM127588 米国
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2022
タイトル: Deciphering the Reaction Pathway of Mononuclear Iron Enzyme-Catalyzed N-C Triple Bond Formation in Isocyanide Lipopeptide and Polyketide Biosynthesis
著者: Chen, T.Y. / Zheng, Z. / Zhang, X. / Chen, J. / Cha, L. / Tang, Y. / Guo, Y. / Zhou, J. / Wang, B. / Liu, H.W. / Chang, W.C.
履歴
登録2021年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ScoE protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,30819
ポリマ－39,0541
非ポリマー1,25418
水2,252125
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.820, 96.820, 69.840
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number77
Space group name H-MP42
Space group name HallP4c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+1/2
#3: y,-x,z+1/2
#4: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-30-

ARG

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 ScoE protein


分子量: 39053.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coeruleorubidus (バクテリア)
遺伝子: ScoE / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A3B6UEU3

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非ポリマー , 5種, 143分子

#2: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-8S6 / (3R)-3-(oxaloamino)butanoic acid


分子量: 175.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H9NO5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.65 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD 0.03 M of each divalent cation 0.1 M MOPS/HEPES-Na pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97917 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97917 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→48.89 Å / Num. obs: 44184 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 13.5 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 19.5
反射 シェル解像度: 1.99→2.04 Å / Num. unique obs: 3076 / CC1/2: 0.725

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv1.18.2-3874精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIXv1.18.2-3874位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6L6X

6l6x


解像度: 1.99→48.89 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.1406 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2534 2214 5.01 %
Rwork0.2273 41970 -
obs0.2293 44184 99.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→48.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2373 0 79 125 2577
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00182494
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.44183350
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0439355
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042439
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.58241485
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.99-2.030.33641370.33862559X-RAY DIFFRACTION94.15
2.03-2.080.2961680.32862575X-RAY DIFFRACTION92.69
2.08-2.130.28251210.30742576X-RAY DIFFRACTION94.08
2.13-2.190.26661240.30622605X-RAY DIFFRACTION94.38
2.19-2.260.35751410.31412625X-RAY DIFFRACTION94.22
2.26-2.330.30231380.30732598X-RAY DIFFRACTION94.34
2.33-2.410.30611330.29562601X-RAY DIFFRACTION94.62
2.41-2.510.27171470.28472599X-RAY DIFFRACTION94.2
2.51-2.620.30111270.28072603X-RAY DIFFRACTION95.03
2.62-2.760.28951300.27672642X-RAY DIFFRACTION94.97
2.76-2.930.3071330.2552618X-RAY DIFFRACTION94.75
2.93-3.160.24871350.24242635X-RAY DIFFRACTION94.95
3.16-3.470.23241540.22162613X-RAY DIFFRACTION94.23
3.47-3.970.2171480.19162629X-RAY DIFFRACTION94.5
3.97-4.990.20491260.17022677X-RAY DIFFRACTION95.47
4.99-18.880.27341520.19832695X-RAY DIFFRACTION94.53
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 25.6231916369 Å / Origin y: 44.7101356987 Å / Origin z: 3.84326626137 Å
111213212223313233
T0.243357574384 Å2-0.00133738031512 Å20.00804434620976 Å2-0.370435720279 Å2-0.0158347556138 Å2--0.201135468591 Å2
L1.28760910613 °20.0429028185491 °2-0.065843970923 °2-0.757879007368 °2-0.0083605510714 °2--1.37270139296 °2
S0.0139851236054 Å °0.159812304344 Å °-0.0435951718239 Å °0.0978181478745 Å °0.0260520055235 Å °0.0453790459026 Å °0.0582156873863 Å °-0.237434485165 Å °-0.0422025660059 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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