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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7scm | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Ancestral Amniote Cadherin-23 EC1-2 | ||||||
![]() | Cadherin 23 | ||||||
![]() | CELL ADHESION / HEARING / MECHANOTRANSDUCTION / ADHESION / CALCIUM-BINDING PROTEIN / EVOLUTION | ||||||
機能・相同性 | : ![]() | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nisler, C.R. / Sotomayor, M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Interpreting the Evolutionary Echoes of a Protein Complex Essential for Inner-Ear Mechanosensation. 著者: Nisler, C.R. / Narui, Y. / Scheib, E. / Choudhary, D. / Bowman, J.D. / Mandayam Bharathi, H. / Lynch, V.J. / Sotomayor, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 104 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 74.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22489.900 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pTXB1 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.69 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M Tris pH 7.5 3 M Sodium formate Ancestral Amniote Protocadherin-15 EC1-2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.27→50 Å / Num. obs: 29083 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.8 % / Rrim(I) all: 0.492 / Net I/σ(I): 16 |
反射 シェル | 解像度: 2.27→2.34 Å / Num. unique obs: 1389 / Rrim(I) all: 4.487 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2WHV 解像度: 2.272→44.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / WRfactor Rfree: 0.238 / WRfactor Rwork: 0.19 / SU B: 5.886 / SU ML: 0.136 / Average fsc free: 0.9173 / Average fsc work: 0.9308 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.216 / ESU R Free: 0.193 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.737 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.272→44.93 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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