PDB-7scm: Crystal Structure of Ancestral Amniote Cadherin-23 EC1-2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7scm

タイトル

Crystal Structure of Ancestral Amniote Cadherin-23 EC1-2

要素

Cadherin 23

キーワード

CELL ADHESION / HEARING / MECHANOTRANSDUCTION / ADHESION / CALCIUM-BINDING PROTEIN / EVOLUTION

機能・相同性

:

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.272 Å

データ登録者

Nisler, C.R. / Sotomayor, M.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Mol.Biol.Evol. / 年: 2023
タイトル: Interpreting the Evolutionary Echoes of a Protein Complex Essential for Inner-Ear Mechanosensation.
著者: Nisler, C.R. / Narui, Y. / Scheib, E. / Choudhary, D. / Bowman, J.D. / Mandayam Bharathi, H. / Lynch, V.J. / Sotomayor, M.

履歴

登録	2021年9月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年3月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年4月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7scm.cif.gz	104 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7scm.ent.gz	74.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7scm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sc/7scm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sc/7scm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7n4pC 7sb6C 7sgxC 8e51C 2whvS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cadherin 23

B: Cadherin 23

ヘテロ分子

45.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cadherin 23

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
22.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cadherin 23

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.109, 73.109, 381.934
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-439- HOH
2	1	A-510- HOH

#1: タンパク質	Cadherin 23 分子量: 22489.900 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pTXB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-RIPL
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.69 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M Tris pH 7.5 3 M Sodium formate Ancestral Amniote Protocadherin-15 EC1-2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.27→50 Å / Num. obs: 29083 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.8 % / R_rim(I) all: 0.492 / Net I/σ(I): 16
反射シェル	解像度: 2.27→2.34 Å / Num. unique obs: 1389 / R_rim(I) all: 4.487 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2WHV

2whv

解像度: 2.272→44.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / WR_factor R_free: 0.238 / WR_factor R_work: 0.19 / SU B: 5.886 / SU ML: 0.136 / Average fsc free: 0.9173 / Average fsc work: 0.9308 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.216 / ESU R Free: 0.193 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2379	1423	4.918 %
R_work	0.1901	27509	-
all	0.192	-	-
obs	-	28932	98.909 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.737 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.556 Å²	0.778 Å²	0 Å²
2-	-	1.556 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-5.049 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.272→44.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3162	0	11	182	3355

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	3238
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	2987
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.534	1.648	4432
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.25	1.574	6864
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.294	5	406
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.252	23.52	179
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.377	15	487
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.653	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	439
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3767
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	765
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.247	0.2	484
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.178	0.2	2655
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.162	0.2	1543
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	1664
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	124
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.16	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.331	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.159	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.75	3.488	1624
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.745	3.486	1623
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.226	5.22	2027
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.225	5.223	2028
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.847	4.051	1614
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.821	4.043	1612
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.287	5.86	2404
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.292	5.859	2404
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.354	40.39	3325
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.217	40.243	3297

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.272-2.331	0.309	77	0.28	1696	X-RAY DIFFRACTION	85.4046
2.331-2.395	0.356	95	0.265	1954	X-RAY DIFFRACTION	100
2.395-2.464	0.368	105	0.245	1883	X-RAY DIFFRACTION	100
2.464-2.54	0.313	99	0.25	1850	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.623	0.282	82	0.237	1799	X-RAY DIFFRACTION	100
2.623-2.715	0.313	82	0.232	1740	X-RAY DIFFRACTION	100
2.715-2.817	0.263	103	0.224	1682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.817-2.932	0.253	79	0.211	1627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.932-3.062	0.231	74	0.199	1561	X-RAY DIFFRACTION	100
3.062-3.211	0.241	69	0.193	1494	X-RAY DIFFRACTION	100
3.211-3.385	0.228	83	0.188	1431	X-RAY DIFFRACTION	100
3.385-3.589	0.211	67	0.175	1356	X-RAY DIFFRACTION	99.9298
3.589-3.836	0.216	61	0.154	1308	X-RAY DIFFRACTION	99.927
3.836-4.142	0.2	60	0.16	1205	X-RAY DIFFRACTION	100
4.142-4.536	0.178	66	0.139	1129	X-RAY DIFFRACTION	100
4.536-5.068	0.174	66	0.139	1006	X-RAY DIFFRACTION	100
5.068-5.846	0.216	51	0.153	920	X-RAY DIFFRACTION	100
5.846-7.145	0.22	44	0.165	808	X-RAY DIFFRACTION	100
7.145-10.041	0.175	31	0.162	648	X-RAY DIFFRACTION	100
10.041-44.93	0.271	29	0.233	412	X-RAY DIFFRACTION	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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