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万見
- PDB-7sci: AM0627 metallopeptidase from Akkermansia muciniphila -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sci
タイトルAM0627 metallopeptidase from Akkermansia muciniphila
要素Peptidase M60 domain-containing protein
キーワードHYDROLASE / Metalloenzyme / O-glycoprotease / mucinase
機能・相同性
機能・相同性情報


M60-like domain, N-terminal / N-terminal domain of M60-like peptidases / Peptidase M60, enhancin-like domain 3 / Peptidase family M60 domain / Peptidase M60, enhancin-like domain 3 / Peptidase M60, enhancin and enhancin-like / Peptidase family M60 domain profile. / Peptidase M60-like family / Neutral Protease; domain 2 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / TRIETHYLENE GLYCOL / Peptidase M60 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Akkermansia muciniphila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Fernandez, D. / Bertozzi, C.R. / Shon, D.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA200423 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Structure-guided mutagenesis of a mucin-selective metalloprotease from Akkermansia muciniphila alters substrate preferences.
著者: Shon, D.J. / Fernandez, D. / Riley, N.M. / Ferracane, M.J. / Bertozzi, C.R.
履歴
登録2021年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidase M60 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,93112
ポリマ－55,3121
非ポリマー61911
水6,269348
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.564, 101.564, 114.626
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Peptidase M60 domain-containing protein


分子量: 55311.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Akkermansia muciniphila (strain ATCC BAA-835 / DSM 22959 / JCM 33894 / BCRC 81048 / CCUG 64013 / CIP 107961 / Muc) (バクテリア)
株: ATCC BAA-835 / DSM 22959 / JCM 33894 / BCRC 81048 / CCUG 64013 / CIP 107961 / Muc
遺伝子: Amuc_0627 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B2UPI7

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非ポリマー , 5種, 359分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 348 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.14 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG 4000, glycerol, HEPES/MOPS, alcohols

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月15日
詳細: Flat Si Rh coated M0, Kirkpatrick-Baez flat bent Si M1 & M2
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal, non fixed exit slit
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→87.957 Å / Num. all: 52780 / Num. obs: 52780 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.9 % / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.118 / Rsym value: 0.105 / Net I/av σ(I): 5.3 / Net I/σ(I): 8.9 / Num. measured all: 258687
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.9-23.90.7381.12964376750.4250.8550.7381.699.8
2-2.125.20.4731.63760472860.230.5270.4733.1100
2.12-2.2750.3062.53438868210.1510.3410.3064.5100
2.27-2.4550.2133.53206063730.1050.2380.2136.2100
2.45-2.695.10.1584.63010758770.0770.1760.1588.2100
2.69-350.1166.12634752890.0570.1290.11610.9100
3-3.475.20.0798.22429446870.0390.0880.07915.6100
3.47-4.255.10.06392015239890.0310.0710.06320.4100
4.25-6.0150.0599.31539730680.0290.0660.05921.699.9
6.01-38.2095.10.0549.9869517150.0260.060.05422.199.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5KD5

5kd5


解像度: 1.9→29.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 3.219 / SU ML: 0.09 / SU R Cruickshank DPI: 0.1184 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2023 2666 5.1 %RANDOM
Rwork0.1697 ---
obs0.1713 50020 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 100.66 Å2 / Biso mean: 31.165 Å2 / Biso min: 16.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.76 Å20.38 Å20 Å2
2--0.76 Å2-0 Å2
3----2.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→29.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3895 0 36 348 4279
Biso mean--53.99 38.46 -
残基数----487
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0194018
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5521.965413
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8025486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.10524.607191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.37715695
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4251518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2562
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213069
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 219 -
Rwork0.285 3647 -
all-3866 -
obs--98.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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