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- PDB-7sbg: Murine Fab/IgE in complex with profilin from Hevea brasieliensis ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sbg
タイトルMurine Fab/IgE in complex with profilin from Hevea brasieliensis (Hev b 8)
要素
  • Fab/IgE Heavy chain
  • Fab/IgE Light chain
  • Profilin-2
キーワードALLERGEN/IMMUNE SYSTEM / Antibody / Allergen / IgE/Fab fragment / complex / ALLERGEN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


actin monomer binding / cell cortex / cytoskeleton
類似検索 - 分子機能
Profilin conserved site / Profilin signature. / Profilin / Profilin / : / Profilin / Profilin superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Hevea brasiliensis (植物)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.34 Å
データ登録者Rodriguez-Romero, A. / Garcia-Ramirez, B.
資金援助 メキシコ, 1件
組織認可番号国
Consejo Nacional de Ciencia y Tecnologia (CONACYT)087163 メキシコ
引用
ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: A native IgE in complex with profilin provides insights into allergen recognition and cross-reactivity.
著者: Garcia-Ramirez, B. / Mares-Mejia, I. / Rodriguez-Hernandez, A. / Cano-Sanchez, P. / Torres-Larios, A. / Ortega, E. / Rodriguez-Romero, A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2006
タイトル: HKL-3000: the integration of data reduction and structure solution--from diffraction images to an initial model in minutes.
著者: Minor, W. / Cymborowski, M. / Otwinowski, Z. / Chruszcz, M.
履歴
登録2021年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Fab/IgE Heavy chain
L: Fab/IgE Light chain
C: Profilin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,0494
ポリマ－61,4793
非ポリマー5711
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5380 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area22340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.325, 71.450, 132.518
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: 抗体 Fab/IgE Heavy chain


分子量: 23226.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Plasmid details: Hybridome
#2: 抗体 Fab/IgE Light chain


分子量: 23616.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Plasmid details: Hybrydome
#3: タンパク質 Profilin-2 / Pollen allergen Hev b 8.0102


分子量: 14636.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hevea brasiliensis (植物) / 遺伝子: PRO2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9STB6
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.3 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.4 / 詳細: 0.2 M lithium acetate, 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.23→40.22 Å / Num. obs: 7675 / % possible obs: 98.85 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 89.28 Å2 / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 16.65
反射 シェル解像度: 3.23→3.35 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.432 / Num. unique obs: 749 / CC1/2: 0.67 / % possible all: 91.89

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 7SBD

7sbd


解像度: 3.34→37.57 Å / SU ML: 0.5174 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.8135
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2978 979 12.99 %Random selection
Rwork0.2453 6560 --
obs0.2525 7539 98.32 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 73.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.34→37.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3721 0 38 0 3759
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00293856
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.62525304
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0438611
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0049695
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.2617602
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.34-3.510.42721330.2994888X-RAY DIFFRACTION94.89
3.51-3.730.35471380.2548932X-RAY DIFFRACTION99.63
3.73-4.020.27671370.2591922X-RAY DIFFRACTION98.51
4.02-4.430.29761340.2325927X-RAY DIFFRACTION98.33
4.43-5.060.27671400.2123919X-RAY DIFFRACTION98.24
5.07-6.370.29011440.2547952X-RAY DIFFRACTION99.1
6.38-40.220.27881530.2461020X-RAY DIFFRACTION99.49

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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