PDB-7sa8: Crystal Structure of the periplasmic lyase AlgL K66A Mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7sa8

タイトル

Crystal Structure of the periplasmic lyase AlgL K66A Mutant

要素

Alginate lyase

キーワード

LYASE / Alginate lyase

機能・相同性

alginic acid catabolic process / Alginate lyase / poly(beta-D-mannuronate) lyase activity / Alginate lyase domain / Alginate lyase / Chondroitin AC/alginate lyase / periplasmic space / Alginate lyase

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Gheorghita, A.A. / Pfoh, R. / Wong, S.S.Y. / Howell, P.L.

資金援助

カナダ, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: The Pseudomonas aeruginosa homeostasis enzyme AlgL clears the periplasmic space of accumulated alginate during polymer biosynthesis.
著者: Gheorghita, A.A. / Wolfram, F. / Whitfield, G.B. / Jacobs, H.M. / Pfoh, R. / Wong, S.S.Y. / Guitor, A.K. / Goodyear, M.C. / Berezuk, A.M. / Khursigara, C.M. / Parsek, M.R. / Howell, P.L.

履歴

登録	2021年9月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7sa8.cif.gz	129.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7sa8.ent.gz	95.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7sa8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sa/7sa8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sa/7sa8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ozvSC 4ozwC 1hv6 1qaz 4e1y 4f10 4f13 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alginate lyase

39.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.736, 67.496, 76.216
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Alginate lyase 分子量: 39820.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: algL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2U8U7V5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.16 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.275 M K2SO4, 19% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES pH 6.9. Crystals were cryoprotected by soaking for 10 min with 2 mM mannuronate tetrasaccharide and 20% (v/v) PEG 4000.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.5406 Å
検出器	タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: CMOS / 日付: 2015年5月13日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5406 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→20.305 Å / Num. obs: 10903 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 10.3 % / R_merge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 16
反射シェル	解像度: 2.5→2.6 Å / R_merge(I) obs: 0.435 / Num. unique obs: 1196 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
PROTEUM PLUS		データ削減
PROTEUM PLUS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4OZV

4ozv

解像度: 2.5→20.305 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.912 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.878 / SU B: 29.256 / SU ML: 0.295 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.643 / ESU R Free: 0.337 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2689	571	5.237 %
R_work	0.2461	10332	-
all	0.247	-	-
obs	-	10332	99.299 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.375 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.699 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.296 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.597 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20.305 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2432	0	0	38	2470

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	2518
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2289
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.503	1.644	3424
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.273	1.58	5249
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.151	5	316
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.293	21.799	139
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.638	15	385
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.024	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	316
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2917
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	617
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	567
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	2104
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	1243
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1096
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.098	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.125	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.202	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.262	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.46	3.18	1258
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.451	3.177	1257
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.494	4.753	1570
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.495	4.756	1571
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.395	3.344	1259
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.393	3.341	1258
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.421	4.931	1851
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.413	4.93	1851
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.771	58.763	10818
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.771	58.736	10805

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.564	0.31	35	0.327	750	X-RAY DIFFRACTION	100
2.564-2.634	0.289	45	0.321	731	X-RAY DIFFRACTION	100
2.634-2.71	0.289	37	0.321	714	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.793	0.329	35	0.299	694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.793-2.883	0.381	33	0.273	657	X-RAY DIFFRACTION	99.5671
2.883-2.984	0.224	34	0.265	661	X-RAY DIFFRACTION	99.8563
2.984-3.095	0.243	36	0.247	641	X-RAY DIFFRACTION	100
3.095-3.22	0.295	33	0.255	588	X-RAY DIFFRACTION	100
3.22-3.361	0.278	31	0.249	579	X-RAY DIFFRACTION	100
3.361-3.523	0.407	33	0.255	559	X-RAY DIFFRACTION	99.3289
3.523-3.711	0.332	35	0.264	522	X-RAY DIFFRACTION	98.4099
3.711-3.932	0.205	25	0.242	501	X-RAY DIFFRACTION	97.7695
3.932-4.199	0.193	28	0.203	484	X-RAY DIFFRACTION	99.2248
4.199-4.528	0.274	36	0.195	433	X-RAY DIFFRACTION	99.5754
4.528-4.949	0.252	26	0.182	403	X-RAY DIFFRACTION	99.7674
4.949-5.514	0.238	29	0.231	372	X-RAY DIFFRACTION	99.5037
5.514-6.332	0.299	12	0.242	357	X-RAY DIFFRACTION	100
6.332-7.67	0.118	14	0.236	294	X-RAY DIFFRACTION	100
7.67-10.509	0.179	10	0.186	247	X-RAY DIFFRACTION	100
10.509-20.305	0.302	4	0.304	143	X-RAY DIFFRACTION	83.5227

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 9.039 Å / Origin y: 82.556 Å / Origin z: 19.965 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0054 Å²	0.0009 Å²	0.0056 Å²	-	0.0294 Å²	-0.0304 Å²	-	-	0.1793 Å²
L	1.0451 °²	-0.2083 °²	0.1033 °²	-	0.187 °²	-0.2679 °²	-	-	1.4904 °²
S	0.033 Å °	0.1573 Å °	-0.2099 Å °	0.0079 Å °	-0.0499 Å °	0.0179 Å °	0.0157 Å °	-0.013 Å °	0.0169 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)