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- PDB-7s8w: Amycolatopsis sp. T-1-60 N-succinylamino acid racemase/o-succinyl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s8w
タイトルAmycolatopsis sp. T-1-60 N-succinylamino acid racemase/o-succinylbenzoate synthase R266Q mutant in complex with N-succinylphenylglycine
要素N-succinylamino acid racemase/O-succinylbenzoate synthase
キーワードISOMERASE / Complex / racemase / dehydratase / mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


o-succinylbenzoate synthase / O-succinylbenzoate synthase activity / 異性化酵素; ラセマーゼ・エピメラーゼ（光学異性の転換）; アミノ酸類に作用 / menaquinone biosynthetic process / isomerase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
o-Succinylbenzoate synthase, MenC type 2 / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
N-succinyl-L-phenylglycine / N-succinylamino acid racemase
類似検索 - 構成要素
生物種Amycolatopsis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Truong, D.P. / Rousseau, S. / Sacchettini, J.C. / Glasner, M.E.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1253975 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM124409 米国
Welch FoundationA-1991-20190330 米国
Welch FoundationA-0015 米国
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021
タイトル: Second-Shell Amino Acid R266 Helps Determine N -Succinylamino Acid Racemase Reaction Specificity in Promiscuous N -Succinylamino Acid Racemase/ o -Succinylbenzoate Synthase Enzymes.
著者: Truong, D.P. / Rousseau, S. / Machala, B.W. / Huddleston, J.P. / Zhu, M. / Hull, K.G. / Romo, D. / Raushel, F.M. / Sacchettini, J.C. / Glasner, M.E.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.
履歴
登録2021年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年12月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-succinylamino acid racemase/O-succinylbenzoate synthase
B: N-succinylamino acid racemase/O-succinylbenzoate synthase
C: N-succinylamino acid racemase/O-succinylbenzoate synthase
D: N-succinylamino acid racemase/O-succinylbenzoate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,01713
ポリマ－157,6774
非ポリマー1,3409
水2,360131
1
A: N-succinylamino acid racemase/O-succinylbenzoate synthase
B: N-succinylamino acid racemase/O-succinylbenzoate synthase
C: N-succinylamino acid racemase/O-succinylbenzoate synthase
D: N-succinylamino acid racemase/O-succinylbenzoate synthase
ヘテロ分子

A: N-succinylamino acid racemase/O-succinylbenzoate synthase
B: N-succinylamino acid racemase/O-succinylbenzoate synthase
C: N-succinylamino acid racemase/O-succinylbenzoate synthase
D: N-succinylamino acid racemase/O-succinylbenzoate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)318,03526
ポリマ－315,3548
非ポリマー2,68118
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_767-x+8/3,-x+y+4/3,-z+7/31
単位格子
Length a, b, c (Å)213.742, 213.742, 253.077
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Space group name HallR32"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x-y,-y,-z
#5: -x,-x+y,-z
#6: y,x,-z
#7: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#10: x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/3
#11: -x+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3
#12: y+1/3,x+2/3,-z+2/3
#13: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
#16: x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3
#17: -x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3
#18: y+2/3,x+1/3,-z+1/3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 1 through 324 or resid 326 through 367))
d_2ens_1(chain "B" and (resid 1 through 324 or resid 326 through 367))
d_3ens_1(chain "C" and (resid 1 through 324 or resid 326 through 367))
d_4ens_1(chain "D" and resid 1 through 367)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1METTYRA1 - 324
d_12ens_1THRGLYA326 - 367
d_21ens_1METTYRD1 - 324
d_22ens_1THRGLYD326 - 367
d_31ens_1METTYRF1 - 324
d_32ens_1THRGLYF326 - 367
d_41ens_1METGLYM1 - 366

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.518639823626, 0.854598302078, -0.0259706648943), (0.854409846869, -0.519168551465, -0.0211619645414), (-0.0315681314395, -0.0112141542581, -0.999438690377)-105.652585675, 207.944383999, 598.28832049
2given(0.233317164249, -0.418885915152, 0.877552101561), (-0.436934220081, 0.7610623848, 0.479450241176), (-0.868706848245, -0.495296513746, -0.00545667320163)-46.3127301855, -20.2949080371, 543.231271665
3given(-0.231099438475, 0.462946969728, 0.855729602594), (0.454934714246, -0.726044962598, 0.515648250321), (0.860015962241, 0.508467123329, -0.04282206422)-161.683770644, 158.760976116, 60.2221085425

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要素

#1: タンパク質
N-succinylamino acid racemase/O-succinylbenzoate synthase / OSB synthase / OSBS / 4-(2'-carboxyphenyl)-4-oxybutyric acid synthase / o-succinylbenzoic acid synthase


分子量: 39419.203 Da / 分子数: 4 / 変異: R266Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Amycolatopsis sp. (バクテリア) / 遺伝子: Aaar, menC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q44244, o-succinylbenzoate synthase
#2: 化合物
ChemComp-8JI / N-succinyl-L-phenylglycine / N-(3-カルボキシプロピオニル)-L-フェニルグリシン


分子量: 251.235 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H13NO5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.2 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 28% PEG 4000 0.1 M Tris (pH 8.0)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 49028 / % possible obs: 99.89 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 66 Å2 / Rrim(I) all: 0.185 / Net I/σ(I): 8.64
反射 シェル解像度: 2.93→3 Å / 冗長度: 2.1 % / Num. unique obs: 4865 / CC1/2: 0.759

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
SBC-Collect1.18.2_3874データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1SJB

1sjb


解像度: 2.9→49.8 Å / SU ML: 0.3254 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.5588
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2152 1996 4.07 %
Rwork0.1701 47015 -
obs0.172 49011 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 64.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→49.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11055 0 92 131 11278
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008411365
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.127715468
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07081793
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00772024
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.98194159
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.607264948824
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.604049348201
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.604458990459
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.980.32251400.26693323X-RAY DIFFRACTION100
2.98-3.060.29061460.23723334X-RAY DIFFRACTION100
3.06-3.150.2921450.22263331X-RAY DIFFRACTION99.97
3.15-3.250.27351330.20913351X-RAY DIFFRACTION99.97
3.25-3.360.27371420.20873308X-RAY DIFFRACTION100
3.36-3.50.23021420.20093355X-RAY DIFFRACTION100
3.5-3.660.21331450.17643329X-RAY DIFFRACTION99.97
3.66-3.850.19471470.16743353X-RAY DIFFRACTION100
3.85-4.090.22331400.16493339X-RAY DIFFRACTION100
4.09-4.410.19811420.15463361X-RAY DIFFRACTION100
4.41-4.850.17241440.13813371X-RAY DIFFRACTION99.91
4.85-5.550.21191480.15493373X-RAY DIFFRACTION99.94
5.55-6.990.19991340.16783402X-RAY DIFFRACTION99.89
6.99-49.80.18781480.14323485X-RAY DIFFRACTION99.34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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