[日本語] English
万見
- PDB-7s8h: Structure of Lassa virus glycoprotein bound to Fab 18.5C and Fab 36.1F -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s8h
タイトルStructure of Lassa virus glycoprotein bound to Fab 18.5C and Fab 36.1F
要素
  • (Glycoprotein ...) x 2
  • 18.5C Fab Heavy Chain
  • 18.5C Fab Light Chain
  • 36.1F Fab Heavy Chain
  • 36.1F Fab Light Chain
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Lassa virus / pre-fusion glycoprotein / Fab fragment / antibody-mediated neutralization / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Arenavirus glycoprotein, zinc binding domain / Arenavirus glycoprotein / Arenavirus glycoprotein / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
類似検索 - 構成要素
生物種Lassa virus (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Hastie, K.M. / Enriquez, A.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19A142790 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022
タイトル: Delineating the mechanism of anti-Lassa virus GPC-A neutralizing antibodies.
著者: Adrian S Enriquez / Tierra K Buck / Haoyang Li / Michael J Norris / Alex Moon-Walker / Michelle A Zandonatti / Stephanie S Harkins / James E Robinson / Luis M Branco / Robert F Garry / Erica ...著者: Adrian S Enriquez / Tierra K Buck / Haoyang Li / Michael J Norris / Alex Moon-Walker / Michelle A Zandonatti / Stephanie S Harkins / James E Robinson / Luis M Branco / Robert F Garry / Erica Ollmann Saphire / Kathryn M Hastie /
要旨: Lassa virus (LASV) is the etiologic agent of Lassa Fever, a hemorrhagic disease that is endemic to West Africa. During LASV infection, LASV glycoprotein (GP) engages with multiple host receptors for ...Lassa virus (LASV) is the etiologic agent of Lassa Fever, a hemorrhagic disease that is endemic to West Africa. During LASV infection, LASV glycoprotein (GP) engages with multiple host receptors for cell entry. Neutralizing antibodies against GP are rare and principally target quaternary epitopes displayed only on the metastable, pre-fusion conformation of GP. Currently, the structural features of the neutralizing GPC-A antibody competition group are understudied. Structures of two GPC-A antibodies presented here demonstrate that they bind the side of the pre-fusion GP trimer, bridging the GP1 and GP2 subunits. Complementary biochemical analyses indicate that antibody 25.10C, which is broadly specific, neutralizes by inhibiting binding of the endosomal receptor LAMP1 and also by blocking membrane fusion. The other GPC-A antibody, 36.1F, which is lineage-specific, prevents LAMP1 association only. These data illuminate a site of vulnerability on LASV GP and will guide efforts to elicit broadly reactive therapeutics and vaccines.
履歴
登録2021年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Glycoprotein G1
H: 18.5C Fab Heavy Chain
L: 18.5C Fab Light Chain
B: 36.1F Fab Heavy Chain
C: 36.1F Fab Light Chain
a: Glycoprotein G2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,63116
ポリマ－137,8556
非ポリマー5,77610
水1,15364
1
A: Glycoprotein G1
H: 18.5C Fab Heavy Chain
L: 18.5C Fab Light Chain
B: 36.1F Fab Heavy Chain
C: 36.1F Fab Light Chain
a: Glycoprotein G2
ヘテロ分子

A: Glycoprotein G1
H: 18.5C Fab Heavy Chain
L: 18.5C Fab Light Chain
B: 36.1F Fab Heavy Chain
C: 36.1F Fab Light Chain
a: Glycoprotein G2
ヘテロ分子

A: Glycoprotein G1
H: 18.5C Fab Heavy Chain
L: 18.5C Fab Light Chain
B: 36.1F Fab Heavy Chain
C: 36.1F Fab Light Chain
a: Glycoprotein G2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)430,89348
ポリマ－413,56418
非ポリマー17,32930
水32418
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area86360 Å2
ΔGint14 kcal/mol
Surface area151840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)163.058, 163.058, 173.548
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Space group name HallP32"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x-y,-y,-z
#5: -x,-x+y,-z
#6: y,x,-z

-
要素

-
Glycoprotein ... , 2種, 2分子 Aa

#1: タンパク質 Glycoprotein G1 / GP1


分子量: 22927.971 Da / 分子数: 1 / 変異: G243C, Residues 256-259 mutated from RRLL to RRRR / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lassa virus (ウイルス) / 株: Mouse/Sierra Leone/Josiah/1976 / 遺伝子: GPC, GP-C
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P08669
#6: タンパク質 Glycoprotein G2 / GP2


分子量: 19117.678 Da / 分子数: 1 / 変異: E329P, M332T, I350C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lassa virus (ウイルス) / 株: Mouse/Sierra Leone/Josiah/1976 / 遺伝子: GPC, GP-C
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P08669

-
抗体 , 4種, 4分子 HLBC

#2: 抗体 18.5C Fab Heavy Chain


分子量: 24309.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体 18.5C Fab Light Chain


分子量: 23654.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#4: 抗体 36.1F Fab Heavy Chain


分子量: 24174.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#5: 抗体 36.1F Fab Light Chain


分子量: 23671.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
糖 , 5種, 10分子

#7: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#9: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#10: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1056.964 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-3-4/a4-b1_a6-f1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#11: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 1種, 64分子

#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.83 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1 M Tris, pH 8.0, 1.25 M LiCl and 15% PEG 8k

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03319 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03319 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→47.18 Å / Num. obs: 73503 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 64.22 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 9.53
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Num. unique obs: 7267 / CC1/2: 0.26

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6P91

6p91


解像度: 2.7→47.18 Å / SU ML: 0.4668 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 29.6406
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
詳細: The number of reflections in the test set (3601) was counted after merging Friedel pairs. The numbers of test set reflections in the various resolution shells were counted in the unmerged ...詳細: The number of reflections in the test set (3601) was counted after merging Friedel pairs. The numbers of test set reflections in the various resolution shells were counted in the unmerged data, and thus add up to a larger number.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2508 3601 -
Rwork0.2175 134741 -
obs-73503 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 79.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→47.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9376 0 384 64 9824
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00519973
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.764113545
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04461602
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00541678
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.03321528
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.730.39762080.36114446X-RAY DIFFRACTION100
2.73-2.760.41472340.354574X-RAY DIFFRACTION99.98
2.76-2.80.37992590.35494447X-RAY DIFFRACTION99.94
2.8-2.830.38232480.33784461X-RAY DIFFRACTION99.98
2.83-2.870.40752160.34654542X-RAY DIFFRACTION99.98
2.87-2.910.34741800.34264591X-RAY DIFFRACTION99.94
2.91-2.950.34971880.33394459X-RAY DIFFRACTION99.98
2.95-2.990.36712180.32084450X-RAY DIFFRACTION99.98
2.99-3.040.3372060.31984572X-RAY DIFFRACTION99.98
3.04-3.090.37242470.31414506X-RAY DIFFRACTION99.98
3.09-3.140.35222120.30354479X-RAY DIFFRACTION99.94
3.14-3.20.37112100.31374500X-RAY DIFFRACTION99.98
3.2-3.260.30992060.2774558X-RAY DIFFRACTION100
3.26-3.330.2692740.25264422X-RAY DIFFRACTION100
3.33-3.40.28562720.23034470X-RAY DIFFRACTION100
3.4-3.480.25322600.22064434X-RAY DIFFRACTION99.98
3.48-3.570.25212200.20874512X-RAY DIFFRACTION100
3.57-3.660.23962320.19654496X-RAY DIFFRACTION100
3.66-3.770.23982360.19794522X-RAY DIFFRACTION100
3.77-3.890.22852350.18974451X-RAY DIFFRACTION99.81
3.89-4.030.17592820.16234446X-RAY DIFFRACTION100
4.03-4.190.18832300.16284512X-RAY DIFFRACTION99.96
4.19-4.380.22232380.1374460X-RAY DIFFRACTION99.98
4.39-4.620.18132760.13834451X-RAY DIFFRACTION99.98
4.62-4.90.17762440.13774469X-RAY DIFFRACTION100
4.91-5.280.17132690.1484472X-RAY DIFFRACTION99.83
5.28-5.810.18992080.17174539X-RAY DIFFRACTION100
5.81-6.650.24451980.18914489X-RAY DIFFRACTION99.94
6.65-8.370.20972280.18464488X-RAY DIFFRACTION99.94
8.38-47.180.22472190.19114523X-RAY DIFFRACTION99.6
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.704224530722.19540155158-0.1864464405041.77568363251-0.4572800162282.06815986275-0.1937034400220.8907706592660.332159835476-0.4003901055110.100390967408-0.191569885656-0.06300874430330.4557430297590.08126268404950.4452245407980.0095887104388-0.02475308946240.9930620585380.04351244058460.716940422965-24.8859.36142.605
21.755041753461.24259449426-0.01784345715332.60769188744-1.181044276172.476924780030.155838490967-1.048125410560.09729996483030.264070490246-0.152107855868-0.2100714653970.1551278264580.613187623844-0.01983792947250.5506590146950.0286185126860.03726308541751.60807272074-0.2154420191140.7480036651097.85564.91157.625
31.4381401737-0.859107132831-0.7807362890743.010023292021.325402933162.25455812458-0.06394604380570.0979873085422-0.0379408261297-0.2706038264850.122760624153-0.1621815772030.0359092865660.0503198517378-0.05167386917170.4473889953990.00156913184623-0.00667369518740.3353131118870.003393205220430.414974485737-60.25615.10715.176
41.56623221650.02349333702060.02301081447232.14543669463-0.6408571355712.56787224935-0.1485963385770.0499495755373-0.333896119811-0.5252246443110.2736907497990.157932487950.882932996926-0.201323379353-0.1140807630590.8762086080540.004854629836030.01833965774280.4737826539330.005267862726220.58984992834-60.176-20.86212.52
51.03499152854-1.56863098636-0.5396497109024.36805973583-0.3685854068542.17957450215-0.360626080695-0.414054521835-0.2599599287280.8536354826540.2785095653010.3543756592320.3934396702380.07833634072760.07346960277010.6609150065960.1605920925620.06903416514290.4049649562760.0436844265670.476543874376-65.1499.02735.054
61.7669344006-0.416685430987-0.4772240342112.54660664039-0.8574431574093.16016259211-0.226876954242-0.145179360429-0.1911797312080.1285409404350.0472288564924-0.05657656557080.566578021840.6259706921770.09596335506120.8108498065420.233511309540.05056538418020.5717939219430.06744699623330.607235093648-51.778-22.73426.637
70.8875880468860.0221007665098-0.6923928361840.914226324894-0.233766667042.29948017471-0.0790496759683-0.180903274715-0.06694107462070.1428508641850.0801867156066-0.1131663209120.322202738732-0.04561613029750.001274918907540.384523482260.000388159518018-0.04673689495020.379436058649-0.003442082231750.38773319733-62.63941.02757.996
80.691847437609-0.0645175244713-0.1574728879782.177677203390.1146009323071.75344803435-0.002703721964640.08638218396570.100845399827-0.181281699104-0.0500261172277-0.04177238038490.005142869917270.0197734226880.01874289348690.285763910697-0.0168982289601-0.008239446376120.2794780663060.02185931881690.359406478584-64.53447.54632.673
92.706585669961.176609130140.05376020451370.7589841939150.01900599298560.9842521979290.176522712815-0.62398083381-0.3325788938880.145455387908-0.130911736794-0.287855763360.1521460026580.32658733155-0.01225708458360.4328011369130.0482007150767-0.0980151852760.9067805800880.02091331188020.660113181184-29.47449.61361.681
101.77889535054-1.094279672940.8866440442872.50236827597-0.6281243716893.420120127620.305900661017-1.635954916760.4334430472050.3948625573620.0859515862320.458424797633-0.926271833515-0.148762027116-0.4030192438880.810669648098-0.1123779404660.1690423980771.88541474337-0.2742864996570.723024844916-1.74769.37870.221
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN C AND RESID 2:109 )C2 - 109
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN C AND RESID 110:216 )C110 - 216
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN H AND RESID 1:122 )H1 - 122
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN H AND RESID 123:224 )H123 - 224
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN L AND RESID 1:107 )L1 - 107
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN L AND RESID 108:214 )L108 - 214
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 59:255 )A59 - 255
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN a AND RESID 260:422 )a260 - 422
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 2:128 )B2 - 128
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 129:226 )B129 - 226

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る