PDB-7s7q: Heterodimeric complex of Pf12 and Pf41 of Plasmodium falciparum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7s7q

タイトル

Heterodimeric complex of Pf12 and Pf41 of Plasmodium falciparum

要素

Merozoite surface protein P12
Merozoite surface protein P41

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / 6-cysteine protein / s48/45 domain / complex / heterodimer

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-containing vacuolar space / symbiont entry into host / side of membrane / apical part of cell / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Dietrich, M.H. / Tham, W.H.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: FEMS Microbes / 年: 2022
タイトル: Structure of the Pf12 and Pf41 heterodimeric complex of Plasmodium falciparum 6-cysteine proteins.
著者: Dietrich, M.H. / Chan, L.J. / Adair, A. / Boulet, C. / O'Neill, M.T. / Tan, L.L. / Keremane, S. / Mok, Y.F. / Lo, A.W. / Gilson, P. / Tham, W.H.

履歴

登録	2021年9月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年4月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model Item: _citation.country

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7s7q.cif.gz	239.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7s7q.ent.gz	188.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7s7q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7s7q_validation.pdf.gz	463.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7s7q_full_validation.pdf.gz	473.1 KB	表示
XML形式データ	7s7q_validation.xml.gz	22 KB	表示
CIF形式データ	7s7q_validation.cif.gz	29.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s7/7s7q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s7/7s7q	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7s7rC 2ymoS 4ys4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6bxo-d 5gjn-1 5fo0-d 4us0-d 7b0p-d 6kp3-d 2qq7-d 6b2y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Merozoite surface protein P41

B: Merozoite surface protein P12

ヘテロ分子

72.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, analytical ultracentrifugation, binding and affinity determination using Bio-layer interferometry

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.712, 73.712, 332.241
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質

Merozoite surface protein P41

分子量: 39932.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF41, PFD0240c
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8I1Y0

#2: タンパク質

Merozoite surface protein P12

分子量: 31742.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF12, PFF0615c
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: C6KSX0

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 化合物

ChemComp-CD / CADMIUM ION

分子量: 112.411 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.93 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10 mM cadmium chloride, 14% (w/v) PEG 4000, 25% glycerol, 50 mM HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Australian Synchrotron

/ ビームライン: MX2 / 波長: 0.953644 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.953644 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.85→49.355 Å / Num. obs: 40863 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.897 % / B_iso Wilson estimate: 91.435 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.076 / R_rim(I) all: 0.081 / Χ²: 0.832 / Net I/σ(I): 15.59 / Num. measured all: 322715

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.85-3.02	7.952	1.044	1.54	51351	6579	6458	0.849	1.117	98.2
3.02-3.23	7.832	0.536	3.01	48959	6251	6251	0.967	0.575	100
3.23-3.48	7.753	0.269	6.01	45067	5813	5813	0.988	0.288	100
3.48-3.81	8.299	0.146	11.69	43809	5279	5279	0.995	0.156	100
3.81-4.26	8.101	0.089	19.41	39168	4835	4835	0.998	0.096	100
4.26-4.91	7.547	0.064	28.14	32258	4274	4274	0.998	0.069	100
4.91-6	7.914	0.056	33.65	28373	3585	3585	0.998	0.06	100
6-8.43	7.892	0.049	37.28	22019	2790	2790	0.999	0.052	100
8.43-49.355	7.421	0.039	46.07	11711	1592	1578	0.999	0.041	99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.15_3459	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2YMO, 4YS4

2ymo

4ys4

解像度: 2.85→47.16 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 33.01 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2851	2016	4.95 %
R_work	0.2299	38725	-
obs	0.2327	40741	99.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 270.15 Å² / B_iso mean: 116.4552 Å² / B_iso min: 54.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.85→47.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4181	0	34	0	4215
B_iso mean	-	-	154.26	-	-
残基数	-	-	-	-	573

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	4301
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.807	5865
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.281	3023
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	683
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	772

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.85-2.9213	0.3475	141	0.3397	2757	99
2.9213-3.0003	0.3537	145	0.3163	2761	100
3.0003-3.0885	0.3314	144	0.2948	2757	100
3.0885-3.1882	0.3807	144	0.301	2765	100
3.1882-3.3021	0.3528	145	0.2727	2757	100
3.3021-3.4343	0.3477	137	0.2706	2776	100
3.4343-3.5905	0.2761	146	0.2482	2766	100
3.5905-3.7798	0.3059	148	0.2464	2751	100
3.7798-4.0165	0.2977	148	0.2222	2796	100
4.0165-4.3264	0.3193	150	0.206	2767	100
4.3264-4.7614	0.2413	142	0.184	2750	100
4.7614-5.4495	0.2312	146	0.188	2774	100
5.4495-6.8624	0.2833	143	0.2376	2782	100
6.8624-47.16	0.2771	137	0.2335	2766	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6986	0.576	0.3817	2.7864	-0.1222	4.769	0.1252	-0.1847	0.9698	-0.2796	-0.0277	-0.5242	-0.1197	2.1455	-0.1371	0.6291	-0.06	-0.078	1.7354	-0.1366	1.396	8.4242	5.2567	-26.7475
2	6.9768	-0.5898	0.499	4.4121	-0.3306	6.9866	-0.0588	-0.7579	0.2319	0.3933	-0.5661	0.437	-1.4396	1.2703	0.793	0.9972	-0.3593	0.1126	1.1469	-0.0096	1.2177	-7.8361	18.0842	-24.6464
3	3.562	-0.1533	0.1463	3.3154	0.7107	3.4618	0.0127	0.0492	-0.0425	0.2308	-0.126	-0.6321	0.6246	1.2356	-0.0049	0.7746	0.2415	-0.1373	1.4012	0.0224	0.922	2.6063	-3.3337	-31.0034
4	4.7081	-0.4574	-0.161	2.574	1.3843	5.259	-0.3122	0.0655	-0.4088	0.4989	0.071	-0.4425	1.4349	0.3684	0.1443	1.0427	0.0902	0.0836	0.6133	-0.0186	0.8251	-13.5936	-11.0094	-32.3547
5	3.1296	0.1711	0.3465	1.587	-1.5613	1.6852	0.3494	-0.8033	-1.0819	0.3877	-0.8506	-0.3257	1.7826	-0.2439	0.3355	1.464	-0.4336	0.3512	1.0186	-0.0219	0.8405	-41.4707	-15.0822	-5.5291
6	5.2787	3.3045	-0.6682	6.378	-5.3655	5.8914	-0.3962	1.1899	-3.0167	-2.2601	0.0702	-1.125	1.5734	-0.3166	-0.5055	2.6002	-0.7572	0.4823	0.8877	-0.3464	0.5573	-40.262	-15.3809	-17.0256
7	2.7988	1.0744	-0.3491	2.3048	0.5175	3.2874	-0.3752	0.2171	0.1354	-1.1873	0.4751	0.2988	0.0448	-0.1828	0.058	0.9599	-0.2479	0.1333	0.6277	0.0278	0.8242	-39.171	-3.2826	-14.832
8	0.2325	0.4203	-0.3826	0.0558	-0.0031	-0.0796	0.1604	0.4837	-0.016	0.7677	0.0187	0.2822	1.4813	-1.5612	-0.156	1.9839	-0.8051	0.2133	0.9609	0.1036	0.9926	-50.6356	-16.8998	-12.9212
9	1.3571	2.2051	-1.7432	3.0603	-1.3735	1.7222	0.233	-0.3263	0.3895	0.2572	0.2124	0.7149	-0.0744	-1.2755	-0.3447	0.7448	-0.2702	0.1406	0.8851	-0.009	0.8046	-34.6092	11.8649	-11.0348
10	2.6972	1.278	1.3394	3.2531	0.0253	4.3472	0.2203	0.0407	0.4189	0.4598	-1.0143	-0.2308	-0.6196	1.0102	0.6455	0.8584	-0.1559	0.0619	0.7132	0.0349	0.7914	-22.6515	16.1934	-19.3837
11	3.7111	-1.5923	-0.9136	1.7511	1.0734	2.5276	-0.4584	-0.2358	-1.0799	0.0208	-0.1812	-1.724	1.3053	0.1787	0.3515	1.1319	-0.0377	0.0567	1.3337	-0.0189	1.3229	-10.3377	10.1225	-10.8863
12	2.5365	-0.8263	-2.7576	2.8696	1.5474	4.2897	-0.3641	-0.5727	-0.9126	0.3271	-0.8244	-0.1618	0.0065	0.693	1.0001	0.6882	-0.1964	0.0949	0.6535	0.0027	0.7893	-24.8114	4.4605	-14.2347
13	2.9485	-0.761	-0.2666	2.0518	0.1698	3.4756	0.2874	-0.2008	-0.0131	-0.0642	0.1096	-0.7122	-0.2431	0.8191	-0.1788	0.8474	-0.2887	0.0348	1.0327	-0.0387	1.0097	-16.8296	15.5505	-12.5519

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 20 through 151 )	A	20 - 151
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 152 through 178 )	A	152 - 178
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 179 through 261 )	A	179 - 261
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 262 through 368 )	A	262 - 368
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 28 through 66 )	B	28 - 66
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 67 through 83 )	B	67 - 83
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 84 through 131 )	B	84 - 131
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 132 through 162 )	B	132 - 162
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 163 through 194 )	B	163 - 194
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 195 through 237 )	B	195 - 237
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 238 through 257 )	B	238 - 257
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 258 through 271 )	B	258 - 271
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 272 through 303 )	B	272 - 303

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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